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Un projet de l'UE contribue à la formation des experts en bioinformatique

Le secteur émergent de la bioinformatique, qui utilise des ordinateurs dans le cadre de la recherche biologique, en particulier pour le séquençage des gènes, a gagné en importance à la suite de l'aboutissement de centaines de projets de séquençage du génome. Toutefois, alors...

Le secteur émergent de la bioinformatique, qui utilise des ordinateurs dans le cadre de la recherche biologique, en particulier pour le séquençage des gènes, a gagné en importance à la suite de l'aboutissement de centaines de projets de séquençage du génome. Toutefois, alors que la demande de personnel qualifié est en augmentation dans les centres de séquençage, les instituts de recherche et l'industrie pharmaceutique, les experts en biologie et en science informatique restent une denrée rare. Face à cette préoccupation, la Commission européenne a décidé de financer un nouveau projet au titre du cinquième programme-cadre (5e PCRD) visant à "confier à des professionnels la mise au point de nouveau matériel pédagogique pour la bioinformatique, basé sur un cours existant en ligne", a révélé à CORDIS Nouvelles le coordinateur du projet Terri Attwood, professeur de bioinformatique à l'université de Manchester, au Royaume-Uni. Le projet EMBER (European Multimedia Bioinformatics Educational Resource) repose sur BioActivity, un outil pratique et interactif mis au point par l'université de Manchester dans le cadre de sa maîtrise en bioinformatique. Au cours du projet, les neufs partenaires (issus de cinq pays européens, du Canada et de l'Afrique du Sud) ont été répartis en deux groupes: le premier en charge de la mise au point du matériel de formation, et le deuxième en charge des tests auprès des utilisateurs après sa réalisation. Le neuvième partenaire était un éditeur multimédia professionnel qui garantissait la bonne qualité du matériel. Comme l'a expliqué le professeur Attwood, le matériel EMBER, qui convient pour des leçons ordinaires en face-à-face, ou dans le cadre de structures extérieures comme la résidence ou le lieu de travail, comprend un cyber-enseignant interactif et un enseignant autonome équivalent sur CD-ROM pour les personnes ne disposant pas d'une connexion Internet. Les principaux domaines couverts par cet enseignement comprennent les aspects de base et avancés de la bioinformatique, ainsi que des études de cas traitant de thèmes biologiques particuliers. Les thèmes de base sont liés au transfert des séquences ADN, aux recherches de séquences protéiniques et de bases de données de familles de protéines, à l'alignement des séquences et à la classification des structures protéiniques. Les thèmes avancés incluent la modélisation par homologie et le traitement de l'homologie, ainsi que des analyses plus complexes avec des séquences non caractéristiques. "EMBER représente un pas en avant vers la création de matériel éducatif indépendant sur la bioinformatique", a déclaré le professeur Attwood. "Le projet a déjà remplacé BioActivity pour la maîtrise de sciences en bioinformatique à Manchester et il sera utilisé pour notre maîtrise de sciences par correspondance." Bien que le site EMBER soit gratuit, "les utilisateurs doivent nous contacter afin de recevoir un nom d'utilisateur et un mot de passe pour pouvoir s'enregistrer dans le système", a déclaré le professeur Attwood. "Au début, j'étais opposée à la procédure d'enregistrement car je pensais qu'elle effrayerait les gens", a confié le professeur Attwood à CORDIS Nouvelles. "Mais en fait, elle sert uniquement à gérer le cours et à s'assurer que les étudiants entrant dans le système ne suivent que les leçons pour lesquelles ils se sont enregistrés. Ainsi, l'enseignant peut également mieux gérer son cours et évaluer les étudiants." Lorsqu'on lui a demandé si elle pensait que le projet avait atteint tous ses objectifs, le professeur Attwood a expliqué que, de manière générale, la réponse était "oui". Toutefois, elle a ajouté que "bien que le projet ait été officiellement achevé en avril 2004, nous nous attelons encore toujours au développement du projet". "Aujourd'hui", a expliqué le professeur Attwood, "la base de données se trouve aux Pays-Bas, où elle a été développée. Nous souhaitons à présent l'installer dans son intégralité à Manchester afin de poursuivre la mise au point de modules supplémentaires. La bioinformatique est un domaine scientifique qui évolue tellement rapidement que pour être utile, le site web doit être mis à jour fréquemment", a-t-elle conclu.