Understanding microbiomes of the ruminant holobiont

Informations projet

HoloRuminant

N° de convention de subvention: 101000213

DOI

10.3030/101000213

Date de signature de la CE 6 Mai 2021

Date de début 1 Octobre 2021

Date de fin 30 Septembre 2026

Financé au titre de

• SOCIETAL CHALLENGES - Food security, sustainable agriculture and forestry, marine, maritime and inland water research, and the bioeconomy

Coût total

€ 10 895 021,00

Contribution de l’UE

€ 9 724 763,75

Coordonné par

INSTITUT NATIONAL DE RECHERCHE POUR L'AGRICULTURE, L'ALIMENTATION ET L'ENVIRONNEMENT
France

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Open Research Data Pilot (2)

HoloRuminant Data Management Plan (update at M18)
HoloRuminant Data Management Plan

Documents, reports (1)

Communication toolkit and project identity

Publications

Peer reviewed articles (22)

Susceptibility of dairy cows to subacute ruminal acidosis is reflected in both prepartum and postpartum bacteria as well as odd- and branched-chain fatty acids in feces

Auteurs: Yang, H., Heirbaut, S., Jing, X. et al.
Publié dans: Journal of Animal Science and Biotechnology, 2022, ISSN 1674-9782
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s40104-022-00738-8

Public acceptance of microbiome management strategy in dairy calves: a European survey on colostrum, probiotic provision and prolonged cow-calf contact

Auteurs: A. Ait Sidhoum, A. Stygar, F. Bedoin, J.K. Niemi
Publié dans: animal, Numéro 19, 2025, Page(s) 101380, ISSN 1751-7311
Éditeur: Cambridge University Press
DOI: 10.1016/j.animal.2024.101380

Protozoal populations drive system-wide variation in the rumen microbiome

Auteurs: Carl M. Kobel, Andy Leu, Arturo Vera-Ponce de León, Ove Øyås, Wanxin Lai, Ianina Altshuler, Live H. Hagen, Rasmus D. Wollenberg, Mads T. Søndergaard, Cassie R. Bakshani, William G. T. Willats, Laura Nicoll, Simon J. McIlroy, Torgeir R. Hvidsten, Oliver Schmidt, Chris Greening, Gene W. Tyson, Rainer Roehe, Velma T. E. Aho, Phillip B. Pope
Publié dans: Nature Communications, Numéro 16, 2025, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-025-61302-2

Metabolic capabilities of key rumen microbiota drive methane emissions in cattle

Auteurs: Wanxin Lai, Antton Alberdi, Andy Leu, Arturo V. P. de Leon, Carl M. Kobel, Velma T. E. Aho, Rainer Roehe, Phil B. Pope, Torgeir R. Hvidsten
Publié dans: mSystems, Numéro 10, 2025, ISSN 2379-5077
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/msystems.00601-25

A Comprehensive Review: Bovine Respiratory Disease, Current Insights into Epidemiology, Diagnostic Challenges, and Vaccination

Auteurs: Stephanie O’Donoghue, Sinéad M. Waters, Derek W. Morris, Bernadette Earley
Publié dans: Veterinary Sciences, Numéro 12, 2025, Page(s) 778, ISSN 2306-7381
Éditeur: MDPI AG
DOI: 10.3390/vetsci12080778

Subacute ruminal acidosis phenotypes in periparturient dairy cows differ in ruminal and salivary bacteria and in the in vitro fermentative activity of their ruminal microbiota

Auteurs: H. Yang, S. Heirbaut, J. Jeyanathan, X.P. Jing, N. De Neve, L. Vandaele, V. Fievez
Publié dans: Journal of Dairy Science, 2022, ISSN 0022-0302
Éditeur: American Dairy Science Association
DOI: 10.3168/jds.2021-21115

Empowering bioinformatics communities with Nextflow and nf-core

Auteurs: Björn E. Langer, Andreia Amaral, Marie-Odile Baudement, Franziska Bonath, Mathieu Charles, Praveen Krishna Chitneedi, Emily L. Clark, Paolo Di Tommaso, Sarah Djebali, Philip A. Ewels, Sonia Eynard, James A. Fellows Yates, Daniel Fischer, Evan W. Floden, Sylvain Foissac, Gisela Gabernet, Maxime U. Garcia, Gareth Gillard, Manu Kumar Gundappa, Cervin Guyomar, Christopher Hakkaart, Friederike Hanssen
Publié dans: Genome Biology, Numéro 26, 2025, ISSN 1474-760X
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s13059-025-03673-9

Feed additives for methane mitigation: A guideline to uncover the mode of action of antimethanogenic feed additives for ruminants

Auteurs: Alejandro Belanche, André Bannink, Jan Dijkstra, Zoey Durmic, Florencia Garcia, Fernanda G. Santos, Sharon Huws, Jeyamalar Jeyanathan, Peter Lund, Roderick I. Mackie, Tim A. McAllister, Diego P. Morgavi, Stefan Muetzel, Dipti W. Pitta, David R. Yáñez-Ruiz, Emilio M. Ungerfeld
Publié dans: Journal of Dairy Science, Numéro 108, 2025, Page(s) 375-394, ISSN 0022-0302
Éditeur: American Dairy Science Association
DOI: 10.3168/jds.2024-25046

Rumen microbiota associated with feed efficiency in beef cattle are highly influenced by diet composition

Auteurs: Abimael Ortiz-Chura, Karla Fabiola Corral-Jara, Jeremy Tournayre, Gonzalo Cantalapiedra-Hijar, Milka Popova, Diego P. Morgavi
Publié dans: Animal Nutrition, Numéro 21, 2025, Page(s) 378-389, ISSN 2405-6545
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.aninu.2024.11.027

Response of Primary Mammary Epithelial Cells to Pathogen Challenge in Dairy Cows with Divergent Genomic Breeding Values for Udder Health

Auteurs: Terhi Iso-Touru, Daniel Fischer, Frank Panitz, Suvi Taponen, Zexi Cai, Goutam Sahana, Ilma Tapio, Johanna Vilkki
Publié dans: Genomics, Numéro Volume 117, Numéro 5, 2025, ISSN 0888-7543
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.2139/ssrn.5277413

Can high-lipid concentrates offset the high enteric methane production caused by high-forage diets fed to lactating dairy cows?

Auteurs: N. Ayanfe, I. Tapio, S. Ahvenjärvi, M. Rinne, A. Sairanen, A.R. Bayat
Publié dans: Journal of Dairy Science, Numéro 108, 2025, Page(s) 8350-8366, ISSN 0022-0302
Éditeur: American Dairy Science Association
DOI: 10.3168/jds.2024-26108

CompareM2 is a genomes-to-report pipeline for comparing microbial genomes

Auteurs: Carl M Kobel, Velma T E Aho, Ove Øyås, Niels Nørskov-Lauritsen, Ben J Woodcroft, Phillip B Pope
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 41, 2025, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaf517

Duration of dam contact had a long effect on calf rumen microbiota without affecting growth

Auteurs: Laurianne Voland, Abimael Ortiz-Chura, Jeremy Tournayre, Bruno Martin, Matthieu Bouchon, Alessandra Nicolao, Dominique Pomiès, Diego P. Morgavi, Milka Popova
Publié dans: Frontiers in Veterinary Science, Numéro 12, 2025, ISSN 2297-1769
Éditeur: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fvets.2025.1548892

Effects of feed additives in the diet of male dairy beef calves on physiological status and rumen microbial fermentation pre- and postweaning

Auteurs: E. Romera-Recio, E. Ramos-Morales, A. Belanche, M. Hassan, P. Romero, A. Gómez, I. Rivelli, N. Llanes, J. Torra, D.R. Yáñez-Ruiz
Publié dans: Animal Feed Science and Technology, Numéro 321, 2025, Page(s) 116243, ISSN 0377-8401
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.anifeedsci.2025.116243

International Symposium on Ruminant Physiology: The role of rumen microbiome in the development of methane mitigation strategies for ruminant livestock

Auteurs: S.M. Waters, E. Roskam, P.E. Smith, D.A. Kenny, M. Popova, M. Eugène, D.P. Morgavi
Publié dans: Journal of Dairy Science, Numéro 108, 2025, Page(s) 7591-7606, ISSN 0022-0302
Éditeur: American Dairy Science Association
DOI: 10.3168/jds.2024-25778

Genes and pathways revealed by whole transcriptome analysis of milk derived bovine mammary epithelial cells after Escherichia coli challenge

Auteurs: Terhi Iso-Touru, Frank Panitz, Daniel Fischer, Minna K. Kyläniemi, Suvi Taponen, Jonna Tabell, Anneli Virta, Johanna Vilkki
Publié dans: Veterinary Research, Numéro 55, 2024, ISSN 1297-9716
Éditeur: Veterinary research
DOI: 10.1186/s13567-024-01269-y

Ruminant microbiome data are skewed and unFAIR, undermining their usefulness for sustainable production improvement

Auteurs: Abimael Ortiz-Chura, Milka Popova, Diego P. Morgavi
Publié dans: Animal Microbiome, Numéro 6, 2024, ISSN 2524-4671
Éditeur: National Library of Medicine
DOI: 10.1186/s42523-024-00348-x

Health-associated changes of the fecal microbiota in dairy heifer calves during the pre-weaning period

Auteurs: Sabine Scully, Bernadette Earley, Paul E. Smith, Catherine McAloon, Sinéad M. Waters
Publié dans: Frontiers in Microbiology, Numéro 15, 2024, ISSN 1664-302X
Éditeur: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2024.1359611

Recent Advances in Enteric Methane Mitigation and the Long Road to Sustainable Ruminant Production

Auteurs: Simon Roques, Gonzalo Martinez-Fernandez, Yuliaxis Ramayo-Caldas, Milka Popova, Stuart Denman, Sarah J. Meale, Diego P. Morgavi
Publié dans: Annual Review of Animal Biosciences, Numéro 12, 2024, Page(s) 321-343, ISSN 2165-8102
Éditeur: Annual Reviews Inc.
DOI: 10.1146/annurev-animal-021022-024931

Characterisation of the bacterial and archaeal microbiota in fresh colostrum collected from a single, spring-calving dairy herd

Auteurs: Sabine Scully, Bernadette Earley, Paul E. Smith, Matthew S. J. Finnie, Catherine McAloon, Frank Buckley, David A. Kenny, Sinéad M. Waters
Publié dans: PLOS One, Numéro 20, 2025, Page(s) e0335718, ISSN 1932-6203
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0335718

Co-occurring microbial guilds in pig fecal microbiota: key drivers and effects on host performance

Auteurs: Ioanna-Theoni Vourlaki, Raquel Rio-Lopez, Adrià Clavell-Sansalvador, Lino C. Ramírez-Ayala, Maria Ballester, Juan P. Sanchez, Miriam Piles, Raquel Quintanilla, Angela C. da Fonseca de Oliveira, Leandro Batista Costa, Antoni Dalmau, Yuliaxis Ramayo-Caldas
Publié dans: Genetics Selection Evolution, Numéro 57, 2025, ISSN 1297-9686
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s12711-025-00979-x

Integrating host and microbiome biology using holo-omics

Auteurs: Carl M. Kobel, Jenny Merkesvik, Idun Maria Tokvam Burgos, Wanxin Lai, Ove Øyås, Phillip B. Pope, Torgeir R. Hvidsten, Velma T. E. Aho
Publié dans: Molecular Omics, Numéro 20, 2024, Page(s) 438-452, ISSN 2515-4184
Éditeur: Royal Society of Chemistry (RSC)
DOI: 10.1039/d4mo00017j