La résistance aux antibiotiques du microbiote indigène
Les antibiotiques ont pour effet de tuer les microbes ou d'inhiber leur croissance. Leur abus généralisé a placé une forte pression sélective sur les microorganismes, conduisant à la sélection de souches de bactéries résistantes à divers antibiotiques. Pour limiter le développement et la diffusion de ces souches, il faut élucider les mécanismes de l'action des antibiotiques et de l'apparition de la résistance. Les scientifiques du projet ANTIRESDEV , financé par l'UE, ont donc étudié les effets de l'administration d'une gamme d'antibiotiques (amoxicilline, minocycline, ciprofloxacine, clindamycine) à des volontaires sains. Ils ont étudié l'impact des antibiotiques sur l'apparition de la résistance dans le microbiote indigène des volontaires. L'idée était que les différences chimiques, pharmacocinétiques et de spectre antimicrobien de chaque antibiotique devaient conduire à l'apparition et à la persistance de différents modèles de résistance. Les chercheurs ont recruté quatre cohortes d'individus sains. Après avoir administré un antibiotique donné, les chercheurs ont analysé la présence de bactéries résistantes en divers endroits du corps, à l'aide de cultures et de techniques moléculaires. Ils ont effectué des prélèvements avant les traitements et à certains moments ensuite (jusqu'à un an). À l'exception de l'amoxicilline, le traitement par antibiotique a été rapidement suivi par un augmentation transitoire du nombre de bactéries résistantes. Dans le cas des ciprofloxacine et clindamycine, cette proportion plus élevée de souches résistantes a persisté jusqu'à un an après l'administration de l'antibiotique. Cependant, aucun des quatre antibiotiques n'a engendré de pression sélective suffisante à l'apparition de pathogènes d'importance clinique majeure comme Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa et Acinetobacter. Les analyses sans culture ont révélé que l'administration de minocycline, de clindamycine et de ciprofloxacine (mais pas d'amoxicilline), avait un effet majeur sur les flores orales et intestinales. Cependant, le microbiote oral revenait au bout d'un mois à une composition similaire à celle existant avant l'administration. Un mois après l'administration d'amoxicilline ou de minocycline, la flore intestinale était similaire à celle présente avant l'administration. Par contre, il a fallu 4 mois après l'administration de ciprofloxacine et de 4 mois à un an pour la clindamycine. Les résultats de l'étude ANTIRESDEV ont montré le nouveau potentiel de certains antibiotiques à induire l'apparition de souches résistantes chez des individus sains. Ils ont aussi révélé leur capacité à perturber le microbiote endogène protecteur dans divers endroits du corps. Ces informations pourraient aider les cliniciens à sélectionner l'antibiotique approprié pour minimiser simultanément l'apparition de la résistance à l'antibiotique et la perturbation des microbiotes chez l'homme.
Mots‑clés
Résistance aux antibiotiques, micropuce à ADN, élément génétique, microbiote
