Biologia obliczeniowa trafia do badaczy
Ze względu na charakter procesów biologicznych, do ich pełnego zrozumienia potrzebne są zaawansowane techniki umożliwiające badanie złożonych interakcji między genami i białkami. Możliwość symulowania i przewidywania tych interakcji przy pomocy metod obliczeniowych byłaby wysoce przydatna. W ramach finansowanego ze środków UE projektu Combio biolodzy i bioinformatycy pracowali nad stworzeniem nowych metod symulacji służących do badania systemów biologicznych. Głównym celem prac było przystosowanie aktualnych metod modelowania i symulacji do potrzeb badawczych, sprawdzenie pewnych hipotez eksperymentalnych oraz zdobycie nowych informacji na temat złożonych procesów biologicznych. Uczestnicy projektu koncentrowali się na dwóch kluczowych procesach: sieci regulacyjnej P53-MDM2 oraz formowaniu się wrzecion podziałowych. Supresor nowotworu p53 należy do najlepiej zbadanych elementów cyklu komórkowego. Ulega on często mutacjom i deregulacji w przypadku raka. Zamierzeniem uczestników projektu Combio było opisanie złożonych interakcji p53 w warunkach normalnych i warunkach stresu w różnych systemach biologicznych. W tym celu opracowano nowatorskie zaawansowane metody doświadczalne, które połączono z technikami analizy obliczeniowej i modelowania systemowego. Dodatkowo badano proces samoorganizacji podczas tworzenia się wrzecion podziałowych, polegający na segregowaniu chromosomów podczas podziału komórkowego. Stworzono bazę dostępnych informacji na temat wszystkich genów i białek uczestniczących w tych dwóch sieciach, w tym danych zgromadzonych podczas trwania projektu, jak i pochodzących ze źródeł zewnętrznych. Baza danych Combio została udostępniona społeczności naukowej, aby wesprzeć rozwój badań w tej dziedzinie.
