La protéomique à haut débit pour le diagnostic du cancer
Le diagnostic proactif est une détection précoce de la pathologie qui ouvre une possibilité supplémentaire d'intervention thérapeutique. Le diagnostic réactif, la pratique la plus courante aujourd'hui, souffre quant à lui d'une détection plus tardive et donc d'une diminution des chances de guérison. Pour obtenir ce résultat et pouvoir mesurer simultanément de nombreux marqueurs, des tests de haute précision et de grande sensibilité sont indispensables. L'objectif principal du projet PROACTIVE («High throughput proteomics systems for accelerated profiling of putative plasma biomarkers») financé par l'UE était de développer un pipeline protéomique à haut débit capable d'analyser les échantillons sanguins et de détecter les biomarqueurs potentiels du cancer. La technologie multiplexe de détection des protéines permettrait de mesurer simultanément la concentration de près de 180 protéines à partir d'une simple goutte de sang. Les partenaires du projet ont utilisé la technologie de ligature de proximité dite méthode PLA (PLA, pour proximity ligation assay) dans laquelle deux anticorps dirigés contre la même protéine cible sont couplés à deux oligonucléotides ADN. La proximité des deux oligonucléotides permet leur ligature et leur amplification par la technique PCR (amplification en chaine par polymérase), générant ainsi un signal mesurable.L'impact significatif de l'université d'été HiPEAC a également été reconnu.Elle rassemble chaque année environ 200 étudiants et chercheurs du monde entier.Les partenaires du consortium PROACTIVE ont développé avec succès un essai PLA multiplexe capable de mesurer simultanément la présence de 96 molécules protéiques. Ils ont également amélioré la technologie et optimisé la méthode (PEA ou proximity extension assay) pour obtenir un signal plus fort à partir des échantillons sanguins. Des améliorations au niveau de la production des différents composants ont également été obtenues, comme par exemple celle de la technologie de conjugaison des anticorps et des oligonucléotides. Les partenaires ont également développé un système de gestion des données de laboratoire (LIMS, pour laboratory information management system) destiné à la recherche de nouveaux biomarqueurs. Ces données, ainsi que celles résumant les informations cliniques des échantillons, ont été stockés dans un serveur centralisé accessible à tous les chercheurs. La mise en place du système PROACTIVE sur une cohorte de patients atteints d'un cancer colorectal a permis l'identification de protéines spécifiques des stades très précoces de la maladie. Ces protéines représentent des biomarqueurs potentiels et leur prochaine validation déterminera leur future intégration dans le système des biomarqueurs plasmatiques.
