Ontologia na rzecz cyklu komórkowego
Wykorzystując podejście systemowe, uczestnicy projektu "Wyspecjalizowana integracja i modelowanie nowych danych i wcześniejszej wiedzy dla potrzeb biologii systemowej" (Diamonds) przyjrzeli się jednemu z najbardziej fundamentalnych procesów w biologii – cyklowi komórkowemu. Właściwa regulacja ma zasadnicze znaczenie dla przetrwania komórki, a rozkład najmniejszych elementów może być przyczyną wielu chorób, łącznie z rakiem. Zespół projektu Diamond zbadał cykl komórkowy człowieka i gatunku Arabadopsis, a także drożdży piekarskich i grzybów Schizosaccharomyces pombe, wykorzystując metody mokre. Aby zasymulować, jak cykl komórkowy różni się w zależności od warunków, stworzono zintegrowaną platformę obejmującą wybieranie danych, modelowanie i symulację. Głównym celem inicjatywy finansowanej przez UE było stworzenie modelu podstawowego i użycie go do opracowania dalszych eksperymentów, z których dane zostałyby wykorzystane do ukształtowania bardziej dopracowanego modelu. Dzięki wykorzystaniu czterech organizmów modelowych, dałoby się zintegrować z systemem międzygatunkowe różnice szlaków i genomikę porównawczą. Naukowcy z powodzeniem ustanowili model cyklu komórkowego w czterech różnych gatunkach. Początkowo dane obejmowały profilowanie na poziomie transkryptów i dane proteomiczne. Zespół opracował także narzędzie do symulacji, by umożliwić użytkownikom uzyskanie dostępu do ontologii na temat cyklu komórkowego. W przyszłości model ten ewoluuje dzięki porównaniu powtórzeń w modelowaniu danych, dalsze eksperymenty i jego aktualizację. Cykl komórkowy to fundamentalny proces, zachowany u wszystkich gatunków, który ma znaczenie w produkcji żywności i bioenergii, a także środków farmaceutycznych pochodzenia organicznego.
