La génomique pour une aquaculture durable
L’aquaculture englobe l’élevage et la récolte de poissons, de crustacés et de plantes aquatiques. Il s’agit d’un des secteurs alimentaires les plus dynamiques, rien que dans l’Union européenne, l’aquaculture représente une valeur d’environ 3,9 milliards EUR et emploie quelque 57 000 personnes. Maintenir les poissons en bonne santé constitue un élément essentiel d’une production rentable, une infection contagieuse peut dévaster une entreprise. Les producteurs sont constamment à l’affût d’éventuelles épidémies et de moyens d’élever des poissons plus résistants. «Pour ce faire, les poissons sont généralement testés avec des agents pathogènes dans un environnement contrôlé afin de déterminer leur résistance», explique Sigbjørn Lien, coordinateur du projet AQUA-FAANG à l’université norvégienne des sciences de la vie. «Ce procédé peut se révéler coûteux et n’est de toute évidence pas bon pour les poissons, car beaucoup d’entre eux meurent.»
Élever de poissons résistants aux maladies
Le projet AQUA-FAANG entendait développer de nouveaux outils permettant d’élever des poissons résistants aux maladies de manière plus efficace et plus humaine. Pour ce faire, le projet a examiné en détail le patrimoine génétique de six espèces de poissons très importantes pour l’aquaculture européenne. L’idée était d’élargir nos connaissances de la base génétique de la résistance aux maladies et de permettre des approches d’élevage plus précises afin d’améliorer la santé des poissons sans leur nuire. «Nous voulions par exemple identifier les régions régulatrices du génome responsables de l’activation et de la désactivation de certains gènes», explique Sigbjørn Lien. «Une infection virale peut, par exemple, déclencher l’activation ou la désactivation de certains gènes.» L’identification des variations génétiques dans ces régions permet aux éleveurs d’identifier plus rapidement les poissons les plus susceptibles de résister, ou non, aux maladies.
Faire progresser la génomique des poissons
AQUA-FAANG a réuni des experts du monde universitaire et de l’industrie pour produire des milliers d’ensembles de données génomiques fonctionnelles. Ces ensembles de données concernent les six espèces de poissons les plus importantes pour l’aquaculture européenne que sont le saumon atlantique, la truite arc-en-ciel, le bar, la daurade, le turbot et la carpe commune. «Toutes les données produites ont été rendues publiques», ajoute Sigbjørn Lien. Elles sont disponibles via Ensembl, un navigateur de génomes qui soutient la recherche en génomique fonctionnelle et comparative. Sigbjørn Lien et son équipe espèrent que d’autres chercheurs utiliseront ces données pour faire avancer le domaine de la génomique des poissons.
Programmes ciblés d’élevage de poissons
Sur le plan pratique, AQUA-FAANG a créé un portail de données, qui regroupe toutes les activités et tous les résultats du projet. Le projet a également développé un jeu mystère, une aventure interactive conçue pour plonger les joueurs dans les secrets et les innovations du projet AQUA-FAANG. «Nos ressources devraient être particulièrement utiles aux entreprises d’élevage, et les aidera à organiser des programmes d’élevage destinés à améliorer la résistance aux maladies et la croissance», confie Sigbjørn Lien. «Cela pourrait contribuer à améliorer la durabilité du secteur.» AQUA-FAANG a été financé par l’UE dans le cadre du même appel à propositions que deux autres projets: BovReg, qui s’est concentré sur le génome des bovins, et GENE-SWitCH, qui s’est intéressé aux génomes régulateurs des porcs et des poulets. Ces projets ont uni leurs efforts pour former EuroFAANG. Ce projet-cadre entend promouvoir des relations plus étroites entre les projets européens de recherche en génomique et encourager le partage de données et d’outils.
Mots‑clés
AQUA-FAANG, génomique, aquaculture, poisson, maladie, Ensembl, EuroFAANG
