Un nouveau regard sur les souches invasives de Salmonella
Salmonella enterica serovar Typhimurium (S. Typhimurium) qui provoque des gastroentérites chez l'homme. Malheureusement, les variantes de la souche ST313 de S. Typhimurium, endémiques dans la région sub-saharienne, provoquent des pathologies graves chez les individus VIH positifs, sous-alimentés ou infectés par le paludisme. Ces souches présentent un phénotype de résistance à de multiples antibiotiques, exigeant ainsi le remplacement des thérapies conventionnelles par d'autres traitements. Récemment, le séquençage génomique d'un isolat ST313 (souche D23580) a montré un niveau relativement élevé de pseudogènes dont beaucoup se retrouvent dans le génome des salmonelles typhoïdes. Cette découverte suggère que les isolats ST313 ont probablement subi des mutations leur permettant une adaptation de niche en Afrique. L'objectif principal du projet DISTINCT (Determining how invasive S. Typhimurium infects human cells by transposon-insertion sequencing), financé par l'UE, était d'identifier les facteurs ayant permis à l'isolat ST313 de S. Typhimurium d'être à l'origine de pathologies invasives. Les chercheurs ont utilisé la technique de séquençage par insertion de transposon pour identifier les gènes bactériens responsables de la survie du pathogène au sein des macrophages sanguins dérivés de monocytes. Ils ont ainsi généré une série de mutants transposons de la souche D23580 de l'isolat ST313 de S. Typhimurium et réalisé des expériences d'aptitude compétitive dans différentes conditions d'infection. Les conditions de croissance des mutants reflétant ainsi l'environnement à l'intérieur du macrophage et les facteurs supportant la pathogénicité de S. Typhimurium. Les chercheurs ont ensuite analysé les données de séquençage par insertion de transposon en les comparant directement avec les séquences publiées de Salmonella et identifié les propriétés de performance spécifiques de D23580 dans la cellule humaine. Ces gènes spécifiques à l'espèce humaine représentent des cibles thérapeutiques importantes pour le développement de nouveaux traitements ainsi que pour la production de vaccins plus efficaces. La résistance aux antibiotiques étant devenue une menace majeure en termes de santé publique sur toute la planète, le développement de nouvelles thérapies ciblées exige maintenant une profonde connaissance des mécanismes de la pathogénèse. L'approche de mutagénèse du projet DISTINCT permet ainsi d'identifier les gènes associés à la virulence des micro-organismes et d'ouvrir de nouvelles opportunités de traitements antibactériens.
Mots‑clés
S. Typhimurium, ST313, DISTINCT, séquençage par insertion de transposon, macrophage
