Estimer la variation génétique chez les animaux d'élevage La conservation de races rares présente le risque de croisement et de perte de la variation génétique en raison d'une population limitée. Une étude financée par l'UE a abordé ce problème en développant des procédures statistiques pour estimer la sélection et l'adaptation, et la variation génétique neutre chez les ovins et les caprins. Changement climatique et Environnement © Shutterstock Les biologistes qui étudient la variation génétique peuvent faire la différence entre la variation fonctionnelle et la variation neutre. La première compte la variation adaptative, les mutations génétiques qui jouent un rôle dans l'adaptation des animaux d'élevage dans leur environnement et l'adaptation sélective impliquant des traits de l'intérêt agricole, comme la production laitière. L'adaptation neutre est une variation génétique sans influence apparente sur l'adaptation ou sur les traits à sélectionner. Nombreuses sont les méthodes statistiques pour détecter les «signaux» génétiques. Le projet NEUTRADAPT (Estimation of neutral and adaptive/selective genetic variation in farm animal species) s'est penché sur les signes d'adaptation et de domestication dans les animaux d'élevage. Pour ce faire, des «signatures» de sélection ont été comparées entre les populations d'environnements différents et entre les espèces ancestrales et domestiques. Les populations d'ovins et de caprins provenant de diverses zones géographiques du Maroc (côte, montagnes et désert) ont été étudiées pour des signes d'adaptation. Les moutons et chèvres domestiques provenant de leur centre supposé de domestication en Iran du Nord et leur pairs sauvages, appelés mouflons (Ovis orientalis) et chèvres (Capra aegagrus) respectivement, ont été étudiés pour des signes de domestication. Les signatures pour une sélection positive ont été détectées à l'aide d'une technique étendue d'homozygosité haplotype (EHH) / d'haplotype intégré (iHS, integrated haplotype score). Les résultats finaux seront comparés à différentes approches statistiques utilisées par les partenaires du projet NEXTGEN. Les données seront présentées dans des publications à comité de lecture et couvriront la domestication des ovins et des caprins et leur adaptation à différents environnements. La conservation des ressources génétiques et le contrôle du croisement jouent un rôle majeur pour des programmes de culture efficaces et durables en ce qui concerne les animaux d'élevage. Par conséquent, les chercheurs ont exploré l'utilisation des informations moléculaires pour optimiser les programmes d'élevage et les ont comparées aux méthodes traditionnelles sur la base des antécédents. Les informations moléculaires ont servi à estimer la co-ancienneté et à déterminer le croisement, ou à détecter les signatures de la sélection. Les scientifiques ont également analysé le polymorphisme à nucléotide simple, une variation de séquence de l'ADN, et des séquences à l'ensemble du génome. Elles se composent de millions de polymorphismes (différentes formes d'individus en une espèce). Les estimations de la variation génétique neutre et non-neutre auront un impact considérable sur les études de biodiversité et dans l'amélioration génétique du bétail agricole. Les informations peuvent permettre d'identifier et de quantifier le risque d'extinction dans les races et les populations animales. NEUTRADAPT peut donc aider à concevoir des programmes pour conserver les ressources génétiques des races animales en danger ou des populations en réduisant le croisement et en conservant la variabilité génétique. Mots‑clés Variation génétique, mutation, adaptation sélective, adaptation neutre, NEUTRADAPT, ancestral, domestique, Ovis orientalis, Capra aegagrus, polymorphisme à nucléotide simple
