Projekt UE pomaga w szkoleniu ekspertów w bioinformatyce
W wyniku zakończenia setek projektów związanych z sekwencjonowaniem genomu coraz bardziej rośnie znaczenie nowej dziedziny - bioinformatyki, która wykorzystuje komputery do badań biologicznych, a szczególnie do sekwencjonowania genów. Chociaż rośnie zapotrzebowanie na wykwalifikowany personel w ośrodkach sekwencjonowania, instytutach badawczych i firmach farmaceutycznych, to eksperci specjalizujący się zarówno w biologii jak i informatyce nadal należą do rzadkości. Jak powiedziała serwisowi CORDIS Wiadomości koordynator projektu Terri Attwood, profesor bioinformatyki na Uniwersytecie w Manchester (Wielka Brytania), Unia Europejska w odpowiedzi na ten problem postanowiła sfinansować projekt w ramach Piątego Programu Ramowego (5.PR) który ma na celu 'rozbudowę niektórych nowych profesjonalnych materiałów do nauki bioinformatyki w oparciu o istniejący kurs internetowy'. Projekt EMBER, akronim Europejskich Multimedialnych Zasobów do Nauki Bioinformatyki (European Multimedia Bioinformatics Educational Resource), oparty jest na BioActivity, interaktywnym, praktycznym zestawie stworzonym na Uniwersytecie w Manchester na potrzeby magisterskich studiów bioinformatycznych. W czasie trwania projektu dziewięciu partnerów (pochodzących z pięciu krajów europejskich, Kanady i RPA) pracowało w podziale na dwie grupy: jedna grupa rozbudowywała materiał szkoleniowy, który po ukończeniu był testowany przez drugą grupę za pomocą prób z użytkownikami. Dziewiąty partner był profesjonalnym wydawcą multimedialnym i dbał o wysoką jakość materiałów. Według wyjaśnień profesor Attwood, materiały EMBER nadają się do wykorzystania w konwencjonalnych zajęciach 'twarzą w twarz' lub w indywidualnym otoczeniu, takim jak dom czy miejsce pracy. Materiały składają się z niezależnego, interaktywnego podręcznika zamieszczonego w internecie oraz odpowiadającego mu, oddzielnego podręcznika na płycie CD dla osób bez dostępu do internetu. Najważniejsze obszary ujęte w podręczniku obejmują podstawowe i zaawansowane aspekty bioinformatyki, jak również studium przypadków w poszczególnych zagadnieniach biologicznych. Tematy podstawowe omawiają translację sekwencji DNA, szukanie sekwencji białkowych oraz bazy danych rodzin białek, dopasowanie sekwencji oraz klasyfikację struktur białek. Tematy zaawansowane obejmują modelowanie w oparciu o homologię i przeciąganie (threading), oraz stanowiące większe wyzwanie analizy z sekwencjami, które nie zostały scharakteryzowane. 'EMBER stanowi krok w stronę dostarczenia niezależnych materiałów do nauki bioinformatyki' powiedziała profesor Attwood. 'Już zastąpił BioActivity w studiach magisterskich na kierunku bioinformatyka w Manchesterze oraz będzie używany w naszym magisterskim programie Nauczania Zdalnego.' Profesor Attwood powiedziała, że aczkolwiek strona internetowa EMBER jest bezpłatna, to 'użytkownicy muszą się z nami skontaktować, aby uzyskać status użytkownika i hasło, konieczne do zarejestrowania się w systemie'. Profesor wytłumaczyła serwisowi CORDIS Wiadomości: 'Na początku byłam przeciwko procesowi rejestracji, ponieważ myślałam, że odstraszy to chętnych'. 'Ale tak naprawdę pomaga to zarządzać kursem oraz daje pewność, że studenci wchodzący do systemu korzystają wyłącznie z kursów, na które się zapisali. Pomaga to również nauczycielowi zarządzać swoim kursem oraz oceniać studentów.' Zapytana czy według niej projekt osiągnął wszystko, co zamierzano, profesor Attwood wyjaśniła, że ogólnie rzecz biorąc odpowiedź brzmi 'tak'. Jednak dodała, 'chociaż projekt zakończył się formalnie w kwietniu 2004 r., to nadal pracujemy nad jego rozwojem.' 'Obecnie' - jak wyjaśniła profesor Attwood - 'baza danych znajduje się w Holandii, gdzie została zbudowana. Chcemy ją w pełni zainstalować w Manchesterze, aby kontynuować rozbudowę dodatkowych modułów. Bioinformatyka jest tak szybko rozwijającą się dziedziną naukową, że strona musi być często uaktualniana, żeby była pożyteczna' stwierdziła.
Kraje
Zjednoczone Królestwo