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CORDIS - Résultats de la recherche de l’UE
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Enabling Live-Cell 4D Super-Resolution Microscopy Guided by Artificial Intelligence

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

High-fidelity 3D live-cell nanoscopy through data-driven enhanced super-resolution radial fluctuation (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Romain F. Laine, Hannah S. Heil, Simao Coelho, Jonathon Nixon-Abell, Angélique Jimenez, Theresa Wiesner, Damián Martínez, Tommaso Galgani, Louise Régnier, Aki Stubb, Gautier Follain, Samantha Webster, Jesse Goyette, Aurelien Dauphin, Audrey Salles, Siân Culley, Guillaume Jacquemet, Bassam Hajj, Christophe Leterrier, Ricardo Henriques
Publié dans: Nature Methods, 2023, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-023-02057-w

Democratising deep learning for microscopy with ZeroCostDL4Mic (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Lucas von Chamier, Romain F. Laine, Johanna Jukkala, Christoph Spahn, Daniel Krentzel, Elias Nehme, Martina Lerche, Sara Hernández-Pérez, Pieta K. Mattila, Eleni Karinou, Séamus Holden, Ahmet Can Solak, Alexander Krull, Tim-Oliver Buchholz, Martin L. Jones, Loïc A. Royer, Christophe Leterrier, Yoav Shechtman, Florian Jug, Mike Heilemann, Guillaume Jacquemet, Ricardo Henriques
Publié dans: Nature Communications, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-22518-0

DeepBacs for multi-task bacterial image analysis using open-source deep learning approaches (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Christoph Spahn, Estibaliz Gómez-de-Mariscal, Romain F. Laine, Pedro M. Pereira, Lucas von Chamier, Mia Conduit, Mariana G. Pinho, Guillaume Jacquemet, Séamus Holden, Mike Heilemann, Ricardo Henriques
Publié dans: Communications Biology, 2022, ISSN 2399-3642
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s42003-022-03634-z

Avoiding a replication crisis in deep-learning-based bioimage analysis (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Romain F. Laine, Ignacio Arganda-Carreras, Ricardo Henriques, Guillaume Jacquemet
Publié dans: Nature Methods, Numéro 18, 2021, Page(s) 1136-1144, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-021-01284-3

CellTracksColab is a platform that enables compilation, analysis, and exploration of cell tracking data (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Estibaliz Gómez-de-Mariscal, Hanna Grobe, Joanna W. Pylvänäinen, Laura Xénard, Ricardo Henriques, Jean-Yves Tinevez, Guillaume Jacquemet
Publié dans: PLOS Biology, Numéro 22, 2024, Page(s) e3002740, ISSN 1545-7885
Éditeur: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pbio.3002740

Mapping molecular complexes with super-resolution microscopy and single-particle analysis (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Afonso Mendes; Hannah S. Heil; Simao Coelho; Christophe Leterrier; Ricardo Henriques
Publié dans: Open Biology, Numéro 2, 2022, ISSN 2046-2441
Éditeur: Royal Society Publishing
DOI: 10.1098/rsob.220079

Trimethine Cyanine Dyes as NA-Sensitive Probes for Visualization of Cell Compartments in Fluorescence Microscopy (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Daria Aristova; Roman Selin; Hannah Sophie Heil; Viktoriia Kosach; Yuriy Slominsky; Sergiy Yarmoluk; Vasyl Pekhnyo; Vladyslava Kovalska; Ricardo Henriques; Andriy Mokhir; Svitlana Chernii
Publié dans: ACS Omega, Numéro 3, 2022, ISSN 2470-1343
Éditeur: American Chemical Society omega
DOI: 10.1021/acsomega.2c05231

Cell constriction requires processive septal peptidoglycan synthase movement independent of FtsZ treadmilling in Staphylococcus aureus (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Simon Schäper, António D. Brito, Bruno M. Saraiva, Georgia R. Squyres, Matthew J. Holmes, Ethan C. Garner, Zach Hensel, Ricardo Henriques, Mariana G. Pinho
Publié dans: Nature Microbiology, Numéro 9, 2024, Page(s) 1049-1063, ISSN 2058-5276
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41564-024-01629-6

Efficiently accelerated bioimage analysis with NanoPyx, a Liquid Engine-powered Python framework (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Bruno M. Saraiva, Inês Cunha, António D. Brito, Gautier Follain, Raquel Portela, Robert Haase, Pedro M. Pereira, Guillaume Jacquemet, Ricardo Henriques
Publié dans: Nature Methods, Numéro 22, 2025, Page(s) 283-286, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-024-02562-6

Fast4DReg: Fast registration of 4D microscopy datasets

Auteurs: Joanna W Pylvänäinen; Romain F Laine; Bruno M.S. Saraiva; Sujan Ghimire; Gautier Follain; Ricardo Henriques; Guillaume Jacquemet
Publié dans: Journal of Cell Science, 2023, ISSN 0021-9533
Éditeur: The Company of Biologists Ltd.

The rise of data‐driven microscopy powered by machine learning (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Leonor Morgado, Estibaliz Gómez‐de‐Mariscal, Hannah S. Heil, Ricardo Henriques
Publié dans: Journal of Microscopy, Numéro 295, 2024, Page(s) 85-92, ISSN 0022-2720
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/jmi.13282

Single-Molecule Super-Resolution Imaging of T-Cell Plasma Membrane CD4 Redistribution upon HIV-1 Binding. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Yue Yuan; Caron Jacobs; Caron Jacobs; Isabel Llorente Garcia; Pedro M. Pereira; Pedro M. Pereira; Scott P. Lawrence; Romain F. Laine; Romain F. Laine; Mark Marsh; Ricardo Henriques; Ricardo Henriques; Ricardo Henriques
Publié dans: Viruses, Numéro 1, 2021, ISSN 1999-4915
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v13010142

Expansion microscopy on Saccharomyces cerevisiae (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Artemis G. Korovesi, Leonor Morgado, Marco Fumasoni, Ricardo Henriques, Hannah Heil, Mario Del Rosario
Publié dans: microPublication Biology, 2022, ISSN 2578-9430
Éditeur: microPublication Biology
DOI: 10.17912/micropub.biology.000566

Nanoscale Colocalization of NK Cell Activating and Inhibitory Receptors Controls Signal Integration (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: David Tomaz; Pedro Matos Pereira; Nadia Guerra; Julian Dyson; Keith Gould; Ricardo Henriques
Publié dans: Frontiers in Immunology, 2022, ISSN 1664-3224
Éditeur: Frontiers in immunology
DOI: 10.3389/fimmu.2022.868496

eHooke: A tool for automated image analysis of spherical bacteria based on cell cycle progression (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Bruno M. Saraiva, Ludwig Krippahl, Sérgio R. Filipe, Ricardo Henriques, Mariana G. Pinho
Publié dans: Biological Imaging, Numéro 1, 2021, ISSN 2633-903X
Éditeur: Cambridge University Press (CUP)
DOI: 10.1017/s2633903x21000027

Live-cell imaging in the deep learning era (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Joanna W Pylvänäinen, Estibaliz Gómez-de-Mariscal, Ricardo Henriques, Guillaume Jacquemet
Publié dans: Current opinion in cell biology, 2023, ISSN 1879-0410
Éditeur: Current opinion in cell biology
DOI: 10.1016/j.ceb.2023.102271

PhotoFiTT: A Quantitative Framework for Assessing Phototoxicity in Live-Cell Microscopy Experiments (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Mario Del Rosario, Estibaliz Gómez-de-Mariscal, Leonor Morgado, Raquel Portela, Guillaume Jacquemet, Pedro M. Pereira, Ricardo Henriques
Publié dans: bioRxiv, 2024, ISSN 2692-8205
Éditeur: bioRxiv
DOI: 10.1101/2024.07.16.603046

Processive movement of Staphylococcus aureus essential septal peptidoglycan synthases is independent of FtsZ treadmilling and drives cell constriction (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Simon Schaeper, Antonio D Brito, Bruno M Saraiva, Georgia R Squyres, Matthew J Holmes, Ethan C Garner, Zach Hensel, Ricardo Henriques, Mariana G Pinho
Publié dans: bioRxiv, 2023, ISSN 2692-8205
Éditeur: bioRxiv
DOI: 10.1101/2023.06.29.547026

NanoPyx: super-fast bioimage analysis powered by adaptive machine learning (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Bruno M. Saraiva, Inês M. Cunha, António D. Brito, Gautier Follain, Raquel Portela, Robert Haase, Pedro M. Pereira, Guillaume Jacquemet, Ricardo Henriques
Publié dans: bioRxiv, 2023, ISSN 2692-8205
Éditeur: bioRxiv
DOI: 10.1101/2023.08.13.553080

Transertion and cell geometry organize the Escherichia coli nucleoid during rapid growth (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Christoph Spahn, Stuart Middlemiss, Estibaliz Gómez-de-Mariscal, Ricardo Henriques, Helge B. Bode, Séamus Holden, Mike Heilemann
Publié dans: bioRxiv, 2023, ISSN 2692-8205
Éditeur: bioRxiv
DOI: 10.1101/2023.10.16.562172

Roadmap on Deep Learning for Microscopy (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Volpe, Giovanni; Wählby, Carolina; Tian, Lei; Hecht, Michael; Yakimovich, Artur; Monakhova, Kristina; Waller, Laura; Sbalzarini, Ivo F.; Metzler, Christopher A.; Xie, Mingyang; Zhang, Kevin; Lenton, Isaac C. D.; Rubinsztein-Dunlop, Halina; Brunner, Daniel; Bai, Bijie; Ozcan, Aydogan; Midtvedt, Daniel; Wang, Hao; Sladoje, Nataša; Lindblad, Joakim; Smith, Jason T.; Ochoa, Marien; Barroso, Margarid
Publié dans: arXiv, 2023, ISSN 2331-8422
Éditeur: arXiv
DOI: 10.48550/arxiv.2303.03793

Harnessing Artificial Intelligence To Reduce Phototoxicity in Live Imaging (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Gómez-de-Mariscal, Estibaliz; Del Rosario, Mario; Pylvänäinen, Joanna W; Jacquemet, Guillaume; Henriques, Ricardo
Publié dans: arXiv, 2023, ISSN 2331-8422
Éditeur: arXiv
DOI: 10.48550/arxiv.2308.04387

CLEM-Reg: An automated point cloud based registration algorithm for correlative light and volume electron microscopy (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Daniel Krentzel; Matouš Elphick; Marie-Charlotte Domart; Christopher J. Peddie; Romain F. Laine; Ricardo Henriques; Lucy M. Collinson; Martin L. Jones
Publié dans: bioRxiv, 2023, ISSN 2692-8205
Éditeur: bioRxiv
DOI: 10.1101/2023.05.11.540445

DL4MicEverywhere: Deep learning for microscopy made flexible, shareable, and reproducible (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Iván Hidalgo-Cenalmor, Joanna W Pylvänäinen, Mariana G Ferreira, Craig T Russell, Ignacio Arganda-Carreras, AI4Life Consortium, Guillaume Jacquemet, Ricardo Henriques, Estibaliz Gómez-de-Mariscal
Publié dans: bioRxiv, 2023, ISSN 2692-8205
Éditeur: bioRxiv
DOI: 10.1101/2023.11.19.567606

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