Accélérer l’inventaire de la vie sur Terre grâce à la génomique
Près de 25 % des espèces connues sont menacées d’extinction, selon la plateforme intergouvernementale scientifique et politique sur la biodiversité et les services écosystémiques (IPBES)(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre). Pour éviter cette perte, nous devons non seulement protéger les habitats, mais également acquérir une compréhension beaucoup plus approfondie des espèces présentes, de leur fonctionnement et de leur réaction aux rapides changements de l’environnement. Or, les informations sur la biodiversité sont fragmentées, ce qui limite l’efficacité des efforts de conservation et de restauration.
Un changement de cap génomique pour la connaissance de la biodiversité
Le projet BGE(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre), financé par l’UE, a été lancé pour combler cette lacune en accélérant l’intégration de la science génomique à la recherche, au suivi et à la gestion de la biodiversité. Le projet rassemble 33 partenaires de 20 pays, réunissant des instituts de recherche, des musées, des centres de séquençage et des experts en biodiversité. BGE s’appuie sur des approches génomiques complémentaires, le codage à barres de l’ADN et le séquençage du génome de référence complet, dans le cadre d’un effort européen unique et coordonné. Le codage à barres de l’ADN(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) permet une identification rapide des espèces sur base de courtes séquences d’ADN, tandis que le séquençage du génome de référence(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) décode des génomes entiers, révélant comment les espèces fonctionnent et s’adaptent. En harmonisant ces approches, BGE ouvre la voie à un changement majeur de la caractérisation, la surveillance et la protection de la biodiversité dans toute l’Europe.
Accroître la production de données à l’échelle européenne
Le projet a concentré ses efforts sur la création d’une communauté de pratique paneuropéenne pour le codage à barres de l’ADN, permettant le partage d’échantillons, d’expertise et de données par le biais d’initiatives telles que iBOL Europe(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre). Cette collaboration est cruciale compte tenu de l’urgence et de l’ampleur de la perte de biodiversité. Le flux de codage à barres de BGE s’est également concentré sur l’intensification de la production de séquences d’ADN à partir de spécimens de musée. «Les travaux de BGE dans ce domaine reposent sur les centaines de millions de spécimens conservés dans les musées européens», explique Peter Hollingsworth, responsable du volet consacré au codage à barres de l’ADN. «Il s’agit d’une avancée majeure dans la constitution d’une bibliothèque de référence de la biodiversité européenne basée sur l’ADN, qui permettra une identification rapide des espèces.» "En encourageant l’échange de connaissances entre les centres de séquençage et en déployant un système de collaboration pour l’examen des assemblages de génomes, BGE a amélioré la résolution des problèmes et veillé à ce que les assemblages de génomes répondent aux normes internationales», explique Camila Mazzoni, responsable du volet séquençage génomique.
De données génomiques à des applications concrètes
Bien que de nombreux ensembles de données de codage à barres n’aient été achevés que récemment, leur futur impact est déjà évident. Les ressources génomiques sélectionnées pour les pollinisateurs européens serviront à étayer la surveillance de la santé des insectes en Europe. Les données du génome de référence permettent déjà de prendre des décisions de gestion plus immédiates. Les génomes générés pour des espèces telles que le maquereau de l’Atlantique et les moustiques Culex permettent d’identifier des polymorphismes à nucléotide unique (une forme de variation de l’ADN) qui peuvent respectivement être utilisés, par exemple, pour améliorer la gestion de la pêche ou suivre la résistance aux insecticides.
Un modèle une action européenne coordonnée
La principale réussite de BGE est d’avoir démontré que la recherche génomique au service de la biodiversité peut être développée à plus grande échelle par une action européenne coordonnée. «BGE est en train de construire un modèle permettant d’augmenter la production de connaissances génomiques tout en garantissant un partage efficace des données et de l’infrastructure», souligne Dimitris Koureas, directeur et coordinateur scientifique de BGE. En conclusion, BGE a pour objectif de perpétuer son héritage via des mécanismes durables de collaboration transfrontalière, d’innovation et d’alignement des politiques. Ensemble, ces efforts visent à jeter les bases d’une future infrastructure européenne de recherche en génomique de la biodiversité qui contribuera à la restauration et à la conservation de la biodiversité.