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The european molecular biology linked original resources (TEMBLOR)

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ProViz - interaktive Visualisierung von Protein-Interaktionen

Obwohl viele biologische Konzepte mithilfe von Netzwerken abstrahiert werden können, ist deren Analyse und Visualisierung noch immer eine Herausforderung. ProViz wurde im Rahmen des Projekts TEMBLOR entwickelt, um in großen und dichten Netzwerken von Proteininteraktionen durch direkte Visualisierung interessante biologische Zusammenhänge aufzudecken.

Gesundheit

Die Erforschung von Protein-Protein-Interaktionen leistet einen wichtigen Beitrag zum Verständnis der Zellmaschinerie, die die Entwicklung und Funktion von Zellen reguliert, und zur Entdeckung neuer therapeutischer Targets. In den letzten Jahren charakterisierte man solche Interaktionen mit Hochdurchsatzverfahren (z.B. Affinitätsreinigung) und generierte daraus eine Fülle von Daten in Form von Netzwerken. Um Biologen bei der Recherche von Protein-Protein-Interaktionen in lokalen und internetbasierten Datenbanken zu unterstützen, integrierten Forscher der Universität Bordeaux 1 Analysen und Visualisierungsprogramme in ProViz. Die Softwareplattform ermöglicht Biologen die Identifizierung interessierender Proteininteraktionen anhand von Schlagwörtern oder Analyse der Netzwerkstruktur. Sie wurde sowohl für die Darstellung von Graphen, vor allem aber auch für die interaktive Exploration umfangreicher Graphen entwickelt. Das auf Tulip und XML (molecular interaction extensible markup language) basierende ProViz präsentiert eine breite Palette grundlegender und erweiterter Graphenfunktionen. Subgraphen, die durch Selektion oder Clustern verwandter Proteine ermittelt wurden, werden automatisch in Ansichten organisiert und können unabhängig bearbeitet oder in Unteransichten dargestellt werden. Bei der Darstellung von Ansichten steht dem Nutzer ein extern kontrolliertes Vokabular zur Verfügung, z.B. Gene Ontology, das Genprodukte anhand assoziierter biologischer Prozesse und zellulärer Komponenten beschreibt. ProViz ist als Einzelanwendung frei zugänglich über http://cbi.labri.fr/eng/proviz.htm Auf der Webseite für den Software-Download finden sich Links zu interaktiven Tutorials für Biologen, die sich mit Möglichkeiten zur Verarbeitung großer Datenmengen aus interaktiven Proteinnetzwerken vertraut machen wollen.

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