Metodología proteómica de alto rendimiento para el diagnóstico de cáncer
El diagnóstico proactivo consiste en detectar las enfermedades en fases tempranas y puede facilitar una ventana de intervención terapéutica. El diagnóstico reactivo, que es actualmente la práctica habitual, sólo permite por el contrario la detección tardía de las enfermedades, yendo en detrimento de las posibilidades de curación del paciente. En este contexto, es necesario desarrollar pruebas de detección de gran precisión y sensibilidad que permitan probar simultáneamente múltiples marcadores. El objetivo principal de los socios del proyecto financiado por la Unión Europea «High throughput proteomics systems for accelerated profiling of putative plasma biomarkers» (PROACTIVE) era desarrollar una metodología proteómica de alto rendimiento de análisis de muestras de sangre humana que sirva para detectar biomarcadores putativos de cáncer. Gracias a la tecnología de detección de proteínas Multiplex se pueden generar simultáneamente datos para casi ciento ochenta proteínas utilizando una pequeña muestra de sangre. Los socios del proyecto utilizaron la técnica PLA, en la que dos anticuerpos contra la misma proteína diana se acoplan a oligonucleótidos de ADN. Esto permite a los investigadores provocar el ligamiento de dichos oligonucleótidos de ADN y su amplificación mediante la técnica de reacción en cadena de la polimerasa (PCR), con lo que logran generar una señal fuerte. Los miembros del consorcio PROACTIVE han logrado desarrollar ensayos PLA Multiplex que permiten detectar simultáneamente 96 moléculas proteicas. Gracias a una técnica de alto rendimiento de detección de anticuerpos denominada PEA («proximity extension assay») desarrollada por los investigadores también se obtiene una mayor recuperación de la señal a partir de las muestras de plasma sanguíneo. Los investigadores también se centraron en mejorar la producción de los componentes necesarios para aplicar dicha metodología, desarrollando una novedosa tecnología de conjugación de anticuerpos y oligonucleótidos. Por otra parte, los socios del proyecto desarrollaron un sistema de gestión de información de laboratorio (LIMS) para PLA enfocado hacia el descubrimiento de biomarcadores. Los datos y la información clínica de las muestras se almacenan en un servidor central al que tienen acceso todos los investigadores. La aplicación del sistema PROACTIVE en una cohorte de pacientes con cáncer colorrectal condujo a la identificación de proteínas específicas presentes en las primeras etapas de la enfermedad. Estos constituyen candidatos a biomarcadores putativos de diagnóstico cuya posterior validación determinará su futura incorporación a un servicio de biomarcadores plasmáticos.
