Trouver le groupe de protéines modifiées pour les nouveaux antibiotiques
Un moyen récemment découvert pour modifier les protéines après la traduction est l'ajout d'adénosine monophosphate, appelée AMPylation. Apparaissant rapidement comme mécanisme fondamental pour réguler les interactions protéine-protéine et la signalisation des cellules généralement, les bactéries l'utilisent dans les interactions hôte-pathogènes. Le suivi de l'AMPylation pourrait offrir une opportunité de développer de nouveaux antibiotiques avec un mode d'action différent. Le projet CHEMAMP (Chemical AMPylomics: Targeting a novel host-pathogen interaction), financé par l'UE, a conçu et synthétisé des sondes afin de détecter l'occurrence de l'AMPylation de protéine. Les chercheurs ont également validé une méthodologie pour un profilage à haut débit de l'AMPylation de protéine dans l'hôte et les bactéries pendant l'infection. CHEMAMP est parvenu à identifier de nombreuses nouvelles protéines AMPylées et des réseaux d'interaction de protéine dans les cellules bactériennes et humaines touchée par une infection bactérienne. L'équipe a ensuite étiqueté les protéines pour faciliter leur visualisation et isolation. Ces «ensembles pour la collecte» de protéine AMPylée intelligents ont été mis à l'essai de façon méticuleuse et comparés avec d'autres sondes de pointe actuellement utilisées. Les caractéristiques supplémentaires utiles des autres sondes ont été intégrées dans les sondes CHEMAMP afin d'améliorer davantage leur performance. Plus particulièrement les molécules et les technologies CHEMAMP peuvent être appliquées universellement à d'autres systèmes outre l'infection bactérienne. Les réactifs d'enrichissement multifonctionnels sont adaptés à la visualisation fluorescente et à la quantification à base de spectrométrie de base d'autres modifications post-translationnelles. Un premier exemple est la myristoylation de protéine, un type spécifique de lipidation de protéine impliquée dans le cancer et le cycle de vie de Plasmodium falciparum, le parasite causant le paludisme. Des sociétés pharmaceutiques importantes sont intéressées par l'intégration de la découverte de médicament avec la biologie des systèmes. Les outils développés par CHEMAMP représentent une solution de remplacement et un moyen détaillé d'observer et de valider de nouvelles cibles médicamenteuses.
Mots‑clés
Protéine modifiée, antibiotique, infection bactérienne résistant aux antibiotiques, AMPylation, sondes
