Poszukiwania puli zmodyfikowanych białek dla nowych antybiotyków
Niedawno odkryto metodę modyfikacji białek po translacji, polegającą na dodaniu adenozyno monofosforanu i nazywaną AMPylacją. Okazuje się, że jest ona jednym z podstawowych mechanizmów regulacji interakcji między białkami oraz całej sygnalizacji komórkowej, a bakterie korzystają z niej w interakcjach między gospodarzem a patogenem. Śledzenie AMPylacji mogłoby umożliwić opracowanie nowych antybiotyków o nowatorskim sposobie działania. W ramach projektu CHEMAMP (Chemical AMPylomics: Targeting a novel host-pathogen interaction), finansowanego ze środków UE, opracowano i zbudowano sondy przeznaczone do wykrywania występowania AMPylacji. Badacze przetestowali także metodologię wysokoprzepustowego profilowania AMPylacji białka u gospodarza i bakterii podczas infekcji. Uczestnicy projektu CHEMAMP zidentyfikowali wiele nowych białek poddanych AMPylacji oraz sieci interakcji białek w komórkach bakteryjnych, jak i ludzkich podczas zakażenia. Następnie białka oznakowano, aby ułatwić ich wizualizację i izolację. Te inteligentne "pule połowowe" białek poddanych AMPylacji zostały kompleksowo przebadane i porównane z aktualnie stosowanymi sondami. Przydatne dodatkowe funkcje innych sond wykorzystano w sondach CHEMAMP, aby poprawić ich skuteczność. Co istotne, cząsteczki i technologie CHEMAMP można stosować w sposób uniwersalny w innych systemach, nie tylko dotyczących infekcji bakteryjnych. Wielofunkcyjne odczynniki wzbogacające nadają się do fluorescencyjnej wizualizacji i kwalifikacji opartej na spektrometrii mas innych modyfikacji potranslacyjnych. Jednym z najważniejszych przykładów jest tu mirystoilacja, specyficzny rodzaj lipidacji białek uczestniczący w chorobie nowotworowej oraz cyklu życia zarodźca sierpowego, pasożyta wywołującego malarię. Duże firmy farmaceutyczne są zainteresowane połączeniem poszukiwań leków z biologią systemów. Narzędzia opracowane w projekcie CHEMAMP to alternatywny i wszechstronny sposób na badanie przesiewowe i testowanie nowych celów leków.
