Des bactéries s'unissent pour survivre Les bactéries peuvent coopérer pour se protéger des prédateurs. Des chercheurs européens ont pu isoler des bactéries de lac capables d'employer cette stratégie de survie. Santé © Gianluca Corno Les bactéries vivant dans les cours d'eau jouent un rôle fondamental dans le cycle biologique car elles dégradent les molécules organiques en groupements carbonés simples qui seront utilisés par les microorganismes aquatiques comme principale source nutritive. La population bactérienne est limitée par des facteurs de base comme la disponibilité en nutriments et en substrats et par des facteurs extérieurs type prédateurs qui influenceront également sa composition. Les bactéries ont développé différentes stratégies leur permettant de lutter pour le partage des ressources et résister aux prédateurs. Les chercheurs du projet Complex («Community dynamics and phenotypic changes of limnic bacteria during experimental manipulation of bottom-up and top-down factors») ont analysé les espèces bactériennes vivant dans le lac de Zurich (Suisse). Ils ont plus particulièrement étudié l'impact de la prédation sur la composition et la diversité métabolique de communautés bactériennes modèles ainsi que la réponse de différents isolats à la présence des prédateurs en milieu le plus proche possible des conditions naturelles. Les chercheurs ont ainsi pu observer l'impact de l'apparition d'un protiste prédateur ou d'une souche compétitrice résistante ou des deux simultanément sur les cultures bactériennes du lac. Ils ont remarqué que la présence du prédateur entrainait une diminution de la biomasse bactérienne totale mais stimulait la diversité des espèces bactériennes. Les chercheurs ont également isolé environ 50 souches bactériennes capables de s'agréger en masse pour échapper à la prédation et observé comment le phénomène de co-agrégation leur permettaient de ne pas être broutées par le prédateur. Les chercheurs du projet ont pu déterminer la portée et la nature du mécanisme d'agrégation grâce à des techniques comme la cytométrie de flux pour caractériser l'agrégation ou le séquençage de l'ADN de la sous-unité ribosomique 16S pour identifier les souches bactériennes. En raison de la quantité importante d'échantillons, l'équipe du projet a également développé un logiciel spécifique d'analyse des données de la cytométrie de flux. Les travaux du projet Complex auront probablement un impact significatif pour tous les domaines recherches associés à la survie bactérienne. Cette coopération entre souches bactériennes observée pour la première fois dans un système expérimental recréant le milieu aquatique de bactéries d'eaux douces peut être vue comme un système particulièrement efficace de conservation de bactéries rares. Ce phénomène de coopération représente également un bon moyen d'éviter le stress de la prédation.
