Enabling Live-Cell 4D Super-Resolution Microscopy Guided by Artificial Intelligence

Projektinformationen

SelfDriving4DSR

ID Finanzhilfevereinbarung: 101001332

DOI

10.3030/101001332

EK-Unterschriftsdatum 11 Februar 2021

Startdatum 1 Juli 2021

Enddatum 30 Juni 2026

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 999 905,00

EU-Beitrag

€ 1 999 905,00

Koordiniert durch

UNIVERSIDADE NOVA DE LISBOA
Portugal

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (16)

High-fidelity 3D live-cell nanoscopy through data-driven enhanced super-resolution radial fluctuation

Autoren: Romain F. Laine, Hannah S. Heil, Simao Coelho, Jonathon Nixon-Abell, Angélique Jimenez, Theresa Wiesner, Damián Martínez, Tommaso Galgani, Louise Régnier, Aki Stubb, Gautier Follain, Samantha Webster, Jesse Goyette, Aurelien Dauphin, Audrey Salles, Siân Culley, Guillaume Jacquemet, Bassam Hajj, Christophe Leterrier, Ricardo Henriques
Veröffentlicht in: Nature Methods, 2023, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-023-02057-w

Democratising deep learning for microscopy with ZeroCostDL4Mic

Autoren: Lucas von Chamier, Romain F. Laine, Johanna Jukkala, Christoph Spahn, Daniel Krentzel, Elias Nehme, Martina Lerche, Sara Hernández-Pérez, Pieta K. Mattila, Eleni Karinou, Séamus Holden, Ahmet Can Solak, Alexander Krull, Tim-Oliver Buchholz, Martin L. Jones, Loïc A. Royer, Christophe Leterrier, Yoav Shechtman, Florian Jug, Mike Heilemann, Guillaume Jacquemet, Ricardo Henriques
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2021, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-22518-0

DeepBacs for multi-task bacterial image analysis using open-source deep learning approaches

Autoren: Christoph Spahn, Estibaliz Gómez-de-Mariscal, Romain F. Laine, Pedro M. Pereira, Lucas von Chamier, Mia Conduit, Mariana G. Pinho, Guillaume Jacquemet, Séamus Holden, Mike Heilemann, Ricardo Henriques
Veröffentlicht in: Communications Biology, 2022, ISSN 2399-3642
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s42003-022-03634-z

Avoiding a replication crisis in deep-learning-based bioimage analysis

Autoren: Romain F. Laine, Ignacio Arganda-Carreras, Ricardo Henriques, Guillaume Jacquemet
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 18, 2021, Seite(n) 1136-1144, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-021-01284-3

CellTracksColab is a platform that enables compilation, analysis, and exploration of cell tracking data

Autoren: Estibaliz Gómez-de-Mariscal, Hanna Grobe, Joanna W. Pylvänäinen, Laura Xénard, Ricardo Henriques, Jean-Yves Tinevez, Guillaume Jacquemet
Veröffentlicht in: PLOS Biology, Ausgabe 22, 2024, Seite(n) e3002740, ISSN 1545-7885
Herausgeber: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pbio.3002740

Mapping molecular complexes with super-resolution microscopy and single-particle analysis

Autoren: Afonso Mendes; Hannah S. Heil; Simao Coelho; Christophe Leterrier; Ricardo Henriques
Veröffentlicht in: Open Biology, Ausgabe 2, 2022, ISSN 2046-2441
Herausgeber: Royal Society Publishing
DOI: 10.1098/rsob.220079

Trimethine Cyanine Dyes as NA-Sensitive Probes for Visualization of Cell Compartments in Fluorescence Microscopy

Autoren: Daria Aristova; Roman Selin; Hannah Sophie Heil; Viktoriia Kosach; Yuriy Slominsky; Sergiy Yarmoluk; Vasyl Pekhnyo; Vladyslava Kovalska; Ricardo Henriques; Andriy Mokhir; Svitlana Chernii
Veröffentlicht in: ACS Omega, Ausgabe 3, 2022, ISSN 2470-1343
Herausgeber: American Chemical Society omega
DOI: 10.1021/acsomega.2c05231

Cell constriction requires processive septal peptidoglycan synthase movement independent of FtsZ treadmilling in Staphylococcus aureus

Autoren: Simon Schäper, António D. Brito, Bruno M. Saraiva, Georgia R. Squyres, Matthew J. Holmes, Ethan C. Garner, Zach Hensel, Ricardo Henriques, Mariana G. Pinho
Veröffentlicht in: Nature Microbiology, Ausgabe 9, 2024, Seite(n) 1049-1063, ISSN 2058-5276
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41564-024-01629-6

Efficiently accelerated bioimage analysis with NanoPyx, a Liquid Engine-powered Python framework

Autoren: Bruno M. Saraiva, Inês Cunha, António D. Brito, Gautier Follain, Raquel Portela, Robert Haase, Pedro M. Pereira, Guillaume Jacquemet, Ricardo Henriques
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 22, 2025, Seite(n) 283-286, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-024-02562-6

Fast4DReg: Fast registration of 4D microscopy datasets

Autoren: Joanna W Pylvänäinen; Romain F Laine; Bruno M.S. Saraiva; Sujan Ghimire; Gautier Follain; Ricardo Henriques; Guillaume Jacquemet
Veröffentlicht in: Journal of Cell Science, 2023, ISSN 0021-9533
Herausgeber: The Company of Biologists Ltd.

The rise of data‐driven microscopy powered by machine learning

Autoren: Leonor Morgado, Estibaliz Gómez‐de‐Mariscal, Hannah S. Heil, Ricardo Henriques
Veröffentlicht in: Journal of Microscopy, Ausgabe 295, 2024, Seite(n) 85-92, ISSN 0022-2720
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/jmi.13282

Single-Molecule Super-Resolution Imaging of T-Cell Plasma Membrane CD4 Redistribution upon HIV-1 Binding.

Autoren: Yue Yuan; Caron Jacobs; Caron Jacobs; Isabel Llorente Garcia; Pedro M. Pereira; Pedro M. Pereira; Scott P. Lawrence; Romain F. Laine; Romain F. Laine; Mark Marsh; Ricardo Henriques; Ricardo Henriques; Ricardo Henriques
Veröffentlicht in: Viruses, Ausgabe 1, 2021, ISSN 1999-4915
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v13010142

Expansion microscopy on Saccharomyces cerevisiae

Autoren: Artemis G. Korovesi, Leonor Morgado, Marco Fumasoni, Ricardo Henriques, Hannah Heil, Mario Del Rosario
Veröffentlicht in: microPublication Biology, 2022, ISSN 2578-9430
Herausgeber: microPublication Biology
DOI: 10.17912/micropub.biology.000566

Nanoscale Colocalization of NK Cell Activating and Inhibitory Receptors Controls Signal Integration

Autoren: David Tomaz; Pedro Matos Pereira; Nadia Guerra; Julian Dyson; Keith Gould; Ricardo Henriques
Veröffentlicht in: Frontiers in Immunology, 2022, ISSN 1664-3224
Herausgeber: Frontiers in immunology
DOI: 10.3389/fimmu.2022.868496

eHooke: A tool for automated image analysis of spherical bacteria based on cell cycle progression

Autoren: Bruno M. Saraiva, Ludwig Krippahl, Sérgio R. Filipe, Ricardo Henriques, Mariana G. Pinho
Veröffentlicht in: Biological Imaging, Ausgabe 1, 2021, ISSN 2633-903X
Herausgeber: Cambridge University Press (CUP)
DOI: 10.1017/s2633903x21000027

Live-cell imaging in the deep learning era

Autoren: Joanna W Pylvänäinen, Estibaliz Gómez-de-Mariscal, Ricardo Henriques, Guillaume Jacquemet
Veröffentlicht in: Current opinion in cell biology, 2023, ISSN 1879-0410
Herausgeber: Current opinion in cell biology
DOI: 10.1016/j.ceb.2023.102271

Non-peer reviewed articles (8)

PhotoFiTT: A Quantitative Framework for Assessing Phototoxicity in Live-Cell Microscopy Experiments

Autoren: Mario Del Rosario, Estibaliz Gómez-de-Mariscal, Leonor Morgado, Raquel Portela, Guillaume Jacquemet, Pedro M. Pereira, Ricardo Henriques
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2024, ISSN 2692-8205
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/2024.07.16.603046

Processive movement of Staphylococcus aureus essential septal peptidoglycan synthases is independent of FtsZ treadmilling and drives cell constriction

Autoren: Simon Schaeper, Antonio D Brito, Bruno M Saraiva, Georgia R Squyres, Matthew J Holmes, Ethan C Garner, Zach Hensel, Ricardo Henriques, Mariana G Pinho
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2023, ISSN 2692-8205
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/2023.06.29.547026

NanoPyx: super-fast bioimage analysis powered by adaptive machine learning

Autoren: Bruno M. Saraiva, Inês M. Cunha, António D. Brito, Gautier Follain, Raquel Portela, Robert Haase, Pedro M. Pereira, Guillaume Jacquemet, Ricardo Henriques
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2023, ISSN 2692-8205
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/2023.08.13.553080

Transertion and cell geometry organize the Escherichia coli nucleoid during rapid growth

Autoren: Christoph Spahn, Stuart Middlemiss, Estibaliz Gómez-de-Mariscal, Ricardo Henriques, Helge B. Bode, Séamus Holden, Mike Heilemann
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2023, ISSN 2692-8205
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/2023.10.16.562172

Roadmap on Deep Learning for Microscopy

Autoren: Volpe, Giovanni; Wählby, Carolina; Tian, Lei; Hecht, Michael; Yakimovich, Artur; Monakhova, Kristina; Waller, Laura; Sbalzarini, Ivo F.; Metzler, Christopher A.; Xie, Mingyang; Zhang, Kevin; Lenton, Isaac C. D.; Rubinsztein-Dunlop, Halina; Brunner, Daniel; Bai, Bijie; Ozcan, Aydogan; Midtvedt, Daniel; Wang, Hao; Sladoje, Nataša; Lindblad, Joakim; Smith, Jason T.; Ochoa, Marien; Barroso, Margarid
Veröffentlicht in: arXiv, 2023, ISSN 2331-8422
Herausgeber: arXiv
DOI: 10.48550/arxiv.2303.03793

Harnessing Artificial Intelligence To Reduce Phototoxicity in Live Imaging

Autoren: Gómez-de-Mariscal, Estibaliz; Del Rosario, Mario; Pylvänäinen, Joanna W; Jacquemet, Guillaume; Henriques, Ricardo
Veröffentlicht in: arXiv, 2023, ISSN 2331-8422
Herausgeber: arXiv
DOI: 10.48550/arxiv.2308.04387

CLEM-Reg: An automated point cloud based registration algorithm for correlative light and volume electron microscopy

Autoren: Daniel Krentzel; Matouš Elphick; Marie-Charlotte Domart; Christopher J. Peddie; Romain F. Laine; Ricardo Henriques; Lucy M. Collinson; Martin L. Jones
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2023, ISSN 2692-8205
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/2023.05.11.540445

DL4MicEverywhere: Deep learning for microscopy made flexible, shareable, and reproducible

Autoren: Iván Hidalgo-Cenalmor, Joanna W Pylvänäinen, Mariana G Ferreira, Craig T Russell, Ignacio Arganda-Carreras, AI4Life Consortium, Guillaume Jacquemet, Ricardo Henriques, Estibaliz Gómez-de-Mariscal
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2023, ISSN 2692-8205
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/2023.11.19.567606