La modellazione computerizzata aggiorna la biologia dei sistemi
Con l'approccio della biologia dei sistemi, il progetto Plantsymodel ("Integrating modeling into plant systems biology: Applications to auxin-driven plant morphogenesis"l) si è concentrato sul ruolo del trasporto dell'auxina polare in modelli di fiori e foglie dell'Arabidopsis thaliana (A. thaliana). Ad oggi, le reti molecolari che coinvolgono l'auxina sono ben note come effetti del flusso di auxina e dell'espressione genica associati nella foglia, ad esempio. Ciò che manca è una valutazione dei meccanismi che collegano entrambi gli effetti, ossia il comportamento delle cellule individuali e il modello di foglia a livello tissutale. Il progetto Plantsysmodel ha proposto un modello a onda progressiva per la formazione della vena centrale della foglia. Il modello è stato quindi perfezionato aggiungendo l'apporto di proteine carrier AUX1 nell'afflusso di auxina. Nel modello è inoltre presente la differenziazione o la specializzazione di una cellula per separare gli strati superficiali L1 della foglia dagli strati più profondi. Al modello si aggiungeranno vari contributi derivanti da collaborazioni con altri ricercatori. Un meccanismo di comando, che è necessario incorporare, è rivolto alla regolazione del ciclo cellulare da geni SHORTROOT e SCARECROW. Un altro frutto della collaborazione tra gli scienziati del progetto Plantsysmodel e altri ricercatori dell'Università di Wageningen, con sede nei Paesi Bassi, ha sviluppato un modello di fiore guidato dall'auxina in A. thaliana. La modellazione computerizzata di singole cascate biochimiche è in grado di identificare le lacune, al fine di stimolare nuove idee per percorsi di ricerca futuri. L'approccio olistico adottato dal progetto Plantsysmodel ha sviluppato modelli volti a dimostrare come tutti i componenti dell'impianto interagiscono per dare un quadro completo di sviluppo e fisiologia.
