Una infraestructura europea de bioinformática para la era de la genómica y más allá
A consecuencia de los recientes avances en la secuenciación genómica, y de los beneficios potenciales que ésta información ofrece para la sociedad, los científicos y los políticos son más concientes que nunca del valor que tienen las bases de datos biológicos de calidad, accesibles a todos de forma gratuita y organizadas de tal manera que fomente el progreso científico. Ante esta evidencia, la Comisión decidió en 2002 adjudicar 20 millones de euros de financiación, dentro de la sección de Calidad de la Vida del V Programa Marco, a un proyecto que incentiva la infraestructura de bioinformática en Europa. TEMBLOR es un proyecto con varios enfoques en el que participan 25 colaboradores de 11 países, y está gestionado por el Instituto europeo de bioinformática (EIB), un departamento del Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL), cuya misión consiste en promover el acceso gratuito a datos importantes sobre biología. Muchos centros de bioinformática de Europa cuentan en la actualidad con bases de datos que contienen valiosa información sobre investigaciones. El objetivo del proyecto TEMBLOR es incorporar nuevos recursos de información relevante a los datos existentes, y crear una plataforma que conecte todos los datos, nuevos y existentes, con el fin de que los científicos puedan buscar sin fisuras en todas las diferentes bases de datos. Graham Cameron, director asociado de EBI, explicó la importancia del enfoque paneuropeo del proyecto: "Con un centro de recursos electrónicos como TEMBLOR, no tiene sentido la duplicación en diferentes niveles nacionales. El argumento a favor de un recurso paneuropeo resulta obvio: su valor real reside en ser completo, lo que permite a los investigadores acceder de forma rápida a todas las fuentes de información relevante." Como el Dr. Frederick Marcus, funcionario científico principal de la DG de Investigación de la Comisión Europea explicó a Noticias CORDIS: "La cantidad de dinero que gasta la UE en bioinformática es mucho menor que en EEUU. Necesitamos inversiones de este tipo para seguir siendo competitivos en Europa y mantener el nivel de capacidades técnicas y la base de conocimientos científicos." El proyecto tiene cuatro componentes principales. DESPRAD se centra en el abastecimiento de una estructura de microdatos, que permite a los investigadores comprender qué genes son activos en células específicas bajo diferentes condiciones. DESPREAD pretende solucionar los apreciables desafíos informáticos que actualmente surgen en las fases de recogida, organización y difusión de datos de valor. Los disruptores de las interacciones proteína-proteína que determinan las funciones de todas las células son la causa principal de las enfermedades, y un catálogo con todas estas interacciones beneficiará enormemente a la investigación en biomedicina pura y aplicada. Aunque se dispone de conjuntos de datos sobre la interacción proteína-proteína, éstos se encuentran dispersos en varias bases. El componente IntAct de TEMBLOR pretende definir normas comunes para la recogida de la interacción proteína-proteína, y desarrollar una base de datos que se ajuste a estas normas. El objetivo de EMSD es satisfacer la creciente demanda de acceso eficiente a estructuras tridimensionales de moléculas grandes, que aportan una importante visión del mecanismo que hace funcionar las macromoléculas, y de cómo pueden interrumpirse sus funciones por la interacción con moléculas pequeñas. EMSD señalará las formas estandarizadas de visualizar y describir estructuras de tres dimensiones para que los datos puedan compartirse eficazmente. El elemento último del proyecto TEMBLOR es una herramienta que permitirá a los científicos buscar a la perfección en todas las bases de datos diferentes de información actualmente disponibles. Utilizando Integr8, los investigadores podrán realizar búsquedas basadas en un texto, estructura o secuencia, enlazando los resultados a la secuencia genómica desde la cual es transcrita, y conectándolos a la secuencia proteínica a la cual se traduce. Todas las búsquedas están enlazadas también a la literatura e información científica y aportará datos sobre los recursos de biología disponibles como bibliotecas de genes y los fondos de ADN. El Sr. Cameron destacó la importancia del apoyo de la Comisión al proyecto, al declarar: "La Comisión es la única organización con autoridad y recursos para crear un proyecto a este nivel. El éxito de TEMBLOR depende de que los científicos pongan a disposición de todos los resultados de forma gratuita, y es mucho más probable que lo hagan en beneficio de una iniciativa financiada con fondos públicos que por motivos comerciales".