Hacia una biotecnología verde y blanca
La reciente entrada en escena de las nuevas tecnologías de secuenciación permite extraer el genoma completo de microorganismos específicos y metagenomas a partir de muestras medioambientales. No obstante, el ritmo al que se genera nueva información genética es comparativamente muy superior al del descubrimiento de nuevas reacciones bioquímicas. «The Microme project: A knowledge-based bioinformatics framework for microbial pathway genomics» (MICROME) se propuso facilitar el análisis científico y biotecnológico de la información extraída de los genomas bacterianos. Este proyecto financiado con fondos europeos llegó a término en 2013 tras cuatro años de andadura. El consorcio estaba formado por expertos en biología computacional y microbiología experimental, además de por empresas del sector de la biotecnología blanca y verde. El equipo se centró en el desarrollo de una plataforma computacional destinada a extraer, estructurar y almacenar de forma actualizable el complemento enzimático codificado en los genomas bacterianos. La información recabada se empleó para generar modelos computacionales del metabolismo bacteriano y realizar análisis evolutivos y biotecnológicos. Asimismo, generó extensos conjuntos de datos que describen el complemento de reacción conocido de todos los genomas bacterianos secuenciados, hasta alcanzar una cifra de ocho millones de asociaciones de gen-reacción derivadas de más de nueve mil genomas. Se creó un repositorio público de datos biológicos asociado a una serie de herramientas de modelización y evaluación. Los modelos metabólicos, que pueden actualizarse automáticamente con la adición de nuevos conjuntos de datos mejorados, se elaboraron mediante el software desarrollado. Al final del proyecto se presentaron treinta modelos validados. Asimismo, se desarrollaron herramientas de análisis evolutivo de funciones metabólicas, análisis genómico contextual y retro-biosíntesis. En el curso del proyecto se creó una página web integrada para permitir el acceso público a estos datos y herramientas. Todos los datos generados en el marco de MICROME son de carácter público, se actualizan regularmente y se comparten con otros repositorios de libre acceso, por lo que siguen resultando de utilidad para la comunidad científica. El proyecto dio como frutos ciento once publicaciones científicas. MICROME ha abierto nuevas vías de investigación en los campos de la biotecnología y la biología evolutiva y sienta las bases para nuevos avances en el ámbito de la biotecnología verde y blanca.
Palabras clave
Biotecnología ecológica, catalizadores biológicos, reacciones enzimáticas, bioinformática, genómica de las vías microbianas
