Proteómica aplicada al diagnóstico del cáncer de vejiga
Los avances tecnológicos realizados en los últimos años han permitido realizar análisis de alto rendimiento de un gran número de muestras. Sin embargo, el reto consiste en trasladar los datos obtenidos a ensayos con biomarcadores aptos para el diagnóstico clínico. En el proyecto DECANBIO, financiado con fondos europeos, colaboran expertos en proteómica y transcriptómica con el cometido de identificar candidatos novedosos a biomarcadores para el cáncer de vejiga en muestras de orina. La orina es un líquido corporal poco estudiado que podría ser de gran utilidad para la identificación de biomarcadores. Con este objetivo, los miembros del proyecto recogieron más de mil muestras de orina de pacientes con cáncer de vejiga y de controles procedentes de un biobanco. Estas muestras estaban asociadas a una base de datos que incluía información sobre los pacientes y su historia clínica. Tras la revisión de las publicaciones pertinentes, los bancos de proteínas y los datos sobre el cáncer de vejiga, los investigadores elaboraron una lista de doscientas setenta proteínas relacionadas con esta enfermedad. A continuación se llevó a cabo un análisis proteómico a gran escala de sesenta y nueve pacientes y treinta controles a fin de detectar estas proteínas en muestras de orina. En primer lugar, los científicos realizaron una electroforesis bidimensional (2D) para identificar las proteínas presentes en las muestras de orina. Posteriormente, se utilizó la espectrometría de masas con etiquetas de masa y tiempo exactas (accurate mass and retention time tags, AMT), lo que permitió calcular la masa de los péptidos para determinar de forma unívoca la proteína de la que proceden. Con objeto de excluir los falsos positivos, los científicos diseñaron técnicas de espectrometría de masas de monitorización de la reacción seleccionada (SRM) para cuantificar de forma precisa las proteínas de la orina. Con esta técnica se pudo detectar y validar más de 330 péptidos procedentes de 138 candidatos a biomarcadores proteicos. Es importante destacar que veinticuatro biomarcadores demostraron capacidad de diferenciación entre la orina de pacientes con cáncer de vejiga y de pacientes normales (aquellos con sospecha de cáncer de vejiga pero con diagnóstico negativo para esta enfermedad). A continuación será necesario verificar el grado de expresión e implicación de estas proteínas en la orina de pacientes con cáncer de vejiga en cohortes más amplias aplicando la prueba ELISA. Otro importante descubrimiento de DECANBIO fue la presencia en los pacientes con cáncer de vejiga de algunos productos génicos reducidos o ampliados que, por lo tanto, deberían detectarse en la orina de estos pacientes. Se está preparando una patente para esta nueva técnica de detección del cáncer de vejiga junto con biomarcadores proteicos.
