La modélisation informatique met à jour la biologie des systèmes
Par son approche de biologie des systèmes, le projet Plantsysmodel («Integrating modeling into plant systems biology: applications to auxin-driven plant morphogenesis») s'est particulièrement intéressé au rôle du transport polaire de l'auxine dans la conception des fleurs et des feuilles d'Arabidopsis thaliana (A. thaliana). Aujourd'hui, les réseaux moléculaires impliquant l'auxine sont bien compris ainsi que les effets des flux d'auxine et l'expression des gènes associés dans la feuille, par exemple. Ce qui manque est une évaluation des mécanismes reliant les deux phénomènes, c’est-à-dire, le comportement individuel d'une cellule et le modelage de la feuille au niveau tissulaire. Les partenaires de Plantsysmodel ont proposé un modèle d'ondes progressives pour la formation de la nervure centrale des feuilles. Ce modèle a ensuite été optimisé en y ajoutant les données du transporteur d'influx auxinique, AUX1. La différentiation cellulaire ou la spécialisation d'une cellule séparant les assises superficielles L1 des couches plus profondes ont également été incluses dans le modèle. D'autres contributions provenant de collaborations avec d'autres chercheurs seront ajoutées au modèle. Le mécanisme de contrôle de la régulation du cycle cellulaire par les gènes SHORTROOT et SCARECROW devra également être incorporé. Une autre collaboration entre les partenaires de Plantsysmodel et d'autres chercheurs de l'Université de Wageningen aux Pays-Bas a permis de développer un modèle simulant le modelage des fleurs d'Arabidopsis thaliana contrôlé par le flux d'auxine. La modélisation informatique de chaque cascade biochimique permet ainsi d'identifier les lacunes et de stimuler de nouvelles idées de recherche. L'approche holistique adoptée par Plantsysmodel a permis de développer des modèles montrant comment tous les composants de la plante interagissaient pour former un ensemble physiologique et développemental cohérent.
