Análisis genómicos a escala masiva ayudan a desarrollar modelos de enfermedades
El proyecto EURATRANS (European large-scale functional genomics in the rat for translational research) reunió a investigadores expertos para utilizar tecnologías de secuenciación de nueva generación para generar conjuntos de datos genómicos, transcriptómicos y epigenómicos. Además, los socios del proyecto EURATRANS llevaron a cabo análisis a nivel molecular empleando juegos de datos cuantitativos proteómicos y metabonómicos. Los investigadores utilizaron la rata como organismo modelo con el que identificar las principales rutas génicas en diversos trastornos humanos de tipo inflamatorio, cardiovascular, metabólico y conductual. Este nuevo enfoque, que integra los conjuntos de datos en modelos dinámicos, se puede emplear para esclarecer la función de genes humanos y allanar el camino hacia el uso de redes genómicas funcionales en pro de una medicina comparativa. En el estudio se incluyeron también los cambios epigenéticos en la actividad génica. Los investigadores también desarrollaron algoritmos para integrar diferentes mapas del genoma completo sobre los estados de la cromatina y facilitar un análisis simultáneo de un gran número de marcadores epigenéticos. Con respecto al proteoma, se ha elaborado una lista con más de doce mil quinientas proteínas de rata. El efecto biológico de los metabolitos es un factor decisivo en muchas enfermedades como la diabetes de tipo II. Se ha investigado la disminución de enzimas en las células adiposas o adipocitos y se ha desarrollado un procedimiento de fenotipaje de metabolitos tisulares. Estas ratas transgénicas fueron desarrolladas empleando la tecnología de transposones, un medio para insertar genes en el genoma sin emplear virus como vectores del material genético. Se han desarrollado nuevas líneas que podrían convertirse en modelos de ratas experimentales ideales para validar la función de los genes y de las proteínas sometidas a estudio. Los análisis comparativos han permitido tanto el mapeado de un gran número de loci responsables de la expresión cuantitativa de caracteres fenotípicos como la identificación de múltiples redes de regulación genética de gran importancia. Uno de estos genes fue identificado como el principal gen relacionado con la presión arterial y la hipertensión. El número de publicaciones del proyecto EURATRANS es impresionante, incluyendo artículos en revistas científicas con un alto factor de impacto como Genome Biology y Nature Genetics. Los análisis genómicos completos de treinta y siete líneas de ratas transgénicas que representan las principales enfermedades analizadas fueron publicados en la revista Cell. La nueva versión 7.0 del ensamblaje del genoma de rata se publicó en Ensembl. Los datos y demás frutos del proyecto EURATRANS se han incorporado a nuevas bases de datos y a repositorios paralelos de modelos, reactivos, herramientas y especímenes. El cambio de enfoque con respecto a la función de genes únicos allana el camino para esclarecer los mecanismos fundamentales en la etiología de las enfermedades, esto es, vías hacia dianas de utilidad con fines diagnósticos y terapéuticos.
Palabras clave
Modelos de enfermedades, redes génicas, modelo dinámico, epigenético, proteoma
