Understanding microbiomes of the ruminant holobiont

Projektinformationen

HoloRuminant

ID Finanzhilfevereinbarung: 101000213

DOI

10.3030/101000213

EK-Unterschriftsdatum 6 Mai 2021

Startdatum 1 Oktober 2021

Enddatum 30 September 2026

Finanziert unter

• SOCIETAL CHALLENGES - Food security, sustainable agriculture and forestry, marine, maritime and inland water research, and the bioeconomy

Gesamtkosten

€ 10 895 021,00

EU-Beitrag

€ 9 724 763,75

Koordiniert durch

INSTITUT NATIONAL DE RECHERCHE POUR L'AGRICULTURE, L'ALIMENTATION ET L'ENVIRONNEMENT
France

CORDIS bietet Links zu öffentlichen Ergebnissen und Veröffentlichungen von HORIZONT-Projekten.

Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Leistungen

Open Research Data Pilot (2)

HoloRuminant Data Management Plan (update at M18)

HoloRuminant Data Management Plan update at M18

HoloRuminant Data Management Plan

Documents, reports (1)

Communication toolkit and project identity

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (22)

Susceptibility of dairy cows to subacute ruminal acidosis is reflected in both prepartum and postpartum bacteria as well as odd- and branched-chain fatty acids in feces

Autoren: Yang, H., Heirbaut, S., Jing, X. et al.
Veröffentlicht in: Journal of Animal Science and Biotechnology, 2022, ISSN 1674-9782
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s40104-022-00738-8

Public acceptance of microbiome management strategy in dairy calves: a European survey on colostrum, probiotic provision and prolonged cow-calf contact

Autoren: A. Ait Sidhoum, A. Stygar, F. Bedoin, J.K. Niemi
Veröffentlicht in: animal, Ausgabe 19, 2025, Seite(n) 101380, ISSN 1751-7311
Herausgeber: Cambridge University Press
DOI: 10.1016/j.animal.2024.101380

Protozoal populations drive system-wide variation in the rumen microbiome

Autoren: Carl M. Kobel, Andy Leu, Arturo Vera-Ponce de León, Ove Øyås, Wanxin Lai, Ianina Altshuler, Live H. Hagen, Rasmus D. Wollenberg, Mads T. Søndergaard, Cassie R. Bakshani, William G. T. Willats, Laura Nicoll, Simon J. McIlroy, Torgeir R. Hvidsten, Oliver Schmidt, Chris Greening, Gene W. Tyson, Rainer Roehe, Velma T. E. Aho, Phillip B. Pope
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 16, 2025, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-025-61302-2

Metabolic capabilities of key rumen microbiota drive methane emissions in cattle

Autoren: Wanxin Lai, Antton Alberdi, Andy Leu, Arturo V. P. de Leon, Carl M. Kobel, Velma T. E. Aho, Rainer Roehe, Phil B. Pope, Torgeir R. Hvidsten
Veröffentlicht in: mSystems, Ausgabe 10, 2025, ISSN 2379-5077
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/msystems.00601-25

A Comprehensive Review: Bovine Respiratory Disease, Current Insights into Epidemiology, Diagnostic Challenges, and Vaccination

Autoren: Stephanie O’Donoghue, Sinéad M. Waters, Derek W. Morris, Bernadette Earley
Veröffentlicht in: Veterinary Sciences, Ausgabe 12, 2025, Seite(n) 778, ISSN 2306-7381
Herausgeber: MDPI AG
DOI: 10.3390/vetsci12080778

Subacute ruminal acidosis phenotypes in periparturient dairy cows differ in ruminal and salivary bacteria and in the in vitro fermentative activity of their ruminal microbiota

Autoren: H. Yang, S. Heirbaut, J. Jeyanathan, X.P. Jing, N. De Neve, L. Vandaele, V. Fievez
Veröffentlicht in: Journal of Dairy Science, 2022, ISSN 0022-0302
Herausgeber: American Dairy Science Association
DOI: 10.3168/jds.2021-21115

Empowering bioinformatics communities with Nextflow and nf-core

Autoren: Björn E. Langer, Andreia Amaral, Marie-Odile Baudement, Franziska Bonath, Mathieu Charles, Praveen Krishna Chitneedi, Emily L. Clark, Paolo Di Tommaso, Sarah Djebali, Philip A. Ewels, Sonia Eynard, James A. Fellows Yates, Daniel Fischer, Evan W. Floden, Sylvain Foissac, Gisela Gabernet, Maxime U. Garcia, Gareth Gillard, Manu Kumar Gundappa, Cervin Guyomar, Christopher Hakkaart, Friederike Hanssen
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 26, 2025, ISSN 1474-760X
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s13059-025-03673-9

Feed additives for methane mitigation: A guideline to uncover the mode of action of antimethanogenic feed additives for ruminants

Autoren: Alejandro Belanche, André Bannink, Jan Dijkstra, Zoey Durmic, Florencia Garcia, Fernanda G. Santos, Sharon Huws, Jeyamalar Jeyanathan, Peter Lund, Roderick I. Mackie, Tim A. McAllister, Diego P. Morgavi, Stefan Muetzel, Dipti W. Pitta, David R. Yáñez-Ruiz, Emilio M. Ungerfeld
Veröffentlicht in: Journal of Dairy Science, Ausgabe 108, 2025, Seite(n) 375-394, ISSN 0022-0302
Herausgeber: American Dairy Science Association
DOI: 10.3168/jds.2024-25046

Rumen microbiota associated with feed efficiency in beef cattle are highly influenced by diet composition

Autoren: Abimael Ortiz-Chura, Karla Fabiola Corral-Jara, Jeremy Tournayre, Gonzalo Cantalapiedra-Hijar, Milka Popova, Diego P. Morgavi
Veröffentlicht in: Animal Nutrition, Ausgabe 21, 2025, Seite(n) 378-389, ISSN 2405-6545
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.aninu.2024.11.027

Response of Primary Mammary Epithelial Cells to Pathogen Challenge in Dairy Cows with Divergent Genomic Breeding Values for Udder Health

Autoren: Terhi Iso-Touru, Daniel Fischer, Frank Panitz, Suvi Taponen, Zexi Cai, Goutam Sahana, Ilma Tapio, Johanna Vilkki
Veröffentlicht in: Genomics, Ausgabe Volume 117, Ausgabe 5, 2025, ISSN 0888-7543
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.2139/ssrn.5277413

Can high-lipid concentrates offset the high enteric methane production caused by high-forage diets fed to lactating dairy cows?

Autoren: N. Ayanfe, I. Tapio, S. Ahvenjärvi, M. Rinne, A. Sairanen, A.R. Bayat
Veröffentlicht in: Journal of Dairy Science, Ausgabe 108, 2025, Seite(n) 8350-8366, ISSN 0022-0302
Herausgeber: American Dairy Science Association
DOI: 10.3168/jds.2024-26108

CompareM2 is a genomes-to-report pipeline for comparing microbial genomes

Autoren: Carl M Kobel, Velma T E Aho, Ove Øyås, Niels Nørskov-Lauritsen, Ben J Woodcroft, Phillip B Pope
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 41, 2025, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaf517

Duration of dam contact had a long effect on calf rumen microbiota without affecting growth

Autoren: Laurianne Voland, Abimael Ortiz-Chura, Jeremy Tournayre, Bruno Martin, Matthieu Bouchon, Alessandra Nicolao, Dominique Pomiès, Diego P. Morgavi, Milka Popova
Veröffentlicht in: Frontiers in Veterinary Science, Ausgabe 12, 2025, ISSN 2297-1769
Herausgeber: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fvets.2025.1548892

Effects of feed additives in the diet of male dairy beef calves on physiological status and rumen microbial fermentation pre- and postweaning

Autoren: E. Romera-Recio, E. Ramos-Morales, A. Belanche, M. Hassan, P. Romero, A. Gómez, I. Rivelli, N. Llanes, J. Torra, D.R. Yáñez-Ruiz
Veröffentlicht in: Animal Feed Science and Technology, Ausgabe 321, 2025, Seite(n) 116243, ISSN 0377-8401
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.anifeedsci.2025.116243

International Symposium on Ruminant Physiology: The role of rumen microbiome in the development of methane mitigation strategies for ruminant livestock

Autoren: S.M. Waters, E. Roskam, P.E. Smith, D.A. Kenny, M. Popova, M. Eugène, D.P. Morgavi
Veröffentlicht in: Journal of Dairy Science, Ausgabe 108, 2025, Seite(n) 7591-7606, ISSN 0022-0302
Herausgeber: American Dairy Science Association
DOI: 10.3168/jds.2024-25778

Genes and pathways revealed by whole transcriptome analysis of milk derived bovine mammary epithelial cells after Escherichia coli challenge

Autoren: Terhi Iso-Touru, Frank Panitz, Daniel Fischer, Minna K. Kyläniemi, Suvi Taponen, Jonna Tabell, Anneli Virta, Johanna Vilkki
Veröffentlicht in: Veterinary Research, Ausgabe 55, 2024, ISSN 1297-9716
Herausgeber: Veterinary research
DOI: 10.1186/s13567-024-01269-y

Ruminant microbiome data are skewed and unFAIR, undermining their usefulness for sustainable production improvement

Autoren: Abimael Ortiz-Chura, Milka Popova, Diego P. Morgavi
Veröffentlicht in: Animal Microbiome, Ausgabe 6, 2024, ISSN 2524-4671
Herausgeber: National Library of Medicine
DOI: 10.1186/s42523-024-00348-x

Health-associated changes of the fecal microbiota in dairy heifer calves during the pre-weaning period

Autoren: Sabine Scully, Bernadette Earley, Paul E. Smith, Catherine McAloon, Sinéad M. Waters
Veröffentlicht in: Frontiers in Microbiology, Ausgabe 15, 2024, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2024.1359611

Recent Advances in Enteric Methane Mitigation and the Long Road to Sustainable Ruminant Production

Autoren: Simon Roques, Gonzalo Martinez-Fernandez, Yuliaxis Ramayo-Caldas, Milka Popova, Stuart Denman, Sarah J. Meale, Diego P. Morgavi
Veröffentlicht in: Annual Review of Animal Biosciences, Ausgabe 12, 2024, Seite(n) 321-343, ISSN 2165-8102
Herausgeber: Annual Reviews Inc.
DOI: 10.1146/annurev-animal-021022-024931

Characterisation of the bacterial and archaeal microbiota in fresh colostrum collected from a single, spring-calving dairy herd

Autoren: Sabine Scully, Bernadette Earley, Paul E. Smith, Matthew S. J. Finnie, Catherine McAloon, Frank Buckley, David A. Kenny, Sinéad M. Waters
Veröffentlicht in: PLOS One, Ausgabe 20, 2025, Seite(n) e0335718, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0335718

Co-occurring microbial guilds in pig fecal microbiota: key drivers and effects on host performance

Autoren: Ioanna-Theoni Vourlaki, Raquel Rio-Lopez, Adrià Clavell-Sansalvador, Lino C. Ramírez-Ayala, Maria Ballester, Juan P. Sanchez, Miriam Piles, Raquel Quintanilla, Angela C. da Fonseca de Oliveira, Leandro Batista Costa, Antoni Dalmau, Yuliaxis Ramayo-Caldas
Veröffentlicht in: Genetics Selection Evolution, Ausgabe 57, 2025, ISSN 1297-9686
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s12711-025-00979-x

Integrating host and microbiome biology using holo-omics

Autoren: Carl M. Kobel, Jenny Merkesvik, Idun Maria Tokvam Burgos, Wanxin Lai, Ove Øyås, Phillip B. Pope, Torgeir R. Hvidsten, Velma T. E. Aho
Veröffentlicht in: Molecular Omics, Ausgabe 20, 2024, Seite(n) 438-452, ISSN 2515-4184
Herausgeber: Royal Society of Chemistry (RSC)
DOI: 10.1039/d4mo00017j