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The Algal Microbiome: Friends and Foes

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Des microalgues au macropotentiel

Les algues présentent des applications incroyablement diverses dans les domaines de l’alimentation, des cosmétiques et de l’industrie pharmaceutique. Afin de maximiser le potentiel des algues comme plantes cultivées, il est capital d’étudier et de comprendre leur microbiome.

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Il est nécessaire d’obtenir plus d’informations sur la biologie des algues afin de répondre à la demande croissante les concernant, et pour comprendre leur rôle dans le fonctionnement des écosystèmes. Dans le cadre du réseau de formation innovant Marie Sklodowska-Curie, le projet ALFF, financé par l’UE, a prévu d’étudier et de surveiller les microbes des algues à la fois bénéfiques et nocifs, regroupés sous l’appellation de microbiome algal. Les interactions entre les algues et les micro-organismes Le projet ALFF a représenté une collaboration internationale visant à former des chercheurs en début de carrière dans ce domaine, à faire avancer la culture algale et à concevoir de nouvelles stratégies de biocontrôle. Les partenaires du projet ont cherché à identifier les pathogènes et les symbiotes algaux survenant de façon naturelle, et à caractériser leurs interactions par le biais de techniques moléculaires et biochimiques et génomiques de pointe. «Notre objectif clé était d’identifier les micro‑organismes qui contrôlent la morphogénèse algale, qui sont indispensables à la survie algale ou qui sont à l’origine de maladies dévastatrices», explique Mme Claire Gachon, coordinatrice du projet. Les chercheurs d’ALFF ont fait des découvertes scientifiques significatives incluant l’identification de nouveaux groupes de parasites phytoplanctons et la présence de gènes bactériens dans les structures subcellulaires, connues comme les plastes de certaines microalgues. Le consortium a également joué un rôle clé dans la publication d’un génome de référence pour la laitue de mer Ulva mutabilis, qui établira un modèle de référence pour l’ensemble de la communauté de recherche pour les années à venir. De plus, les données scientifiques émergeant d’ALFF peuvent être exploitées pour l’élaboration de solutions concrètes et respectueuses de l’environnement, afin de réduire la formation de biofilm concernant les photobioréacteurs utilisés pour la culture microalgale. Dans ce contexte, les chercheurs ont testé un nombre de composés pour réduire l’impact des maladies dans les usines de production microalgale. Soutenir la capacité d’innovation Les activités du projet ont permis d’améliorer la recherche et les ressources humaines liées à l’innovation, avec des chercheurs en début de carrière aux profils scientifiques uniques et interdisciplinaires. De plus, ALFF a démontré une excellente collaboration intersectorielle avec l’industrie, et il a renforcé la capacité d’innovation de l’Europe dans ce domaine. «La structure de ce projet, conjointement avec les ressources financières de première qualité, nous ont permis de travailler comme une équipe et d’œuvrer en permanence pour l’excellence», souligne Mme Gachon. Les algues présentent un potentiel en matière de biotechnologie quasiment inexploité, mais la recherche actuelle se concentre sur la découverte de métabolites, l’amélioration du rendement de l’aquaculture et les ralentissements relatifs à l’ingénierie. Comme le montrent les pratiques agricoles, la surveillance de l’interaction des cultures de terres avec les microbes mutualistes ou pathogènes est indispensable à la réussite d’une production. Maximiser le potentiel du microbiome La connaissance fondamentale générée au cours du projet ALFF aidera à répondre aux défis associés avec l’exploitation commerciale des algues, et à améliorer le secteur en développement rapide de l’aquaculture algale. Ces informations seront également utiles pour l’industrie énergétique, qui met au point des biocarburants à partir de microalgues et d’algues marines qui pourraient agir comme substituts du pétrole brut. Afin de maximiser la diversité du public touché par ce programme, les partenaires d’ALFF ont entrepris une large gamme d’activités de sensibilisation et de diffusion. Des étudiants en première année de technologie multimédia au Karel de Grote Hogeschool ont produit des animations vidéos courtes sur ALFF en expliquant les concepts du parasitisme, de la symbiose, des biofilms et de l’endosymbiose entre les bactéries et les algues. Elles ont été présentées en 2016 aux cinémas UGC d’Anvers, améliorées par la suite, et publiées sur le site web du projet. Mme Gachon souligne l’importance de «faire comprendre au public les opportunités et les questions liées à l’utilisation durable de nos ressources d’eau douce et marines, dans l’UE et au‑delà».

Mots‑clés

ALFF, algues, microbiome, bactéries, biofilm

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