L'approccio proteomico per il cancro della vescica
I progressi tecnologici nel corso degli anni hanno permesso analisi ad alta processività di un grande numero di campioni. La sfida, comunque, è essere in grado di tradurre i dati generati in test dei biomarcatori che possano essere utilizzati per la diagnosi clinica. Il finanziamento dell'UE al progetto DECANBIO ha riunito esperti in proteomica e trascrittomica per identificare nelle urine nuovi biomarcatori candidati per il cancro della vescica. L'urina è un fluido corporeo non molto studiato a livello clinico, che potrebbe rivelarsi di grande valore per la scoperta di biomarcatori. A tal fine i partner hanno raccolto oltre 1 000 campioni di urina di pazienti con cancro della vescica e di controlli da una biobanca. Questi erano collegati a un database contenente informazioni, dati clinici e diagnostici dei pazienti. In seguito all'analisi di varie fonti di letteratura, banche dati sulle proteine e dati sul cancro della vescica, i ricercatori hanno creato una lista di 270 proteine associate al cancro della vescica. È stato eseguito uno screening proteomico su larga scala di 69 pazienti e 30 controlli per individuare queste proteine nei campioni di urine. Gli scienziati hanno prima eseguito un'elettroforesi bidimensionale (2D) delle proteine dai campioni urinari; in seguito è stata svolta un'analisi spettrometrica dei peptidi utilizzando tag di massa accurata e tempo di ritenzione (AMT). I ricercatori sono così riusciti a calcolare la massa del peptide per la correlazione esclusiva alla sua proteina genitore. Per escludere potenziali risultati di falsi positivi, i partner hanno sviluppato metodologie di spettrometria di massa per il monitoraggio di reazioni selezionate (SRM) al fine di quantificare con accuratezza le proteine urinarie. Grazie a questo approccio è stato possibile individuare e convalidare oltre 330 peptidi originati da 138 proteine candidate come biomarcatori. Cosa ancora più importante, un elenco di 24 biomarcatori ha dimostrato la differenziazione tra le urine dei pazienti con cancro della vescica e le urine dei pazienti normali (sospettati di avere il cancro della vescica ma risultati negativi ai test). L'espressione differenziale e il coinvolgimento di queste proteine nel cancro della vescica dovrebbero ora essere verificati tramite ELISA su coorti più ampie. Un'altra importante scoperta di DECANBIO è stato il fatto che alcuni prodotti genici fossero troncati o allungati nei pazienti con il cancro della vescica, e dovrebbero quindi essere rilevabili nelle urine di quei pazienti. È in fase di preparazione un brevetto per questo nuovo concetto di individuazione del cancro della vescica in combinazione con biomarcatori proteici.
