Quantitative Tomography Using Coupled Physics of Waves

Computationally efficient forward model for photoacoustic tomography

Autoren: Teemu Sahlström, Aki Pulkkinen, Jarkko Leskinen, Tanja Tarvainen
Veröffentlicht in: Opto-Acoustic Methods and Applications in Biophotonics V, Ausgabe 11923: 1192308, 2021, ISBN 978-1-5106-4713-8
Herausgeber: SPIE
DOI: 10.1117/12.2615855

Diffuse optical tomography using deep learning to marginalize errors due to inaccurate baseline optical parameters in brain imaging

Autoren: Meghdoot Mozumder, Pauliina Hirvi, Ilkka Nissilä, Andreas Hauptmann, Jorge Ripoll, David E. Singh
Veröffentlicht in: European Conferences on Biomedical Optics 2025, 2025, Seite(n) W5B.2, ISBN 978-1-55752-800-1
Herausgeber: Optica Publishing Group
DOI: 10.1364/ecbo.2025.w5b.2

Image reconstruction in quantitative photoacoustic tomography using adaptive optical Monte Carlo

Autoren: Niko Hänninen, Aki Pulkkinen, Simon Arridge, Tanja Tarvainen
Veröffentlicht in: Photons Plus Ultrasound: Imaging and Sensing, Ausgabe 12379: 1237916, 2023, ISSN 2410-9045
Herausgeber: SPIE
DOI: 10.1117/12.2647252

Comparative Analysis of Acoustic Reconstruction Methods for Chromophore and Oxygenation Quantification in Limited-View 3D Quantitative Photoacoustic Tomography

Autoren: Guo Tang, Felix Lucka, Teemu Sahlström, Ben Cox, Tanja Tarvainen, Jan Laufer
Veröffentlicht in: European Conferences on Biomedical Optics 2025, 2025, Seite(n) S4D.2, ISBN 978-1-55752-800-1
Herausgeber: Optica Publishing Group
DOI: 10.1364/ecbo.2025.s4d.2

Perturbation Monte Carlo in quantitative photoacoustic tomography

Autoren: Aki Pulkkinen, Aleksi Leino, Tuomas Lunttila, Meghdoot Mozumder, Tanja Tarvainen
Veröffentlicht in: Opto-Acoustic Methods and Applications in Biophotonics V, Ausgabe 11923: 119230B, 2021, ISBN 978-1-5106-4713-8
Herausgeber: SPIE
DOI: 10.1117/12.2615870

Estimation of dielectric parameters in quantitative thermoacoustic tomography

Autoren: Teemu Sahlström, Timo Lähivaara, Tanja Tarvainen
Veröffentlicht in: European Conferences on Biomedical Optics 2025, 2025, Seite(n) Tu2A.40, ISBN 978-1-55752-800-1
Herausgeber: Optica Publishing Group
DOI: 10.1364/ecbo.2025.tu2a.40

SMART-SPI: Towards an Integrated Framework for Advanced Computational Single-Pixel Imaging Systems

Autoren: Marcos Obando, Samuel I. Valencia-Zapata, Lindsey Willstatter, Heberley Tobón Maya, Tanja Tarvainen, Stefano Bonora, Jesús Lancis, Enrique Tajahuerce, Felix Lucka
Veröffentlicht in: Optica Imaging Congress 2025 (3D, DH, COSI, IS, pcAOP,RadIT), 2025, Seite(n) CW1B.3, ISBN 978-1-55752-937-4
Herausgeber: Optica Publishing Group
DOI: 10.1364/cosi.2025.cw1b.3

Utilizing variational autoencoders in photoacoustic tomography

Autoren: Teemu Sahlström, Tanja Tarvainen
Veröffentlicht in: Photons Plus Ultrasound: Imaging and Sensing 2023, Ausgabe 12379:1237914, 2023
Herausgeber: SPIE
DOI: 10.1117/12.2644801

An adaptive stochastic Gauss-Newton method for optical tomography using the Monte Carlo method

Autoren: Jonna Kangasniemi, Meghdoot Mozumder, Aki Pulkkinen, Tanja Tarvainen
Veröffentlicht in: European Conferences on Biomedical Optics 2025, 2025, Seite(n) W4B.1, ISBN 978-1-55752-800-1
Herausgeber: Optica Publishing Group
DOI: 10.1364/ecbo.2025.w4b.1

Diffuse optical tomography setup using a nanosecond laser

Autoren: Meghdoot Mozumder, Jarkko Leskinen, Tanja Tarvainen
Veröffentlicht in: Diffuse Optical Spectroscopy and Imaging IX, Ausgabe 12628; 1262820, 2023
Herausgeber: SPIE
DOI: 10.1117/12.2670651

Time-domain diffuse optical tomography with pattern illumination and detection: experimental system

Autoren: Giovanna Tramontin Carneiro, Jarjish Rahaman, Meghdoot Mozumder, Tanja Tarvainen, Andrea Farina
Veröffentlicht in: European Conferences on Biomedical Optics 2025, 2025, Seite(n) Tu1B.4, ISBN 978-1-55752-800-1
Herausgeber: Optica Publishing Group
DOI: 10.1364/ecbo.2025.tu1b.4

Deep learning in photoacoustic tomography utilizing variational autoencoders

Autoren: Teemu Sahlström, Tanja Tarvainen
Veröffentlicht in: Opto-Acoustic Methods and Applications in Biophotonics VI, Ausgabe 12631: 1263108, 2023
Herausgeber: SPIE
DOI: 10.1117/12.2670860

Compensating modeling errors of diffusion approximation in quantitative photoacoustic tomography using a Bayesian approach

Autoren: Niko Hänninen, Aki Pulkkinen, Aleksi Leino, Tanja Tarvainen
Veröffentlicht in: Opto-Acoustic Methods and Applications in Biophotonics V, Ausgabe 1192309: 1192309, 2021, ISBN 978-1-5106-4713-8
Herausgeber: SPIE
DOI: 10.1117/12.2615866

One-step estimation of spectral optical parameters in quantitative photoacoustic tomography

Autoren: Miika Suhonen, Aki Pulkkinen, Tanja Tarvainen
Veröffentlicht in: Opto-Acoustic Methods and Applications in Biophotonics VI, Ausgabe 12631: 126310D, 2023
Herausgeber: SPIE
DOI: 10.1117/12.2675588

Time-domain diffuse optical tomography with pattern illumination and detection: modeling and simulation

Autoren: Jarjish Rahaman, Meghdoot Mozumder, Giovanna Tramontin Carneiro, Andrea Farina, Tanja Tarvainen
Veröffentlicht in: European Conferences on Biomedical Optics 2025, 2025, Seite(n) Th2B.6, ISBN 978-1-55752-800-1
Herausgeber: Optica Publishing Group
DOI: 10.1364/ecbo.2025.th2b.6

Computational methods for modelling and inverse problem of photoacoustic tomography

Autoren: Teemu Sahlström
Veröffentlicht in: Publications of the University of Eastern Finland. Dissertations in Science, Forestry and Technology, Ausgabe 30, 2023, ISBN 978-952-61-5174-8
Herausgeber: University of Eastern Finland, Faculty of Science, Forestry and Technology, Department of Technical Physics

Background-oriented schlieren imaging for measuring ultrasound fields

Autoren: Eero Koponen
Veröffentlicht in: Publications of the University of Eastern Finland. Dissertations in Science, Forestry and Technology, Ausgabe 40, 2024, ISBN 978-952-61-5174-8
Herausgeber: University of Eastern Finland, Faculty of Science, Forestry and Technology, Department of Technical Physics

Image reconstruction and uncertainty quantification in quantitative photoacoustic tomography

Autoren: Niko Hänninen
Veröffentlicht in: Publications of the University of Eastern Finland. Dissertations in Science, Forestry and Technology, Ausgabe 29, 2023, ISBN 978-952-61-5174-8
Herausgeber: University of Eastern Finland, Faculty of Science, Forestry and Technology, Department of Technical Physics

Computationally efficient forward model for photoacoustic tomography

Autoren: Eero Koponen, Jarkko Leskinen, Tanja Tarvainen, Aki Pulkkinen
Veröffentlicht in: The Journal of the Acoustical Society of America, Ausgabe 154(6), 2023, Seite(n) 3726-3736, ISSN 1084-7529
Herausgeber: Optical Society of America
DOI: 10.1121/10.0023949

Controlled synthesis and characterization of porous silicon nanoparticles for dynamic nuclear polarization

Autoren: Gevin von Witte, Aaron Himmler, Viivi Hyppönen, Jiri Jäntti, Mohammed M. Albannay, Jani O. Moilanen, Matthias Ernst, Vesa-Pekka Lehto, Joakim Riikonen, Sebastian Kozerke, Mikko I. Kettunen, Konstant
Veröffentlicht in: Nanoscale, Ausgabe 16, 2024, Seite(n) 19385-19399, ISSN 2040-3364
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d4nr02603a

Diffuse optical tomography of the brain: effects of inaccurate baseline optical parameters and refinements using learned post-processing

Autoren: Meghdoot Mozumder, Pauliina Hirvi, Ilkka Nissilä, Andreas Hauptmann, Jorge Ripoll, David E. Singh
Veröffentlicht in: Biomedical Optics Express, Ausgabe 15, 2024, Seite(n) 4470, ISSN 2156-7085
Herausgeber: The Optical Society
DOI: 10.1364/boe.524245

Stochastic Gauss-Newton method for estimating absorption and scattering in optical tomography with the Monte Carlo method for light transport

Autoren: Jonna Kangasniemi, Meghdoot Mozumder, Aki Pulkkinen, Tanja Tarvainen
Veröffentlicht in: Biomedical Optics Express, Ausgabe 15, 2024, Seite(n) 4925, ISSN 2156-7085
Herausgeber: The Optical Society
DOI: 10.1364/boe.528666

Adaptive stochastic Gauss-Newton with optical Monte Carlo in quantitative photoacoustic tomography

Autoren: Niko Hänninen, Aki Pulkkinen, Simon Arridge, Tanja Tarvainen
Veröffentlicht in: Journal of Biomedical Optics, Ausgabe 27(8), 2022, Seite(n) 083013, ISSN 1560-2281
Herausgeber: SPIE
DOI: 10.1117/1.jbo.27.8.083013

Single-stage approach for estimating optical parameters in spectral quantitative photoacoustic tomography

Autoren: Miika Suhonen, Aki Pulkkinen, Tanja Tarvainen
Veröffentlicht in: Journal of the Optical Society of America, Ausgabe 41(3), 2024, Seite(n) 527-542, ISSN 1084-7529
Herausgeber: Optical Society of America
DOI: 10.1364/josaa.518768

Non-stationary estimation of optical absorption in ultrasound-modulated diffuse optical tomography

Autoren: Meghdoot Mozumder, Aku Seppänen, Tanja Tarvainen
Veröffentlicht in: Journal of the Optical Society of America A, Ausgabe 42, 2025, Seite(n) 1234, ISSN 1084-7529
Herausgeber: Optical Society of America
DOI: 10.1364/josaa.562855

A Bayesian approach for consistent reconstruction of inclusions

Autoren: BM Afkham, K Knudsen, AK Rasmussen, T Tarvainen
Veröffentlicht in: Inverse Problems, Ausgabe 40, 2024, Seite(n) 045004, ISSN 0266-5611
Herausgeber: Institute of Physics Publishing
DOI: 10.1088/1361-6420/ad2531

Eco-friendly preparation of titanium dioxide/carbon nitride nanocomposites for photoelectrocatalytic applications

Autoren: Hanna Maltanava, Nikita Belko, Konstantin Tamarov, Niko M. Kinnunen, Pauliina Nevalainen, Martynas Zalieckas, Renata Karpicz, Igor Koshevoy, Dmitry Semenov, Sari Suvanto, Sergei Malykhin, Vesa-Pekka L
Veröffentlicht in: Nanoscale Advances, Ausgabe 7, 2025, Seite(n) 5601-5611, ISSN 2516-0230
Herausgeber: Royal Society of Chemistry (RSC)
DOI: 10.1039/d5na00478k

Spatial and temporal modulation in time-domain diffuse optical tomography

Autoren: Jarjish Rahaman, Meghdoot Mozumder, Andrea Farina, Tanja Tarvainen
Veröffentlicht in: Optics Continuum, Ausgabe 4, 2025, Seite(n) 2646, ISSN 2770-0208
Herausgeber: Optica Publishing Group
DOI: 10.1364/optcon.568413

Nuclear spin diffusion in dynamic nuclear polarization of crystalline nanoscale silicon particles

Autoren: Gevin von Witte, Konstantin Tamarov, Neva Şahin, Aaron Himmler, Vera Ganz, Jani O. Moilanen, Vesa-Pekka Lehto, Grzegorz Kwiatkowski, Sebastian Kozerke, Matthias Ernst
Veröffentlicht in: Physical Review Research, Ausgabe 7, 2025, Seite(n) 043276, ISSN 2643-1564
Herausgeber: American Physical Society (APS)
DOI: 10.1103/cr6d-m3bf

Temperature-Dependent Dynamic Nuclear Polarization of Diamond

Autoren: Gevin von Witte, Aaron Himmler, Konstantin Tamarov, Jani O. Moilanen, Matthias Ernst, Sebastian Kozerke
Veröffentlicht in: The Journal of Physical Chemistry C, Ausgabe 129, 2025, Seite(n) 12577-12584, ISSN 1932-7447
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpcc.5c02747

Assembly of fluorophore J-aggregates with nanospacer onto mesoporous nanoparticles for enhanced photoacoustic imaging

Autoren: Wujun Xu, Jarkko Leskinen, Teemu Sahlström, Emilia Happonen, Tanja Tarvainen, Vesa-Pekka Lehto
Veröffentlicht in: Photoacoustics, Ausgabe 33:100552, 2023, ISSN 2213-5979
Herausgeber: Elsevier GmbH
DOI: 10.1016/j.pacs.2023.100552

Nonlinear estimation of pressure projection of ultrasound fields in background-oriented schlieren imaging

Autoren: Eero Koponen, Jarkko Leskinen, Tanja Tarvainen, Aki Pulkkinen
Veröffentlicht in: Journal of the Optical Society of America A, Ausgabe 39(4), 2022, Seite(n) 552-562, ISSN 1084-7529
Herausgeber: Optical Society of America
DOI: 10.1364/josaa.433762

Benchmark problems for transcranial ultrasound simulation: Intercomparison of compressional wave models

Autoren: Jean-Francois Aubry, Oscar Bates, Christian Boehm, Kim Butts Pauly, Douglas Christensen, Carlos Cueto, Pierre Gélat, Lluis Guasch, Jiri Jaros, Yun Jing, Rebecca Jones, Ningrui Li, Patrick Marty, Hazael Montanaro, Esra Neufeld, Samuel Pichardo, Gianmarco Pinton, Aki Pulkkinen, Antonio Stanziola, Axel Thielscher, Bradley Treeby, Elwin van 't Wout
Veröffentlicht in: The Journal of the Acoustical Society of America, Ausgabe 152 (2), 2022, Seite(n) 1003, ISSN 0001-4966
Herausgeber: Acoustical Society of America
DOI: 10.1121/10.0013426

Digital twins enable full-reference quality assessment of photoacoustic image reconstructions

Autoren: Janek Gröhl, Leonid Kunyansky, Jenni Poimala, Thomas R. Else, Francesca Di Cecio, Sarah E. Bohndiek, Ben T. Cox, Andreas Hauptmann
Veröffentlicht in: The Journal of the Acoustical Society of America, Ausgabe 158, 2025, Seite(n) 590-601, ISSN 1520-8524
Herausgeber: Acoustical Society of America (ASA)
DOI: 10.1121/10.0037188

Utilising nanosecond sources in diffuse optical tomography

Autoren: Meghdoot Mozumder, Jarkko Leskinen, Tanja Tarvainen
Veröffentlicht in: Measurement Science and Technology, Ausgabe 34 (2), 2022, Seite(n) 025901, ISSN 0957-0233
Herausgeber: Institute of Physics and the Physical Society
DOI: 10.1088/1361-6501/ac9e11

A model-based iterative learning approach for diffuse optical tomography

Autoren: Meghdoot Mozumder, Andreas Hauptmann, Ilkka Nissiä, Simon R Arridge, Tanja Tarvainen
Veröffentlicht in: IEEE Transactions on Medical Imaging, Ausgabe 41(5), 2022, Seite(n) 1289-1299, ISSN 0278-0062
Herausgeber: Institute of Electrical and Electronics Engineers
DOI: 10.1109/tmi.2021.3136461

Sparsity promoting reconstructions via hierarchical prior models in diffuse optical tomography

Autoren: Manninen, Anssi; Mozumder, Meghdoot; Tarvainen, Tanja; Hauptmann, Andreas
Veröffentlicht in: Inverse Problems and Imaging, Ausgabe 18(1), 2024, Seite(n) 113-137, ISSN 1930-8337
Herausgeber: American Institute of Mathematical Sciences
DOI: 10.3934/ipi.2023025

Simultaneous estimation of electrical conductivity and permittivity in quantitative thermoacoustic tomography

Autoren: Teemu Sahlström, Timo Lähivaara, Tanja Tarvainen
Veröffentlicht in: Inverse Problems, Ausgabe 41, 2025, Seite(n) 035015, ISSN 0266-5611
Herausgeber: Institute of Physics Publishing
DOI: 10.1088/1361-6420/adb98d

Quantitative photoacoustic tomography: modelling and inverse problems

Autoren: Tanja Tarvainen, Ben Cox
Veröffentlicht in: Journal of Biomedical Optics, Ausgabe 29(S1), 2023, Seite(n) S11509, ISSN 1083-3668
Herausgeber: S P I E - International Society for Optical Engineering
DOI: 10.1117/1.jbo.29.s1.s11509

Utilizing Variational Autoencoders in the Bayesian Inverse Problem of Photoacoustic Tomography

Autoren: Teemu Sahlström, Tanja Tarvainen
Veröffentlicht in: SIAM Journal on Imaging Sciences, Ausgabe 16(1):89-110, 2023, ISSN 1936-4954
Herausgeber: Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI: 10.1137/22m1489897

Reconstructing multiple initial pressure and speed of sound distributions simultaneously in photoacoustic tomography

Autoren: Miika Suhonen, Felix Lucka, Aki Pulkkinen, Simon Arridge, Ben Cox, Tanja Tarvainen
Veröffentlicht in: Photoacoustics, Ausgabe 45, 2025, Seite(n) 100748, ISSN 2213-5979
Herausgeber: Elsevier GmbH
DOI: 10.1016/j.pacs.2025.100748

Drug-Free Approach to Regulate Undruggable Proto-Oncogene MYC Using Biomimetic Porous Nanoparticles for Cancer Immunotherapy

Autoren: Emilia Happonen, Yijing Dang, Jiajia Wang, Silja Saarela, Minna Sivonen, Mohammed Zakir, Milla-Iida Laari, Yiannis Constantinou, Konstantin Tamarov, Henri Hakkarainen, Ahmed Bisher Montaser, Henri Lei
Veröffentlicht in: ACS Applied Materials & Interfaces, Ausgabe 17, 2025, Seite(n) 46521-46534, ISSN 1944-8244
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsami.5c05042

Model-Based Reconstructions for Quantitative Imaging in Photoacoustic Tomography

Autoren: Andreas Hauptmann, Tanja Tarvainen
Veröffentlicht in: Biomedical Photoacoustics, 2024, Seite(n) 133-153, ISBN 978-3-031-61411-8
Herausgeber: Springer Nature Switzerland
DOI: 10.1007/978-3-031-61411-8_4

Veröffentlichungen

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