Comprendre la génétique des souches de «superbactéries»
Les premières épidémies de SARM chez des patients sans antécédent d'hospitalisation ont été décrites dans les années 1990. Depuis lors, les souches SARM-C et SARM-AE se sont développées et représentent maintenant une source infectieuse importante. Les souches SARM contiennent le gène mecA de résistance à la méticilline inclus dans un élément génétique mobile également appelé cassette chromosomique SCCmec. D'un point de vue génétique, la plupart des SARM hospitaliers appartiennent au complexe clonal de type 5 alors que l'origine génétique des SARM communautaires est plus variée. D'un point de vue épidémiologique, l'apparition et l'installation de SARM dans la collectivité constitue la plus grande menace sanitaire pour les populations. La compréhension des mécanismes impliqués est donc d'une importance vitale si l'on veut pouvoir faire face et prévenir l'infection bactérienne. C'est dans cette situation que le projet CONCORD («Control of community-acquired MRSA: Rationale and development of counteractions») a été financé par l'UE pour étudier les mécanismes infectieux des SARM-C. Pour ce faire, le consortium a axé ses travaux sur l'analyse des différences génétiques et transcriptionelles des différentes souches de SARM en Europe et leur influence sur la physiologie de la bactérie. Après une première étape de collecte et de typage d'un large panel d'isolats résistants à travers toute l'Europe, les chercheurs ont montré que certains types de ces bactéries résistantes étaient d'origine européenne alors que les autres étaient importés. Il est également intéressant de noter que la majorité de ces souches arboraient en parallèle une résistance vis-à-vis d'autres antibiotiques et que les souches SARM-AE présentaient une résistance supplémentaire au zinc attribuée au gène csrC. Des études de dissémination ont par ailleurs révélé un profil de diffusion réciproque entre l'homme et l'animal dont l'occurrence est toutefois relativement faible. Les chercheurs ont également testé l'hypothèse selon laquelle des modifications mineures du patrimoine génétique des staphylocoques pouvaient entrainer des différences physiologiques importantes, ils ont ainsi pu montrer qu'une modification du gène de la bêta-toxine altérait l'adaptation de la bactérie à son hôte. Ils ont également montré que la forte pression antibiotique avait entrainé la perte d'une copie de l'opéron d'ARN ribosomal (5) parmi les souches SARM-N et les souches isolées sur des patients atteints de mucoviscidose. Les scientifiques estiment que, même si ces évènements génétiques ont facilité le développement de la résistance, ils ont également réduit la compétitivité de ces souches et donc leur capacité de prolifération au sein de la collectivité. A contrario, les souches SARM-C ont gardé leurs six copies d'ARN ribosomal et sont donc plus aptes à coloniser la communauté. Au moyen de nouveaux modèles mathématiques, les chercheurs du projet ont pu étudier le potentiel de transmission du patrimoine génétique entre les souches SARM-AE et SARM-C. Ces outils pourront être utilisés par les pays pour évaluer le potentiel de transmission des souches SARM, déterminer le risque sanitaire pour le public et le bétail et prendre les contre-mesures appropriées.
