Nouvelle infrastructure bioinformatique européenne pour l'ère de la génomique et au-delà
Eu égard aux progrès récents du séquençage du génome et aux avantages potentiels qu'offrent ces informations pour la société, les scientifiques et les politiques prennent de plus en plus conscience de l'importance de bases de données biologiques de qualité, librement accessibles à tous et organisées de façon à promouvoir les avancées scientifiques. Sur la base de ce constat, la Commission a décidé en 2002 d'allouer un financement de quelque 20 millions d'euros, au titre de la priorité Qualité de la vie du Cinquième programme-cadre, à un projet destiné à renforcer l'infrastructure bioinformatique de l'Europe. TEMBLOR est un projet à facettes multiples, qui implique 25 collaborateurs issus de 11 pays et est géré par l'Institut européen de bioinformatique (IEB), un département du Laboratoire européen de biologie moléculaire (LEBM), qui a pour mission de promouvoir le libre accès à des données fondamentales fournies par la recherche biologique. De nombreux centres bioinformatiques en Europe possèdent d'ores et déjà des bases de données contenant de précieuses informations de recherche. Le projet TEMBLOR est destiné à enrichir ces données existantes de nouvelles ressources d'informations essentielles, ainsi qu'à créer une plate-forme reliant toutes les données existantes et nouvelles, afin de permettre aux scientifiques d'effectuer une recherche globale dans différentes bases de données. Graham Cameron, directeur associé de l'IEB, a expliqué l'importance de l'approche paneuropéenne du projet: "Avec un centre de ressource électronique tel que TEMBLOR, ce serait un gaspillage absurde de le reproduire à différents niveaux nationaux. L'utilité d'une ressource paneuropéenne est flagrante, dès lors que son atout majeur réside dans son exhaustivité, ce qui permet aux chercheurs d'accéder rapidement à toutes les sources d'informations pertinentes." Ainsi que Frederick Marcus, responsable scientifique principal à la DG Recherche de la Commission européenne, l'a déclaré à CORDIS Nouvelles, "les sommes consacrées à la bioinformatique dans l'UE sont sensiblement moindres qu'aux Etats-Unis. Nous nécessitons des investissements dans ce domaine afin de sauvegarder notre compétitivité et de préserver un savoir-faire et une base de connaissance scientifique en Europe." Le projet comporte quatre grands axes. Ainsi, l'accent est mis dans DESPRAD sur la fourniture de données sur les microréseaux, qui aident les chercheurs à comprendre les gènes qui sont actifs dans des cellules spécifiques dans différentes situations. Les scientifiques s'efforcent dans ce cadre de surmonter les défis informatiques substantiels qui se posent à ce jour dans la collecte, l'organisation et la diffusion de ces données précieuses. Les troubles des interactions entre les protéines qui déterminent les fonctions de chaque cellule constituent une cause de maladie répandue, et un catalogue complet de ces interactions bénéficierait grandement à la recherche biomédicale à la fois pure et appliquée. De riches ensembles de données sur les interactions entre protéines ont déjà été compilés, mais ils sont actuellement dispersés parmi de multiples bases de données. Dans l'axe IntAct de TEMBLOR, l'objectif consiste à formuler des normes communes pour la collecte de données sur les interactions entre protéines et à élaborer une base de données qui les respecte. Les participants à l'axe EMSD tentent quant à eux de répondre à la demande croissante d'un accès efficace à des structures tridimensionnelles pour les grandes molécules, qui procurent un aperçu mécanique du mode de fonctionnement de ces macromolécules et de la manière dont leurs fonctions peuvent être perturbées par une interaction avec des petites molécules. Ils définiront des procédés normalisés pour l'observation et la description des structures 3D afin que les données puissent être partagées efficacement. Le dernier axe du projet TEMBLOR est un instrument grâce auquel les scientifiques pourront effectuer une recherche globale dans la totalité des bases de données disponibles à l'heure actuelle. A l'aide d'Integr8, les chercheurs pourront lancer une recherche à partir d'un élément de texte, de structure ou de séquence. Les résultats renverront à la séquence génomique depuis laquelle ils sont transcrits et à la séquence protéique dans laquelle ils sont traduits. Toutes les recherches fourniront également des liens vers la littérature scientifique et les informations pertinentes en matière de brevets et donneront des renseignements sur les ressources biologiques disponibles, telles que les bibliothèques génétiques et les centres ADN. M. Cameron a mis en exergue l'importance du soutien accordé au projet par la Commission: "La Commission est l'unique organisation qui possède le mandat et les ressources nécessaires pour exécuter un tel projet à cet échelon. La réussite de TEMBLOR requiert que les scientifiques rendent les résultats de leurs recherches librement accessibles, et ils sont nettement plus susceptibles d'y consentir au profit d'une initiative financée publiquement que pour un intérêt commercial."