Una ontología para el ciclo celular
El proyecto Diamonds («Integración y modelización dedicada de datos nuevos y conocimientos establecidos para capacitar la biología de sistemas») aplicó un método sistémico al estudio del ciclo celular, uno de los procesos más importantes de la biología. El contar con un proceso de regulación correcto es básico para la supervivencia de la célula y por tanto un funcionamiento inadecuado de incluso el elemento de menor importancia puede provocar distintas enfermedades como el cáncer. Los investigadores de Diamond estudiaron el ciclo celular en humanos, Arabidopsis y en levaduras de panadería y de fisión mediante métodos de laboratorio biológico. Para simular las variaciones del ciclo celular bajo distintas condiciones se creó una plataforma integrada en la que se incorporaron capacidades de minería de datos, modelización y simulación. El objetivo principal de la iniciativa financiada con fondos europeos fue crear un modelo básico, servirse de él para diseñar más experimentos y emplear los datos obtenidos en el desarrollo de un modelo más preciso. El empleo de cuatro organismos modelo distintos permitiría integrar en el sistema datos de genómica comparativa y diferencias entre las rutas de distintas especies. El equipo logró crear un modelo de ciclo celular para las cuatro especies distintas. Los datos incluyeron descripción de transcripciones y proteómica. El equipo también creó una herramienta de simulación para que los usuarios pudieran consultar la base de conocimientos de la ontología sobre el ciclo celular. El modelo evolucionará en adelante mediante la comparación de repeticiones en los datos modelados, una mayor experimentación y la actualización del mismo. El ciclo celular es un proceso fundamental que se conserva en todas las especies y posee relevancia en la producción de alimentos y bioenergía así como en los fármacos derivados de fuentes orgánicas.
