Europäische Bioinformatik-Infrastruktur für das Genomzeitalter und darüber hinaus
Angesichts der jüngsten Errungenschaften der Genomsequenzierung und des möglichen gesellschaftlichen Nutzens solcher Informationen erkennen Wissenschaftler wie Politiker zusehends den Wert qualitativ hochwertiger biologischer Datenbanken, die für alle frei zugänglich und so organisiert sind, dass sie den Fortschritt der Wissenschaft fördern. Im Hinblick darauf hat die Kommission 2002 beschlossen, unter dem spezifischen Programm "Lebensqualität" des Fünften Rahmenprogramms rund 20MillionenEuro für ein Projekt zur Förderung der Bioinformatik-Infrastruktur in Europa bereitzustellen. TEMBLOR ist ein multidimensionales Projekt mit 25Partnern aus 11Ländern unter der Leitung des Europäischen Instituts für Bioinformatik (EBI), einer Abteilung des Europäischen Laboratoriums für Molekularbiologie (EMBL), das den freien Zugang zu wichtigen biologischen Forschungsdaten fördern soll. Viele Bioinformatik-Zentren in Europa verfügen bereits über Datenbanken mit wertvollen Forschungsdaten. Das TEMBLOR-Projekt möchte diesen bestehenden Daten wichtige neue Informationsquellen hinzufügen und eine Plattform schaffen, die alle vorhandenen und neuen Daten miteinander verbindet, sodass Wissenschaftler nahtlos unterschiedliche Datenbanken durchsuchen können. Graham Cameron, assoziierter Direktor des EBI, erläuterte die Bedeutung des gesamteuropäischen Ansatzes des Projekts: "Mit einem elektronischen Informationszentrum wie TEMBLOR wäre es eine sinnlose Verschwendung, es auf den verschiedenen einzelstaatlichen Ebenen zu wiederholen. Die Vorzüge einer gesamteuropäischen Informationsquelle liegen auf der Hand, weil ihr eigentlicher Wert in ihrer Vollständigkeit liegt, dank derer die Forscher rasch auf alle einschlägigen Informationsquellen zugreifen können." Dr. Frederick Marcus, leitender wissenschaftlicher Referent der GD Forschung der Europäischen Kommission erklärte hierzu im Gespräch mit CORDIS-Nachrichten: "In der EU wird viel weniger Geld für Bioinformatik ausgegeben als in den USA. Wir brauchen solche Investitionen, um wettbewerbsfähig zu bleiben und Fachwissen und eine wissenschaftliche Wissensbasis in Europa zu bewahren." Das Projekt setzt sich aus vier Hauptbestandteilen zusammen: DESPRAD befasst sich schwerpunktmäßig mit der Bereitstellung von Microarray-Daten, mit deren Hilfe die Forscher feststellen können, welche Gene in bestimmten Zellen unter verschiedenen Bedingungen aktiv sind. DESPREAD soll die erheblichen informatischen Probleme lösen, die derzeit beim Sammeln, Organisieren und Verbreiten dieser wertvollen Daten auftreten. Unterbrechungen der Protein-Protein-Interaktionen, durch welche die Funktionen aller Zellen festgelegt werden, sind eine bedeutende Krankheitsursache, und ein Katalog aller solcher Interaktionen wäre von großem Nutzen für die reine und angewandte biomedizinische Forschung. Zwar liegen bereits umfangreiche Datensammlungen zur Protein-Protein-Interaktion vor, doch sind diese zurzeit auf verschiedene Datenbanken verstreut. Die IntAct-Komponente von TEMBLOR soll gemeinsame Normen für die Sammlung von Protein-Protein-Interaktionen aufstellen und eine Datenbank auf Grundlage derselben entwickeln. EMSD soll die wachsende Nachfrage nach einem effizienten Zugang zu dreidimensionalen Strukturen für große Moleküle befriedigen, mit deren Hilfe wichtige mechanische Erkenntnisse über die Funktionsweise solcher Makromoleküle und die möglichen Unterbrechungen dieser Funktionen durch Interaktion mit kleinen Molekülen gewonnen werden können. EMSD wird normierte Verfahren zum Betrachten und Beschreiben dreidimensionaler Strukturen vorlegen, sodass ein effektiver Datenaustausch möglich ist. Das letzte Element des TEMBLOR-Projekts ist ein Tool, das Forschern die nahtlose Suche in allen derzeit verfügbaren unterschiedlichen Informations-Datenbanken gestattet. Integr8 stellt den Forschern text-, struktur- und sequenzbasierte Suchfunktionen zur Verfügung, wobei die Ergebnisse Links sowohl zur Genomsequenz, aus der transkribiert wurde, als auch zur Proteinsequenz, in die übersetzt wurde, enthalten. Alle Suchfunktionen enthalten außerdem Links zur einschlägigen wissenschaftlichen Literatur und zu Patentinformationen und liefern Informationen über verfügbare biologische Ressourcen wie Genbibliotheken und DNS-Pools. Cameron hob die Bedeutung der Förderung des Projekts durch die Kommission mit folgenden Worten hervor: "Die Kommission ist die einzige Organisation, die über das erforderliche Mandat und die erforderlichen Ressourcen verfügt, um ein Projekt auf diesem Niveau in die Wege zu leiten. Der Erfolg von TEMBLOR hängt davon ab, ob die Wissenschaftler ihre Forschungsergebnisse zur freien Verfügung stellen, wozu sie zugunsten einer öffentlich finanzierten Initiative eher bereit sind als für kommerzielle Zwecke."