Développer la pisciculture de demain grâce à une utilisation plus intelligente de l’eau
L’aquaculture fournit déjà près de la moitié du poisson consommé dans le monde et constitue le secteur de l’alimentation animale qui connaît la plus forte croissance, selon Louise von Gersdorff Jørgensen, professeure agrégée au département des sciences vétérinaires et animales de l’université de Copenhague. Pourtant, la pisciculture traditionnelle soulève souvent des problèmes environnementaux, qu’il s’agisse de la forte consommation d’eau, de la pollution par les nutriments ou de la propagation de maladies aux poissons sauvages. En réponse, l’industrie aquacole se tourne de plus en plus vers les systèmes d’aquaculture en recirculation (RAS pour «recirculating aquaculture systems»), des exploitations piscicoles terrestres où l’eau est continuellement nettoyée et réutilisée. Louise von Gersdorff Jørgensen a coordonné le projet RASOPTA(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) financé par l’UE, soutenu dans le cadre des Actions Marie Skłodowska-Curie, qui s’est déroulé de septembre 2021 à août 2025. Réunissant des partenaires de la recherche et de l’industrie du Danemark, des îles Féroé, de l’Allemagne, de la Hongrie, de la Norvège et de l’Espagne, le projet entendait éliminer les principaux obstacles à l’adoption des RAS, en améliorant la qualité de l’eau, la lutte contre les maladies et la qualité des produits dans ces systèmes hautement contrôlés.
Recycler l’eau, repenser la pisciculture
Dans les RAS, les poissons sont élevés à l’intérieur dans des bassins où l’eau passe par différentes étapes de traitement avant d’être réutilisée. «Les systèmes d’aquaculture en recirculation sont des systèmes d’élevage de poissons à terre. Ils filtrent, nettoient et réutilisent en permanence l’eau dans laquelle les poissons sont élevés», explique Louise von Gersdorff Jørgensen. Les déchets solides sont retirés, les composés azotés toxiques sont transformés par des bactéries bénéfiques, l’excès de dioxyde de carbone est éliminé, et les niveaux d’oxygène sont soigneusement maintenus. Cette approche réduit considérablement la consommation d’eau et limite la libération de nutriments, d’antibiotiques et d’agents pathogènes dans l’environnement. Cependant, la réutilisation de l’eau crée également de nouveaux défis. «La technologie des RAS réduit la consommation d’eau, mais la réutilisation de l’eau pose des problèmes en ce qui concerne le maintien d’une qualité élevée de l’eau», note Louise von Gersdorff Jørgensen. En particulier, les filtres biologiques qui assurent la purification de l’eau reposent sur des communautés microbiennes complexes qui peuvent être déstabilisées par un nettoyage de routine. Les travaux de RASOPTA ont montré qu’un nettoyage excessif peut perturber cet équilibre, créant des conditions propices à la prolifération de micro-organismes nocifs.
Garder les poissons en bonne santé… et améliorer leur goût
La santé et le bien-être des poissons étaient au cœur du projet. «Un microbiome aquatique sain est essentiel pour la croissance et le bien-être des poissons», explique Louise von Gersdorff Jørgensen. Les foyers de maladie dans les systèmes intensifs peuvent se propager rapidement et mènent souvent à l’utilisation d’antibiotiques, contribuant ainsi à la résistance aux antimicrobiens. Pour y remédier, RASOPTA a mis au point un outil de surveillance non invasif, basé sur l’ADN, qui détecte les bactéries, les parasites et les virus à partir d’échantillons d’eau. Cet outil peut potentiellement servir de système d’alerte précoce et aider les pisciculteurs à prendre des mesures avant que la maladie ne devienne grave. «Cette détection précoce donne aux responsables un temps précieux pour intervenir avant que la morbidité et la mortalité ne surviennent», poursuit Louise von Gersdorff Jørgensen. Le goût est tout aussi important pour les consommateurs. Dans les RAS, certains microbes produisent des composés terreux ou moisis qui s’accumulent dans l’eau recyclée et sont absorbés par la chair des poissons. L’équipe de RASOPTA a identifié de nouveaux composés de mauvais goût et a montré comment la composition de l’alimentation, le traitement de l’eau et la conception du système influencent le goût. «Les aliments pour poissons influencent fortement l’arôme, et plusieurs nouvelles substances odorantes ont été identifiées dans les RAS», explique Louise von Gersdorff Jørgensen. Ces informations permettent d’élaborer des stratégies ciblées pour éviter les mauvais goûts et améliorer l’acceptation par les consommateurs.
Renforcer les compétences pour une aquaculture durable
RASOPTA a également beaucoup investi dans la collaboration et la formation. Rassemblant des universités, des instituts de recherche et des entreprises de toute l’Europe, le projet a formé des chercheurs en début de carrière à l’interface entre la science et l’industrie. En combinant l’expertise en écologie microbienne, en biologie moléculaire, en bio-informatique et en chimie analytique, il a fourni des outils et des connaissances directement applicables aux installations commerciales de RAS. «Des projets comme RASOPTA profitent clairement à l’industrie et au public», conclut Louise von Gersdorff Jørgensen. Si elles sont adoptées à grande échelle, ces solutions pourraient aider l’Europe à renforcer la production de poisson tout en réduisant l’impact sur l’environnement, contribuant ainsi à un système alimentaire plus résistant et plus durable.
