La bioinformatique au banc d'essai
Étant donné leur nature, pour comprendre parfaitement les procédés biologiques il est nécessaire de développer des techniques de pointe en vue d'analyser l'interaction complexe entre les gènes et les protéines. Pouvoir simuler et prévoir ces interactions au moyen de méthodes informatiques serait très bénéfique. Le projet Combio, financé par l'UE, a réuni des biologistes et bioinformaticiens dans le but de développer de nouvelles méthodes de simulation destinées à l'étude des systèmes biologiques. L'objectif principal était de passer les méthodes de simulation et de modélisation actuelles au banc d'essai, de tester les hypothèses expérimentales et d'arriver à une meilleure compréhension des processus biologiques complexes. Les membres du projet se sont concentrés sur deux processus clés: le réseau de régulateurs p53-MDM2 et la formation de l'axe. Le suppresseur de tumeur p53 est l'un des éléments les plus étudiés du cycle d'une cellule, souvent muté ou dérégulé dans de nombreux cancers. Le projet Combio avait pour but d'établir une cartographie des interactions complexes de la p53 sous conditions normales et de stress dans divers systèmes biologiques. Dans cette intention, de nouvelles stratégies expérimentales sophistiquées ont été élaborées et associées à des méthodes de modélisation du système et d'analyse informatique. En outre, le processus d'auto-organisation par lequel des chromosomes sont séparés au cours de l'éclatement des cellules a été étudié pendant la formation de l'axe. Une base de données a été créée pour stocker les informations disponibles sur l'ensemble des gènes et protéines faisant partie de ces deux réseaux, y compris la connaissance acquise durant le projet et les informations provenant de sources externes. La base de données Combio était destinée à une large diffusion en vue d'aider la recherche menée par la communauté scientifique.
