Una struttura bioinformatica europea per l'era genomica ed oltre
Visti i recenti risultati del sequenziamento genomico ed i potenziali vantaggi che informazioni di tal genere offrono alla società, scienziati e politici sono più che mai consapevoli dell'importanza delle banche dati biologiche improntate alla qualità, consultabili gratuitamente da tutti ed organizzate in modo da promuovere il progresso scientifico. In base a tale premessa, la Commissione ha deciso nel 2002 di destinare finanziamenti per 20 milioni di euro, nell'ambito della sezione "Qualità della vita" del Quinto programma quadro, ad un progetto teso a favorire la creazione di un'infrastruttura bioinformatica europea. TEMBLOR è un progetto ad ampio raggio, che coinvolge 25 collaboratori provenienti da 11 paesi ed è gestito dall'Istituto europeo di bioinformatica (EBI), un dipartimento del Laboratorio europeo di biologia molecolare (EMBL), la cui missione consiste nel favorire il libero accesso a dati importanti forniti dalla ricerca biologica. Numerosi centri europei di bioinformatica dispongono già di banche dati contenenti preziose informazioni scientifiche. Il progetto TEMBLOR si propone di aggiornare i dati esistenti con nuove ed importanti fonti informative e di creare una piattaforma di collegamento fra dati vecchi e nuovi, consentendo agli scienziati di consultare senza soluzione di continuità le diverse banche dati. Graham Cameron, direttore associato dell'EBI, ha chiarito l'importanza dell'approccio paneuropeo del progetto: "Sarebbe inutilmente dispendioso riprodurre a livello di singola nazione un centro di risorse elettroniche quale TEMBLOR. La motivazione alla base di una struttura paneuropea è evidente, dal momento che il suo effettivo valore risiede nella completezza del servizio offerto, che permette ai ricercatori di accedere rapidamente a tutte le fonti di informazione pertinenti". Come ha spiegato al Notiziario CORDIS Frederick Marcus, funzionario scientifico principale presso la DG Ricerca della Commissione europea: "Le somme di denaro destinate alla bioinformatica nell'UE sono di gran lunga inferiori agli stanziamenti degli Stati Uniti. Abbiamo bisogno di questi investimenti per restare competitivi e mantenere una base di competenze e di conoscenze scientifiche in Europa". Il progetto si articola in quattro componenti principali. DESPRAD verte in particolare sulla fornitura di dati ottenuti con l'impiego di tecniche di "micro-array" (supporti di vetro o silicio) che consentono ai ricercatori di identificare quali geni sono attivi all'interno di cellule specifiche, in condizioni diverse. DESPRAD intende superare le notevoli sfide di natura informatica legate attualmente alla raccolta, all'organizzazione ed alla diffusione di questi importanti dati. Le alterazioni delle interazioni proteina-proteina, da cui derivano tutte le funzioni cellulari, sono causa primaria di malattie, ed un elenco completo di tali interazioni potrebbe recare enormi vantaggi alla ricerca biomedica pura ed applicata. L'ampia serie di dati riguardanti l'interazione proteina-proteina, già disponibile, è tuttavia attualmente dispersa in varie banche dati. Il progetto IntAc di TEMBLOR intende definire norme comuni per la raccolta dei dati relativi all'interazione proteina-proteina e sviluppare una banca dati conforme. Il progetto EMSD si propone di soddisfare la crescente esigenza di garantire un accesso efficiente alle strutture tridimensionali per le macromolecole, che forniscono un'importante visione meccanicistica del funzionamento di tali macromolecole e delle alterazioni che le loro funzioni possono subire a causa dell'interazione con le micromolecole. EMSD definirà metodi standardizzati per l'analisi e la descrizione delle strutture 3D, al fine di consentire un'efficace condivisione dei dati. L'ultimo elemento del progetto TEMBLOR consiste in uno strumento che permetterà agli scienziati di effettuare ricerche senza soluzione di continuità nelle varie banche dati di informazioni attualmente disponibili. Tramite l'utilizzo di Integr8, i ricercatori saranno in grado di effettuare ricerche in base al testo, alla struttura ed alla sequenza. I dati ottenuti si riferiranno sia alla sequenza genomica dalla quale sono ottenuti per trascrizione, sia alla sequenza di proteine nella quale sono tradotti. Tutte le ricerche saranno altresì collegate alla letteratura scientifica ed alle informazioni in materia di brevetti pertinenti e forniranno informazioni sulle risorse biologiche disponibili quali le biblioteche genetiche ed i pool di DNA. Cameron ha sottolineato che il sostegno della Commissione riveste un'importanza fondamentale per questo progetto, ed ha aggiunto: "La Commissione è l'unica organizzazione che possiede le competenze e le risorse necessarie a creare un progetto di questo livello. Il successo di TEMBLOR risiede nella possibilità che gli scienziati garantiscano il libero accesso ai risultati delle loro ricerche, ed è più probabile che intendano farlo a vantaggio di un'iniziativa sostenuta con fondi pubblici, piuttosto che per interessi commerciali".