Le diagnostic du cancer de la vessie par une approche protéomique
Le progrès technologique permet maintenant d'analyser un grand nombre d'échantillons avec un très haut débit. Le défi consiste, cependant, à transposer toutes les données générées en marqueurs tests utilisables au niveau du diagnostic clinique. Le financement de l'UE a permis aux partenaires du projet DECANBIO de réunir des experts en protéomique et transcriptomique afin d'identifier dans les échantillons d'urine de nouveaux biomarqueurs potentiels du cancer de la vessie. L'urine représente, en effet, un liquide corporel organique largement sous-exploité au niveau clinique qui pourrait s'avérer une source très précieuse pour la découverte de nouveaux biomarqueurs. C'est dans cette optique que les partenaires du projet ont récolté plus d'un millier d'échantillons d'urines provenant de patients diagnostiqués avec un cancer de la vessie ou de personnes témoins afin de construire une banque biologique. Les données de la base de données contenant toutes les informations sur les patients, leur cursus clinique et leurs données diagnostiques ont été associées à cette banque biologique. Après l'analyse de nombreuses sources provenant de la littérature scientifique, des banques de données de protéines et des données sur le cancer de la vessie, les chercheurs ont pu générer une liste d'environ 270 protéines associées avec le cancer de la vessie. Les chercheurs ont donc réalisé un dépistage protéomique à grande échelle sur 69 patients et 30 témoins afin de détecter ces protéines dans les échantillons d'urine. Ils ont tout d'abord effectué une électrophorèse protéique bidimensionnelle des échantillons d'urine. Ils ont ensuite réalisé une analyse de spectrométrie de masse sur les peptides obtenus en utilisant des marqueurs précis de masse et de rétention (AMT pour retention time tag). Ils ont ainsi pu calculer la masse peptidique unique de chaque fragment associé à la protéine parente. Afin d'éliminer les faux positifs potentiels, les partenaires du projet ont développé des méthodes SRM (pour selected reaction monitoring) de spectrométrie de masse qui permettent de quantifier avec précision des protéines de l'urine. Grâce à cette approche, les chercheurs ont pu détecter et valider plus de 330 peptides issus de 138 marqueurs protéiques potentiels. Surtout, ils ont identifié près de 24 biomarqueurs présentant une différenciation entre l'urine de patients souffrants d'un cancer de la vessie et celle provenant de patients 'normaux' (que l'on soupçonnait souffrir d'un cancer mais pour qui le diagnostic a été négatif). L'expression différentielle et l'implication de ces protéines dans le cancer de la vessie seront maintenant vérifiées par des tests ELISA sur une plus grande cohorte de patients. Les chercheurs ont également découvert que certaines protéines étaient tronquées ou allongées chez les patients atteints du cancer de la vessie, une différence détectable dans l'urine de ces patients. Un brevet sur ce nouveau concept de détection du cancer de la vessie combiné aux biomarqueurs protéiques est d'ailleurs en préparation.