El modelado computacional al servicio de la biología de sistemas
Enfocado desde una perspectiva de biología de sistemas, el proyectoPlantsysmodel («Integración del modelado en la biología de sistemas vegetal: aplicaciones a la morfogénesis vegetal impulsada por la auxina») se centró en el papel del transporte polar de auxina en la formación de patrones en flores y hojas de la especie herbácea Arabidopsis thaliana (A. thaliana). %Hasta la fecha, los investigadores habían logrado comprender las redes moleculares en las que participan las auxinas, así como los efectos del flujo de auxina y la expresión de genes asociados en la hoja, por ejemplo. Pero se desconocían los mecanismos que vinculan ambos procesos, es decir, el comportamiento de las células individuales y los patrones de desarrollo de la hoja a nivel tisular. Los socios de Plantsysmodel propusieron un modelo de onda viajera para la formación de la nervadura central de la hoja. Después lo perfeccionaron añadiendo información sobre el transportador de entrada para las auxinas AUX1. El modelo destaca asimismo la diferenciación celular o la especialización de una célula para separar las capas de la superficie L1 de la hoja de las capas más profundas. Aún quedan por añadir diversas aportaciones procedentes de colaboraciones con otros investigadores, entre ellas la referente al mecanismo que controla la regulación del ciclo celular por parte de los genes SHORTROOT y SCARECROW. Gracias a otras actividades de colaboración entre los socios de Plantsysmodel e investigadores de la Universidad de Wageningen (Países Bajos) se ha podido desarrollar un modelo para la formación de patrones mediada por la auxina en A. thaliana. Los modelos computacionales de las cascadas bioquímicas individuales pueden ayudar a identificar lagunas, propiciando nuevas ideas para futuras líneas de investigación. El enfoque holístico adoptado por los socios de Plantsysmodel sirvió para desarrollar modelos que muestran cómo interactúan todos los componentes de A. thaliana, ofreciendo una imagen completa del desarrollo y la fisiología de la planta.
