La recherche révèle une évolution actuelle de la grippe aviaire en Europe
Des études génétiques détaillées déchantillons de grippe aviaire H5N1 prélevés en Europe, au Moyen-Orient et en Afrique, ont révélé l'existence d'une souche euro-africaine distincte de la maladie dans la région et ont placé l'expansion de la maladie sous un nouveau jour. L'étude, qui a été en partie financée par l'UE, est publiée par la revue «Emerging Infectious Diseases» (Maladies infectieuses émergentes). Les chercheurs ont séquencé l'intégralité des génomes des 36 échantillons de H5N1 prélevés sur des oiseaux trouvés dans la région EMA (Europe, Moyen-Orient et Afrique) et au Vietnam. La grippe aviaire a été pour la première fois détectée dans la région EMA fin 2005 et début 2006. Selon les chercheurs, les échantillons provenant de la région EMA étaient étroitement liés, bien qu'ils aient été prélevés sur des oiseaux trouvés dans des régions aussi lointaines que la Slovénie, l'Afghanistan et le Soudan. Les échantillons sont également tombés dans un lignage euro-africain distinct des trois autres lignages majeurs d'H5N1 circulant à l'heure actuelle en Asie. Cette souche EMA s'est par la suite divisée en trois sous-lignages. «C'est la première fois que l'on examine tous les génomes de l'H5N1 en Occident», a commenté Steven Salzberg de l'Université de Maryland, auteur principal du rapport. «Jusqu'à présent, les études ont principalement été effectuées sur des exemples d'Extrême-Orient. Nos études montrent que le virus s'étend vers l'Ouest, et que trois introductions distinctes de l'H5N1 ont eu lieu en Europe, au Moyen-Orient et en Afrique.» «Le lignage partagé des virus suggère une source génétique unique pour l'introduction de l'influenza (H5N1) en Europe de l'Ouest et en Afrique du Nord et de l'Ouest», écrivent les chercheurs, qui localisent l'origine de cette source soit en Russie, soit dans la province de Qinghai en Chine. Par ailleurs, alors que les trois sous-lignages évoluent désormais de façon indépendante, un échantillon du virus prélevé sur un poulet nigérian s'est avéré posséder un génome résultant d'une combinaison de deux des sous-lignages de la souche EMA. Selon les chercheurs, l'apparition des trois sous-lignages dans la même zone géographique signifie qu'il y a de grandes chances pour de telles manifestations de «réassortiment» du virus. «Une surveillance supplémentaire sera nécessaire afin de déterminer si la souche réassortie s'étend dans la population aviaire et d'évaluer sa capacité à infecter les mammifères», ont noté les chercheurs. L'étude a également révélé que la mutation des souches EMA est associée à la virulence chez les souris et à l'adaptation chez des hôtes mammifères. «L'expansion de la souche EMA a coïncidé avec l'apparition rapide de cas sur des mammifères, ainsi que sur des humains en Turquie, en Égypte, en Irak et au Djibouti, et sur des chats en Allemagne, en Autriche et en Irak», préviennent les chercheurs, qui ajoutent que les souches EMA du virus semblent être aussi virulentes que les souches asiatiques, dont presque la moitié des cas humains se sont avérés fatals. Selon les chercheurs, la vaste dispersion de la maladie suggère également que le mouvement humain, et non la migration des oiseaux sauvages, est principalement responsable de l'expansion rapide de l'H5N1. «Les voies migratrices des oiseaux sauvages ne correspondent pas au mouvement des génomes que nous avons séquencés», a expliqué le Dr Salzberg. «Les humains transportent des poulets à travers de nombreux pays faisant partie de notre étude, souvent sur de longues distances. Associé à des normes de biosécurité faibles dans la plupart des zones rurales, le déplacement de la volaille vivante par les humains est à l'origine de l'introduction de l'H5N1 dans certains pays.» «Ces découvertes montrent l'importance de l'analyse du génome entier des virus de l'influenza pour une meilleure compréhension de l'évolution et de l'épidémiologie de cette infection», concluent les chercheurs. «Associée à des analyses connexes, facilité par les initiatives globales sur le partage des données de l'influenza, nous serons en mesure de mieux comprendre la dynamique de l'infection entre les populations d'oiseaux sauvages et domestiques, qui, à son tour, devrait promouvoir le développement de stratégies de contrôle et de prévention.» L'étude a rassemblé des chercheurs venus de nombreux pays, dont l'Égypte, la Côte d'Ivoire, l'Iran et l'Afghanistan. «De telles collaborations sont vitales si la communauté scientifique souhaite suivre la voie de la grippe aviaire, mais la majorité des chercheurs sur l'influenza continue de travailler dans l'isolement», a commenté le Dr Salzberg. «La grippe n'a pas de frontières, et nous devons non seulement collaborer de façon large, mais également partager nos données librement, comme nous l'avons fait dans le cadre de cette étude.»