Le séquençage de l'ADN pour mesurer la santé des écosystèmes du sol
Le changement climatique peut provoquer une modification de la répartition des espèces au sein d'une communauté, aboutissant à une perte de biodiversité. Cependant, on en sait relativement peu sur ces changements dans les communautés microbiennes, malgré leur importance critique pour la santé des écosystèmes. Comme les microorganismes s'adaptent plus rapidement aux conditions locales que les plantes et les autres grands organismes, ils sont des indicateurs idéaux pour surveiller le changement. En utilisant des zones de montagnes escarpées, la variation des sols et des températures peut servir à simuler les impacts potentiels du changement climatique sur la composition des communautés microbiennes. Le projet MICROBS (Assessing the effects of climate change on soil ecosystem functioning using an established alpine microbial observatory), financé par l'UE, a utilisé le séquençage de nouvelle génération pour enquêter sur les modèles de diversité des communautés microbiennes des sols le long d'un gradient altitudinal en réponse au changement climatique. Sur une période de 3 ans, les chercheurs ont prélevé des échantillons à des altitudes allant de 1500 à 2600 mètres au-dessus du niveau de la mer, en utilisant le séquençage pour établir le profil des communautés de procaryotes, de champignons et d'autres eucaryotes microbiens dans ces communautés. Les résultats montrent que les communautés procaryotes et fongiques étaient toutes deux liées à l'altitude, et ainsi à la température annuelle moyenne. Le projet MICROBS a également observé que la diversité et la structure des communautés des espèces procaryotes, fongiques et eucaryotes étaient liées, ce qui illustre l'importance des interactions entre microbes. Cependant, d'autres facteurs sont apparus comme ayant un effet plus important sur la structure des communautés, par exemple le ratio carbone-azote et la variation temporelle. Même si l'étude n'a pas trouvé de moyen direct pour utiliser les communautés microbiennes comme indicateurs du changement climatique, les méthodes produites étaient intéressantes. En conséquence, les résultats du projet MICROBS pourraient être très utiles pour concevoir et interpréter le travail futur à l'interface entre changement climatique et écologie microbienne des sols.
Mots‑clés
Sol, santé des écosystèmes, changement climatique, communautés microbiennes, champignons, procaryotes
