Wysokoprzepustowa proteomika w diagnozowaniu raka
Diagnostyka proaktywna to wykrywanie chorób we wczesnym stadium, które może umożliwiać prowadzenie interwencji terapeutycznych. Z kolei diagnostyka reaktywna, która jest praktyką stosowaną obecnie, pozwala na wykrywanie chorób w stadium zaawansowanym, zmniejszając tym samym szanse na wyzdrowienie. Dlatego też potrzebne są wysoce dokładne i czułe testy przesiewowe, które pozwalają na zbadanie wielu markerów chorobowych jednocześnie. Głównym celem finansowanego ze środków UE projektu PROACTIVE ("High throughput proteomics systems for accelerated profiling of putative plasma biomarkers") było opracowanie wysokoprzepustowego rurociągu do analizy próbek ludzkiej krwi, który umożliwiałby wykrywanie przypuszczalnych biomarkerów raka. Technologia multipleksowego wykrywania białek pozwoli na generowanie danych dla blisko 180 białek jednocześnie przy użyciu niewielkiej ilości krwi. Partnerzy projektu wykorzystali technologię PLA, w której dwa przeciwciała dołączane są do oligonukleotydów DNA przeciwko temu samemu białku docelowemu. To umożliwia ligację i powielanie tych oligonukleotydów DNA przez reakcję łańcuchową polimerazy (PCR), generującą silny sygnał. Członkowie konsorcjum PROACTIVE z powodzeniem opracowali multipleksowe testy PLA oparte na jednoczesnej detekcji 96 cząsteczek białkowych. Opracowano udoskonaloną metodę okresowej ekspansji bliskościowej (PEA), która oferuje silniejsze odzyskiwanie sygnału z osocza krwi. Uzyskano także postępy w generowaniu komponentów, takich jak technologia koniugacji przeciwciał z oligonukleotydami. Partnerzy projektu opracowali system zarządzania informacjami laboratoryjnymi (LIMS) dla PLA ukierunkowany na odkrywanie biomarkerów. Dane, wraz z informacjami klinicznymi na temat próbek, były przechowywane na serwerze centralnym i mogły być oceniane przez wszystkich badaczy. Wdrożenie systemu PROACTIVE z udziałem kohorty pacjentów cierpiących na raka jelita grubego doprowadziło do identyfikacji białek swoistych dla wczesnej fazy choroby. Zidentyfikowano przypuszczalnie kandydatów na biomarkery diagnostyczne, a dalsza walidacja pozwoli stwierdzić ich przyszłe włączenie do testów biomarkerów osocza.
