Quantitative Tomography Using Coupled Physics of Waves

Computationally efficient forward model for photoacoustic tomography

Auteurs: Teemu Sahlström, Aki Pulkkinen, Jarkko Leskinen, Tanja Tarvainen
Publié dans: Opto-Acoustic Methods and Applications in Biophotonics V, Numéro 11923: 1192308, 2021, ISBN 978-1-5106-4713-8
Éditeur: SPIE
DOI: 10.1117/12.2615855

Image reconstruction in quantitative photoacoustic tomography using adaptive optical Monte Carlo

Auteurs: Niko Hänninen, Aki Pulkkinen, Simon Arridge, Tanja Tarvainen
Publié dans: Photons Plus Ultrasound: Imaging and Sensing, Numéro 12379: 1237916, 2023, ISSN 2410-9045
Éditeur: SPIE
DOI: 10.1117/12.2647252

Perturbation Monte Carlo in quantitative photoacoustic tomography

Auteurs: Aki Pulkkinen, Aleksi Leino, Tuomas Lunttila, Meghdoot Mozumder, Tanja Tarvainen
Publié dans: Opto-Acoustic Methods and Applications in Biophotonics V, Numéro 11923: 119230B, 2021, ISBN 978-1-5106-4713-8
Éditeur: SPIE
DOI: 10.1117/12.2615870

Utilizing variational autoencoders in photoacoustic tomography

Auteurs: Teemu Sahlström, Tanja Tarvainen
Publié dans: Photons Plus Ultrasound: Imaging and Sensing 2023, Numéro 12379:1237914, 2023
Éditeur: SPIE
DOI: 10.1117/12.2644801

Diffuse optical tomography setup using a nanosecond laser

Auteurs: Meghdoot Mozumder, Jarkko Leskinen, Tanja Tarvainen
Publié dans: Diffuse Optical Spectroscopy and Imaging IX, Numéro 12628; 1262820, 2023
Éditeur: SPIE
DOI: 10.1117/12.2670651

Deep learning in photoacoustic tomography utilizing variational autoencoders

Auteurs: Teemu Sahlström, Tanja Tarvainen
Publié dans: Opto-Acoustic Methods and Applications in Biophotonics VI, Numéro 12631: 1263108, 2023
Éditeur: SPIE
DOI: 10.1117/12.2670860

Compensating modeling errors of diffusion approximation in quantitative photoacoustic tomography using a Bayesian approach

Auteurs: Niko Hänninen, Aki Pulkkinen, Aleksi Leino, Tanja Tarvainen
Publié dans: Opto-Acoustic Methods and Applications in Biophotonics V, Numéro 1192309: 1192309, 2021, ISBN 978-1-5106-4713-8
Éditeur: SPIE
DOI: 10.1117/12.2615866

One-step estimation of spectral optical parameters in quantitative photoacoustic tomography

Auteurs: Miika Suhonen, Aki Pulkkinen, Tanja Tarvainen
Publié dans: Opto-Acoustic Methods and Applications in Biophotonics VI, Numéro 12631: 126310D, 2023
Éditeur: SPIE
DOI: 10.1117/12.2675588

Computational methods for modelling and inverse problem of photoacoustic tomography

Auteurs: Teemu Sahlström
Publié dans: Publications of the University of Eastern Finland. Dissertations in Science, Forestry and Technology, Numéro 30, 2023, ISBN 978-952-61-5174-8
Éditeur: University of Eastern Finland, Faculty of Science, Forestry and Technology, Department of Technical Physics

Background-oriented schlieren imaging for measuring ultrasound fields

Auteurs: Eero Koponen
Publié dans: Publications of the University of Eastern Finland. Dissertations in Science, Forestry and Technology, Numéro 40, 2024, ISBN 978-952-61-5174-8
Éditeur: University of Eastern Finland, Faculty of Science, Forestry and Technology, Department of Technical Physics

Image reconstruction and uncertainty quantification in quantitative photoacoustic tomography

Auteurs: Niko Hänninen
Publié dans: Publications of the University of Eastern Finland. Dissertations in Science, Forestry and Technology, Numéro 29, 2023, ISBN 978-952-61-5174-8
Éditeur: University of Eastern Finland, Faculty of Science, Forestry and Technology, Department of Technical Physics

Computationally efficient forward model for photoacoustic tomography

Auteurs: Eero Koponen, Jarkko Leskinen, Tanja Tarvainen, Aki Pulkkinen
Publié dans: The Journal of the Acoustical Society of America, Numéro 154(6), 2023, Page(s) 3726-3736, ISSN 1084-7529
Éditeur: Optical Society of America
DOI: 10.1121/10.0023949

Adaptive stochastic Gauss-Newton with optical Monte Carlo in quantitative photoacoustic tomography

Auteurs: Niko Hänninen, Aki Pulkkinen, Simon Arridge, Tanja Tarvainen
Publié dans: Journal of Biomedical Optics, Numéro 27(8), 2022, Page(s) 083013, ISSN 1560-2281
Éditeur: SPIE
DOI: 10.1117/1.jbo.27.8.083013

Single-stage approach for estimating optical parameters in spectral quantitative photoacoustic tomography

Auteurs: Miika Suhonen, Aki Pulkkinen, Tanja Tarvainen
Publié dans: Journal of the Optical Society of America, Numéro 41(3), 2024, Page(s) 527-542, ISSN 1084-7529
Éditeur: Optical Society of America
DOI: 10.1364/josaa.518768

A Bayesian approach for consistent reconstruction of inclusions

Auteurs: BM Afkham, K Knudsen, AK Rasmussen, T Tarvainen
Publié dans: Inverse Problems, Numéro 40, 2024, Page(s) 045004, ISSN 0266-5611
Éditeur: Institute of Physics Publishing
DOI: 10.1088/1361-6420/ad2531

Assembly of fluorophore J-aggregates with nanospacer onto mesoporous nanoparticles for enhanced photoacoustic imaging

Auteurs: Wujun Xu, Jarkko Leskinen, Teemu Sahlström, Emilia Happonen, Tanja Tarvainen, Vesa-Pekka Lehto
Publié dans: Photoacoustics, Numéro 33:100552, 2023, ISSN 2213-5979
Éditeur: Elsevier GmbH
DOI: 10.1016/j.pacs.2023.100552

Nonlinear estimation of pressure projection of ultrasound fields in background-oriented schlieren imaging

Auteurs: Eero Koponen, Jarkko Leskinen, Tanja Tarvainen, Aki Pulkkinen
Publié dans: Journal of the Optical Society of America A, Numéro 39(4), 2022, Page(s) 552-562, ISSN 1084-7529
Éditeur: Optical Society of America
DOI: 10.1364/josaa.433762

Benchmark problems for transcranial ultrasound simulation: Intercomparison of compressional wave models

Auteurs: Jean-Francois Aubry, Oscar Bates, Christian Boehm, Kim Butts Pauly, Douglas Christensen, Carlos Cueto, Pierre Gélat, Lluis Guasch, Jiri Jaros, Yun Jing, Rebecca Jones, Ningrui Li, Patrick Marty, Hazael Montanaro, Esra Neufeld, Samuel Pichardo, Gianmarco Pinton, Aki Pulkkinen, Antonio Stanziola, Axel Thielscher, Bradley Treeby, Elwin van 't Wout
Publié dans: The Journal of the Acoustical Society of America, Numéro 152 (2), 2022, Page(s) 1003, ISSN 0001-4966
Éditeur: Acoustical Society of America
DOI: 10.1121/10.0013426

Utilising nanosecond sources in diffuse optical tomography

Auteurs: Meghdoot Mozumder, Jarkko Leskinen, Tanja Tarvainen
Publié dans: Measurement Science and Technology, Numéro 34 (2), 2022, Page(s) 025901, ISSN 0957-0233
Éditeur: Institute of Physics and the Physical Society
DOI: 10.1088/1361-6501/ac9e11

A model-based iterative learning approach for diffuse optical tomography

Auteurs: Meghdoot Mozumder, Andreas Hauptmann, Ilkka Nissiä, Simon R Arridge, Tanja Tarvainen
Publié dans: IEEE Transactions on Medical Imaging, Numéro 41(5), 2022, Page(s) 1289-1299, ISSN 0278-0062
Éditeur: Institute of Electrical and Electronics Engineers
DOI: 10.1109/tmi.2021.3136461

Sparsity promoting reconstructions via hierarchical prior models in diffuse optical tomography

Auteurs: Manninen, Anssi; Mozumder, Meghdoot; Tarvainen, Tanja; Hauptmann, Andreas
Publié dans: Inverse Problems and Imaging, Numéro 18(1), 2024, Page(s) 113-137, ISSN 1930-8337
Éditeur: American Institute of Mathematical Sciences
DOI: 10.3934/ipi.2023025

Quantitative photoacoustic tomography: modelling and inverse problems

Auteurs: Tanja Tarvainen, Ben Cox
Publié dans: Journal of Biomedical Optics, Numéro 29(S1), 2023, Page(s) S11509, ISSN 1083-3668
Éditeur: S P I E - International Society for Optical Engineering
DOI: 10.1117/1.jbo.29.s1.s11509

Utilizing Variational Autoencoders in the Bayesian Inverse Problem of Photoacoustic Tomography

Auteurs: Teemu Sahlström, Tanja Tarvainen
Publié dans: SIAM Journal on Imaging Sciences, Numéro 16(1):89-110, 2023, ISSN 1936-4954
Éditeur: Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI: 10.1137/22m1489897

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