La proteomica ad alta intensità di elaborazione per la diagnosi del cancro
La diagnostica proattiva consiste nell'accertamento della malattia a uno stadio precoce, con la possibilità di offrire una finestra di tempo per l'intervento terapeutico. Al contrario, la diagnostica reattiva (ovvero la pratica corrente) soggiace ai ritardi di accertamento della patologia, che ostacolano le possibilità di cura. A tale scopo, sono necessari test di screening accurati e sensibili, che possano analizzare contemporaneamente più marcatori. Il progetto PROACTIVE ("High throughput proteomics systems for accelerated profiling of putative plasma biomarkers"), finanziato dall'UE, si proponeva fondamentalmente di sviluppare una pipeline di proteomica ad alta intensità di elaborazione per l'analisi di campioni di sangue umano in grado di rilevare putativi biomarcatori del cancro. La tecnologia di rilevazione multipla delle proteine potrebbe generare contemporaneamente dati relativi a quasi 180 proteine, utilizzando un'esigua quantità di sangue. I partner del progetto si sono avvalsi della tecnologia PLA in cui due anticorpi si accoppiano a oligonucleotidi del DNA rispetto alla stessa proteina bersaglio. Ciò consente la ligazione e l'amplificazione di tali oligonucleotidi del DNA per reazione a catena della polimerasi (PCR), generando un forte segnale. I componenti del consorzio PROACTIVE sono riusciti a sviluppare analisi PLA multiple basate su la rilevazione simultanea di 96 molecole di proteine. È stato sviluppato un metodo migliorato, denominato prova di prossimità di estensione (PEA), che ha consentito un maggiore recupero di segnale dal plasma sanguigno. Sono stati realizzati anche miglioramenti nella generazione di componenti, ad esempio la tecnologia di coniugazione degli oligonucleotidi con anticorpi. I partner del progetto hanno sviluppato un sistema di gestione delle informazioni di laboratorio (LIMS) per le PLA predisposte alla scoperta di biomarcatori. I dati, accanto alle informazioni cliniche dei campioni, sono stati archiviati in un server centrale e tutti i ricercatori possono accedervi. L'attuazione del sistema PROACTIVE in una coorte di pazienti con cancro colorettale ha condotto all'identificazione di proteine specifiche degli stadi precoci della malattia, che pertanto costituiscono candidati putativi quali biomarcatori diagnostici. Una successiva validazione determinerà la loro futura introduzione quali biomarcatori del plasma.
