Enabling Live-Cell 4D Super-Resolution Microscopy Guided by Artificial Intelligence

Información del proyecto

SelfDriving4DSR

Identificador del acuerdo de subvención: 101001332

DOI

10.3030/101001332

Fecha de la firma de la CE 11 Febrero 2021

Fecha de inicio 1 Julio 2021

Fecha de finalización 30 Junio 2026

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 999 905,00

Aportación de la UE

€ 1 999 905,00

Coordinado por

UNIVERSIDADE NOVA DE LISBOA
Portugal

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Publicaciones

Peer reviewed articles (16)

High-fidelity 3D live-cell nanoscopy through data-driven enhanced super-resolution radial fluctuation

Autores: Romain F. Laine, Hannah S. Heil, Simao Coelho, Jonathon Nixon-Abell, Angélique Jimenez, Theresa Wiesner, Damián Martínez, Tommaso Galgani, Louise Régnier, Aki Stubb, Gautier Follain, Samantha Webster, Jesse Goyette, Aurelien Dauphin, Audrey Salles, Siân Culley, Guillaume Jacquemet, Bassam Hajj, Christophe Leterrier, Ricardo Henriques
Publicado en: Nature Methods, 2023, ISSN 1548-7091
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-023-02057-w

Democratising deep learning for microscopy with ZeroCostDL4Mic

Autores: Lucas von Chamier, Romain F. Laine, Johanna Jukkala, Christoph Spahn, Daniel Krentzel, Elias Nehme, Martina Lerche, Sara Hernández-Pérez, Pieta K. Mattila, Eleni Karinou, Séamus Holden, Ahmet Can Solak, Alexander Krull, Tim-Oliver Buchholz, Martin L. Jones, Loïc A. Royer, Christophe Leterrier, Yoav Shechtman, Florian Jug, Mike Heilemann, Guillaume Jacquemet, Ricardo Henriques
Publicado en: Nature Communications, 2021, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-22518-0

DeepBacs for multi-task bacterial image analysis using open-source deep learning approaches

Autores: Christoph Spahn, Estibaliz Gómez-de-Mariscal, Romain F. Laine, Pedro M. Pereira, Lucas von Chamier, Mia Conduit, Mariana G. Pinho, Guillaume Jacquemet, Séamus Holden, Mike Heilemann, Ricardo Henriques
Publicado en: Communications Biology, 2022, ISSN 2399-3642
Editor: Springer Nature
DOI: 10.1038/s42003-022-03634-z

Avoiding a replication crisis in deep-learning-based bioimage analysis

Autores: Romain F. Laine, Ignacio Arganda-Carreras, Ricardo Henriques, Guillaume Jacquemet
Publicado en: Nature Methods, Edición 18, 2021, Página(s) 1136-1144, ISSN 1548-7091
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-021-01284-3

CellTracksColab is a platform that enables compilation, analysis, and exploration of cell tracking data

Autores: Estibaliz Gómez-de-Mariscal, Hanna Grobe, Joanna W. Pylvänäinen, Laura Xénard, Ricardo Henriques, Jean-Yves Tinevez, Guillaume Jacquemet
Publicado en: PLOS Biology, Edición 22, 2024, Página(s) e3002740, ISSN 1545-7885
Editor: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pbio.3002740

Mapping molecular complexes with super-resolution microscopy and single-particle analysis

Autores: Afonso Mendes; Hannah S. Heil; Simao Coelho; Christophe Leterrier; Ricardo Henriques
Publicado en: Open Biology, Edición 2, 2022, ISSN 2046-2441
Editor: Royal Society Publishing
DOI: 10.1098/rsob.220079

Trimethine Cyanine Dyes as NA-Sensitive Probes for Visualization of Cell Compartments in Fluorescence Microscopy

Autores: Daria Aristova; Roman Selin; Hannah Sophie Heil; Viktoriia Kosach; Yuriy Slominsky; Sergiy Yarmoluk; Vasyl Pekhnyo; Vladyslava Kovalska; Ricardo Henriques; Andriy Mokhir; Svitlana Chernii
Publicado en: ACS Omega, Edición 3, 2022, ISSN 2470-1343
Editor: American Chemical Society omega
DOI: 10.1021/acsomega.2c05231

Cell constriction requires processive septal peptidoglycan synthase movement independent of FtsZ treadmilling in Staphylococcus aureus

Autores: Simon Schäper, António D. Brito, Bruno M. Saraiva, Georgia R. Squyres, Matthew J. Holmes, Ethan C. Garner, Zach Hensel, Ricardo Henriques, Mariana G. Pinho
Publicado en: Nature Microbiology, Edición 9, 2024, Página(s) 1049-1063, ISSN 2058-5276
Editor: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41564-024-01629-6

Efficiently accelerated bioimage analysis with NanoPyx, a Liquid Engine-powered Python framework

Autores: Bruno M. Saraiva, Inês Cunha, António D. Brito, Gautier Follain, Raquel Portela, Robert Haase, Pedro M. Pereira, Guillaume Jacquemet, Ricardo Henriques
Publicado en: Nature Methods, Edición 22, 2025, Página(s) 283-286, ISSN 1548-7091
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-024-02562-6

Fast4DReg: Fast registration of 4D microscopy datasets

Autores: Joanna W Pylvänäinen; Romain F Laine; Bruno M.S. Saraiva; Sujan Ghimire; Gautier Follain; Ricardo Henriques; Guillaume Jacquemet
Publicado en: Journal of Cell Science, 2023, ISSN 0021-9533
Editor: The Company of Biologists Ltd.

The rise of data‐driven microscopy powered by machine learning

Autores: Leonor Morgado, Estibaliz Gómez‐de‐Mariscal, Hannah S. Heil, Ricardo Henriques
Publicado en: Journal of Microscopy, Edición 295, 2024, Página(s) 85-92, ISSN 0022-2720
Editor: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/jmi.13282

Single-Molecule Super-Resolution Imaging of T-Cell Plasma Membrane CD4 Redistribution upon HIV-1 Binding.

Autores: Yue Yuan; Caron Jacobs; Caron Jacobs; Isabel Llorente Garcia; Pedro M. Pereira; Pedro M. Pereira; Scott P. Lawrence; Romain F. Laine; Romain F. Laine; Mark Marsh; Ricardo Henriques; Ricardo Henriques; Ricardo Henriques
Publicado en: Viruses, Edición 1, 2021, ISSN 1999-4915
Editor: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v13010142

Expansion microscopy on Saccharomyces cerevisiae

Autores: Artemis G. Korovesi, Leonor Morgado, Marco Fumasoni, Ricardo Henriques, Hannah Heil, Mario Del Rosario
Publicado en: microPublication Biology, 2022, ISSN 2578-9430
Editor: microPublication Biology
DOI: 10.17912/micropub.biology.000566

Nanoscale Colocalization of NK Cell Activating and Inhibitory Receptors Controls Signal Integration

Autores: David Tomaz; Pedro Matos Pereira; Nadia Guerra; Julian Dyson; Keith Gould; Ricardo Henriques
Publicado en: Frontiers in Immunology, 2022, ISSN 1664-3224
Editor: Frontiers in immunology
DOI: 10.3389/fimmu.2022.868496

eHooke: A tool for automated image analysis of spherical bacteria based on cell cycle progression

Autores: Bruno M. Saraiva, Ludwig Krippahl, Sérgio R. Filipe, Ricardo Henriques, Mariana G. Pinho
Publicado en: Biological Imaging, Edición 1, 2021, ISSN 2633-903X
Editor: Cambridge University Press (CUP)
DOI: 10.1017/s2633903x21000027

Live-cell imaging in the deep learning era

Autores: Joanna W Pylvänäinen, Estibaliz Gómez-de-Mariscal, Ricardo Henriques, Guillaume Jacquemet
Publicado en: Current opinion in cell biology, 2023, ISSN 1879-0410
Editor: Current opinion in cell biology
DOI: 10.1016/j.ceb.2023.102271

Non-peer reviewed articles (8)

PhotoFiTT: A Quantitative Framework for Assessing Phototoxicity in Live-Cell Microscopy Experiments

Autores: Mario Del Rosario, Estibaliz Gómez-de-Mariscal, Leonor Morgado, Raquel Portela, Guillaume Jacquemet, Pedro M. Pereira, Ricardo Henriques
Publicado en: bioRxiv, 2024, ISSN 2692-8205
Editor: bioRxiv
DOI: 10.1101/2024.07.16.603046

Processive movement of Staphylococcus aureus essential septal peptidoglycan synthases is independent of FtsZ treadmilling and drives cell constriction

Autores: Simon Schaeper, Antonio D Brito, Bruno M Saraiva, Georgia R Squyres, Matthew J Holmes, Ethan C Garner, Zach Hensel, Ricardo Henriques, Mariana G Pinho
Publicado en: bioRxiv, 2023, ISSN 2692-8205
Editor: bioRxiv
DOI: 10.1101/2023.06.29.547026

NanoPyx: super-fast bioimage analysis powered by adaptive machine learning

Autores: Bruno M. Saraiva, Inês M. Cunha, António D. Brito, Gautier Follain, Raquel Portela, Robert Haase, Pedro M. Pereira, Guillaume Jacquemet, Ricardo Henriques
Publicado en: bioRxiv, 2023, ISSN 2692-8205
Editor: bioRxiv
DOI: 10.1101/2023.08.13.553080

Transertion and cell geometry organize the Escherichia coli nucleoid during rapid growth

Autores: Christoph Spahn, Stuart Middlemiss, Estibaliz Gómez-de-Mariscal, Ricardo Henriques, Helge B. Bode, Séamus Holden, Mike Heilemann
Publicado en: bioRxiv, 2023, ISSN 2692-8205
Editor: bioRxiv
DOI: 10.1101/2023.10.16.562172

Roadmap on Deep Learning for Microscopy

Autores: Volpe, Giovanni; Wählby, Carolina; Tian, Lei; Hecht, Michael; Yakimovich, Artur; Monakhova, Kristina; Waller, Laura; Sbalzarini, Ivo F.; Metzler, Christopher A.; Xie, Mingyang; Zhang, Kevin; Lenton, Isaac C. D.; Rubinsztein-Dunlop, Halina; Brunner, Daniel; Bai, Bijie; Ozcan, Aydogan; Midtvedt, Daniel; Wang, Hao; Sladoje, Nataša; Lindblad, Joakim; Smith, Jason T.; Ochoa, Marien; Barroso, Margarid
Publicado en: arXiv, 2023, ISSN 2331-8422
Editor: arXiv
DOI: 10.48550/arxiv.2303.03793

Harnessing Artificial Intelligence To Reduce Phototoxicity in Live Imaging

Autores: Gómez-de-Mariscal, Estibaliz; Del Rosario, Mario; Pylvänäinen, Joanna W; Jacquemet, Guillaume; Henriques, Ricardo
Publicado en: arXiv, 2023, ISSN 2331-8422
Editor: arXiv
DOI: 10.48550/arxiv.2308.04387

CLEM-Reg: An automated point cloud based registration algorithm for correlative light and volume electron microscopy

Autores: Daniel Krentzel; Matouš Elphick; Marie-Charlotte Domart; Christopher J. Peddie; Romain F. Laine; Ricardo Henriques; Lucy M. Collinson; Martin L. Jones
Publicado en: bioRxiv, 2023, ISSN 2692-8205
Editor: bioRxiv
DOI: 10.1101/2023.05.11.540445

DL4MicEverywhere: Deep learning for microscopy made flexible, shareable, and reproducible

Autores: Iván Hidalgo-Cenalmor, Joanna W Pylvänäinen, Mariana G Ferreira, Craig T Russell, Ignacio Arganda-Carreras, AI4Life Consortium, Guillaume Jacquemet, Ricardo Henriques, Estibaliz Gómez-de-Mariscal
Publicado en: bioRxiv, 2023, ISSN 2692-8205
Editor: bioRxiv
DOI: 10.1101/2023.11.19.567606