Modelowanie komputerowe podnosi standardy biologii systemowej
W oparciu o biologię systemową, projekt "Włączanie modelowania do biologii systemowej roślin: zastosowania wywoływanej auksyną morfogenezy roślin" (Plantsysmodel) skupił się na roli biegunowego transportu auksyny w tworzeniu się wzoru kwiatu i liścia u rzodkiewnika pospolitego (A. thaliana). Na chwilę obecną, sieci cząsteczkowe obejmujące auksynę są dobrze rozumiane, podobnie jak efekty przepływu auksyny i związana z nim ekspresja genowa na przykład w liściu. To, czego brak, to zrozumienie mechanizmów łączących te dwa zjawiska – tj. zachowanie pojedynczej komórki i kształtowanie się wzoru liścia na poziomie tkankowym. W projekcie Plantsysmodel zaproponowano model fali bieżącej w formowaniu się środkowej żyły liścia. Następnie model został udoskonalony poprzez dołączenie dopływu nośnika auksyny, AUX1. W modelu zawarto także różnicowanie lub specjalizację komórek w celu oddzielenia warstw powierzchni L1 liścia od głębszych warstw. Na ostateczny kształt modelu wpływ będzie miał wkład innych naukowców zaangażowanych we współpracę. Mechanizm kontrolny, który zostanie włączony do modelu, będzie polegał na regulacji cyklu komórkowego za pomocą genów SHORTROOT i SCARECROW. W ramach innych wspólnych działań podjętych przez zespół projektu Plantsysmodel i innych badaczy z Uniwersytetu w Wageningen (Holandia) opracowano model wywoływanego auksyną procesu tworzenia się wzoru kwiatu u A. thaliana. Modelowanie komputerowe indywidualnych kaskad biochemicznych może pomóc w identyfikacji luk, a tym samym zapoczątkować nowe pomysły w zakresie przyszłych ścieżek badawczych. W ramach podejścia holistycznego przyjętego w projekcie Plantsysmodel opracowano modele, których celem jest ukazanie, jak wszystkie komponenty roślin oddziaływają na siebie wzajemnie, aby stworzyć pełny obraz rozwoju i fizjologii.
