Bakterie łączą siły, by przetrwać
Bakterie występujące w słodkiej wodzie odgrywają istotną rolę w rozkładzie węgla organicznego, który stanowi podstawowe źródło pożywienia dla mikroorganizmów wodnych. Ich liczba jest ograniczona czynnikami oddolnymi, takimi jak substancje odżywcze i substraty, oraz czynnikami odgórnymi, takimi jak drapieżniki, które kształtują skład populacji bakterii. Bakterie rozwinęły strategie służące maksymalizacji ich zdolności do rywalizacji o zasoby i odpierania drapieżnictwa. Badacze biorący udział w projekcie "Dynamika społeczności i zmiany fenotypowe bakterii limnicznych podczas eksperymentalnej manipulacji czynnikami wstępującymi i zstępującymi" (Complex) zbadali bakterie występujące w Jeziorze Zuryskim w Szwajcarii. Oceniono wpływ drapieżnictwa na skład i wszechstronność metaboliczną modelowych społeczności bakterii, a także reakcję izolatów w warunkach zbliżonych do naturalnych z udziałem i bez udziału konsumpcji. Naukowcy obserwowali skutki dodania do kultur wodnych w jeziorze drapieżnego protisty oraz odpornego konkurenta lub obydwu w tym samym czasie. Obecność drapieżnika zmniejszyła całkowitą biomasę bakterii, jednak zwiększyła całkowitą różnorodność gatunków bakterii. Badacze wyizolowali także 50 grupujących się szczepów bakteryjnych, które łączyły się w jedną masę, by umknąć drapieżnikom, i przetestowali je pod kątem zdolności do unikania skonsumowania przez drapieżniki – zjawisko zwane koagregacją. Korzystając z takich technik, jak cytometria przepływowa w celu zidentyfikowania agregacji i sekwencjonowania genów 16S rRNA, by genetycznie zidentyfikować bakterie, badacze obserwowali zakres i charakter agregacji służącej uniknięciu drapieżnictwa. Z powodu olbrzymiej liczby próbek zespół opracował także specjalne oprogramowanie analityczne do analizy danych cytometrii przepływowej. Skomplikowane wyniki projektu mogą mieć dalekosiężny wpływ na wszystkie dziedziny badań zajmujące się przetrwaniem bakterii. Współpraca między szczepami bakteryjnymi, zaobserwowana po raz pierwszy w systemie eksperymentalnym opartym na izolatach powszechnie występujących w wodach naturalnych, może być uznawana za efektywny system na rzecz ochrony rzadkich bakterii. Praca zespołowa drobnoustrojów to także potencjalnie ważny warunek unikania presji drapieżniczej.
