La recherche mondiale sur l'extinction des grenouilles
En 2008, 32 % des amphibiens étaient menacées ou éteintes. Financé par l'UE, le projet PARAFROGS (Emerging protist parasites of frogs: global prevalence and host/parasite interaction) s'est penché sur une raison possible des évènements de mortalité de masse (MME). Avant, les chercheurs avaient découvert un protiste étroitement lié à Perkinsus, un genre qui infecte normalement les huîtres et les palourdes. De façon significative, le microbe a semblé infecter les foies des têtards de grenouilles-léopards lors d'un MME en Géorgie, aux États-Unis d'Amérique. Par ailleurs, après l'analyse de l'ADN ribosomique dans les eaux douces, il semblerait que ce parasite ait une phase de vie libre. Les chercheurs ont mis au point de nouvelles méthodes d'analyse moléculaire (la réaction en chaîne par polymérase) pour explorer la diversité des lignées Perkinsea provenant des familles de grenouilles sur trois continents. Les résultats de la recherche ont trouvé que les protistes du type Perkinsea infectent les têtards dans les zones tempérées et tropicales. En collaboration avec un autre projet, PARAFROGS a effectué un séquençage de l'ARN à haut débit. Les résultats suggèrent que les lignées de Perkinsea pourraient jouer un rôle important en tant que parasites dans les sédiments marins et une partie d'une communauté microbienne des semences. Les travaux à venir devraient définir le rôle du parasite dans le réseau alimentaire marin. PARAFROGS a également développé un nouveau processus d'échantillonnage pour les sédiments jusqu'à 4 000 mètres de profondeur pour séquencer les méta-transcriptomes provenant de groupes d'espèces en interaction. De façon importante, le protocole peut être appliqué à tout environnement parasitaire dont les tissus hôtes. PARAFROG a complété le développement des instruments de biologie moléculaire de pointe et l'accompagnement d'analyse bioinformatique. Le résultat consistera en l'intégration des ensembles de données «omiques» qui sont essentiels à l'écologie microbienne. La recherche a également été publiée dans huit revues scientifiques et un chapitre de livre pour la Cambridge University Press.
Mots‑clés
Grenouille, extinction, protiste, Perkinsea, instruments de biologie moléculaire
