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Un kit de diagnostic permet d’évaluer rapidement la résistance aux antibiotiques

Une méthode d’évaluation de la résistance aux antibiotiques des souches bactériennes, rapide et à bas coût, vient d’être mise au point. Elle pourrait contribuer à surmonter un défi sanitaire mondial critique.

Santé

La surutilisation d’antibiotiques pour traiter diverses infections et maladies a généré l’émergence de souches bactériennes résistantes. Cette résistance aux antimicrobiens (RAM) est devenue une épidémie mondiale et est actuellement responsable de plus de 23 000 décès par an rien que dans l’UE. «La résistance aux antimicrobiens est également associée à une morbidité accrue, à un allongement des durées d’hospitalisation et à une augmentation significative des coûts médicaux associés», ajoute Albert Quintana, coordinateur du projet ResisTEST. «La propagation de souches multi-résistantes, dont certaines sont résistantes à tous ou presque tous les antibiotiques connus, nous rapproche de l’ère pré-antibiotique. Cette situation pourrait sans aucun doute avoir de graves répercussion sur la santé en général.»

Nouvelles techniques diagnostiques

Les difficultés à identifier, développer et produire de nouveaux antibiotiques ont révélé une lacune dans les options thérapeutiques disponibles. De fait, aucun nouvel antibiotique n’est arrivé sur le marché depuis 1987. Cela souligne la nécessité de méthodes de détection rentables et rapides permettant de sélectionner de nouveaux antibiotiques efficaces. «Le fait que les diagnostics actuels reposent principalement sur des cultures bactériennes constitue un défi majeur», explique Albert Quintana, professeur agrégé de biologie cellulaire, physiologie et immunologie à l’Institut des neurosciences à l’Université autonome de Barcelone, en Espagne. «Ce système, bien qu’informatif, présente plusieurs inconvénients, comme le long délai d’exécution et la faible sensibilité.» Les nouvelles méthodes de diagnostic telles que les diagnostics basés sur la PCR, bien que rapides et hautement sensibles, restent toutefois limitées à un nombre restreint d’agents pathogènes et/ou de résistances. D’autres technologies possibles, comme le séquençage ADN, nécessitent un équipement coûteux et une formation spécialisée, limitant son utilisation clinique. Le projet ResisTEST, financé par l’UE, a été lancé pour tenter de surmonter ces défis et développer de nouveaux outils de diagnostic efficaces pour identifier de nouveaux médicaments potentiels. «Le projet ResisTEST a commencé de manière très fortuite», explique Albert Quintana. «J’étais dans un train pour Barcelone, et je lisais un document sur le problème croissant de la RAM.» Le laboratoire d’Albert Quintana au sein de l’Université autonome de Barcelone est consacré au développement de nouveaux outils pour évaluer les mitochondries. Cet organite, qui se trouve dans les cellules, a une origine bactérienne et partage donc des similitudes avec les bactéries. «Pendant ce trajet en train, j’ai commencé à me demander si nous pouvions modifier nos outils pour les utiliser dans les bactéries. Voilà l’origine du projet ResisTEST.» Pour ce faire, Albert Quintana et son équipe ont entrepris le développement d’une méthode de concentration de ribosomes bactériens à partir d’échantillons. Les ribosomes, que l’on retrouve dans toutes les cellules vivantes, synthétisent des protéines qui, à leur tour, remplissent des fonctions cellulaires critiques comme la direction de processus chimiques ou la réparation des dommages. L’étape suivante consistait à trouver un moyen de purifier l’ARN. Les molécules d’ARN portent des instructions génétiques essentielles au développement et au maintien de la vie.

Lutter contre la RAM

Albert Quintana est parvenu à démontrer la faisabilité de l’utilisation de cette technique dans un laboratoire contrôlé sur des cultures bactériennes avec des résistances aux antibiotiques connues. En utilisant cette méthode, il a pu développer un anticorps contre une séquence bactérienne spécifique. «Les résultats préliminaires suggèrent que nos anticorps surpassent ceux disponibles dans le commerce», ajoute-t-il. «Surtout, nous avons pu montrer que cette technologie est susceptible de fournir des diagnostics rapides et très sensibles sur l’efficacité des médicaments, et ce pour un coût abordable.» Albert Quintana et son équipe travaillent actuellement au développement clinique et à la validation de la technologie. Des accords de partenariat commercial sont en cours pour accélérer le processus. «Cette approche disruptive pourrait représenter une avancée significative dans la lutte contre la RAM, nous permettant de définir l’antibiotique de choix pour le traitement d’une infection donnée lorsqu’une RAM est suspectée», ajoute-t-il. «Cela aurait un impact immense au niveau social, comme aux niveaux sanitaire ou environnemental.»

Mots‑clés

ResisTEST, antibiotique, antimicrobien, infections, maladies, bactérien, RAM, agents pathogènes

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