Une ontologie pour le cycle cellulaire
En utilisant une approche de systèmes, le projet Diamonds («Dedicated integration and modelling of novel data and prior knowledge to enable systems biology») a étudié l'un des processus les plus basiques en biologie; le cycle cellulaire. Une régulation adéquate est essentielle à la survie cellulaire et décomposition du plus petit élément pouvant entraîner de nombreuses maladies, dont le cancer. Les chercheurs de Diamonds ont étudié le cycle cellulaire chez l'homme et Arabadopsis, ainsi que dans la levure du boulanger et de fission en utilisant des méthodes de laboratoire. Pour simuler le degré de variation du cycle cellulaire sous différentes conditions, une plateforme intégrée a été développée par l'incorporation de l'extraction de données, la modélisation et la simulation. L'objectif de l'initiative européenne était de développer un modèle de base et de l'utiliser pour définir de nouvelles expériences, dont les données sortantes pourraient être utilisées pour la conception d'un modèle amélioré. En utilisant quatre organismes modèles différents, les différences de voies entre espèces et la génomique comparative pourraient être intégrées au système. Les scientifiques ont pu établir un modèle de cycle cellulaire pour chaque espèce. À l'origine, les données comprenaient le profilage de transcription ainsi que des informations de protéomique. L'équipe a développé un outil de simulation pour permettre aux utilisateurs d'accéder aux connaissances de base d'ontologie de cycle cellulaire. À l'avenir, le modèle pourra évoluer en comparant les répétitions dans les données de modélisation, les expériences subséquentes et la mise à niveau du modèle. Le cycle cellulaire est un processus fondamental préservé par toutes les espèces et est important dans la production alimentaire et bioénergétique, ainsi que dans les produits pharmaceutiques dérivés de sources organiques.
