Ogólnoświatowe badania nad ginięciem żab
W 2008 r. 32% płazów uznawanych było za zagrożone lub wymarłe. W ramach projektu PARAFROGS (Emerging protist parasites of frogs: global prevalence and host/parasite interaction), finansowanego ze środków UE, badano możliwą przyczynę przypadków masowej śmiertelności (MME). Naukowcy odkryli wcześniej protistę blisko spokrewnionego z Perkinsus, organizm zwykle zakażający ostrygi i małże. Badania wykazały, że mikroorganizm zakaża wątrobę kijanek żab z gatunku Rana sphenocephala podczas MME, które miały miejsce w amerykańskim stanie Georgia. Po przeanalizowaniu rybosomalnego DNA w wodzie słodkiej okazało się, że pasożyt ten posiada fazę życia niezależnego. Uczeni opracowali nową metodę analizy molekularnej — celowanej reakcji łańcuchowej polimerazy — aby zbadać różnorodność linii Perkinsea u rodzin żab na trzech kontynentach. Badania wykazały, że protisty przypominające Perkinsea zakażają kijanki zarówno w strefie umiarkowanej, jak i tropikalnej. We współpracy z innym projektem uczestnicy inicjatywy PARAFROGS przeprowadzili wysokoprzepustowe sekwencjonowanie RNA. Wyniki badań sugerują, że linie Perkinsea mogą odgrywać istotną rolę w osadach morskich oraz części społeczności bakterii tworzących "bank nasienia". Dalsze prace mają umożliwić określenie roli pasożytów w morskiej sieci troficznej. W ramach projektu PARAFROGS opracowano również nową technikę pobierania próbek z osadów o głębokości do 4000 metrów, co umożliwia przeprowadzenie sekwencjonowania metatranskryptomów z grup oddziałujących ze sobą gatunków. Co ważne, protokół ten można zastosować do dowolnego środowiska pasożytów, w tym tkanek gospodarza. W projekcie PARAFROG opracowano nowoczesne narzędzia z zakresu biologii molekularnej oraz powiązane z nimi metody analizy bioinformatycznej. Efektem będzie stworzenie zbiorów danych omicznych, niezbędnych w badaniu ekologii mikroorganizmów. W ramach prac opublikowano także osiem artykułów naukowych oraz rozdział książkowy dla wydawnictwa Cambridge University Press.
Słowa kluczowe
Żaba, wyginięcie, protisty, Perkinsea, narzędzia biologii molekularnej
