Description du projet
L’épigénomique plasmatique comme extension des technologies de biopsie liquide
L’ADN génomique porte une multitude de modifications post-traductionnelles qui reflètent les états transcriptionnels des cellules. Lors de la mort cellulaire, la chromatine fragmentée conservant les modifications des histones est libérée dans la circulation. Le projet cfChIP, financé par l’UE, vise à obtenir des informations épigénomiques plasmatiques et à les traduire en résultats médicalement pertinents par le biais d’une biopsie liquide et d’une immunoprécipitation chromatinienne de nucléosomes sans cellule avec marques chromatiniennes suivie d’un séquençage (cfChIP-seq). L’étude précédente a montré que cfChIP-seq fournit des informations épigénétiques multidimensionnelles sur l’identité et l’état transcriptionnel des cellules d’origine. Le projet analysera des échantillons de plasma provenant de patients et de donneurs en combinaison avec une modélisation probabiliste pour trouver des corrélations entre les expressions génétiques des tissus et les profils de la chromatine circulante et identifier comment le système immunitaire change au fil de la progression de la maladie et de la réponse aux traitements.
Objectif
Genomic DNA is packaged by histone proteins that carry a multitude of post-translational modifications, which reflect cellular transcriptional states. When cells die, fragmented chromatin retaining histone modifications is released to the circulation. Recently, we pioneered chromatin immunoprecipitation of cell-free nucleosomes carrying active chromatin marks followed by sequencing (cfChIP-seq). Our results show that cfChIP-seq provides multidimensional epigenetic information and that the plasma epigenome contains rich information about the identity and the transcriptional state of the originating cells.
Liquid biopsies already entered the clinical practice, yet current methodologies use them to assess genetic information. Our breakthrough methodology opens an unprecedented opportunity to delineate the transcriptional state of specific cell types and different pathologic states. Here we aim to translate plasma epigenomic information into medically relevant findings. The challenge is recovering the states of the cells represented in the circulation and relate these to pathological processes. Our working hypothesis is that this task is attainable by probabilistic modeling exploiting knowledge about epigenomics and transcription programs in health and disease. In this project we will assay plasma samples from multiple patient and donor cohorts to characterize the relation between tissue gene expression and circulating chromatin profiles, to recover the immune system status and chart how it changes with disease progression and response to treatment, and to monitor transplant patients for early detection of rejection.
Our extensive preliminary data, our expertise in probabilistic modeling and genomics and our collaborators’ access to relevant patient cohorts support the projects’ feasibility. Plasma epigenomics will open a new non-invasive window into tissue dynamics in living humans, beyond current liquid biopsy technologies, with far-reaching medical implications.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
- sciences naturellessciences biologiquesgénétiqueADN
- sciences naturellessciences biologiquesbiochimiebiomoléculeprotéines
- sciences naturellessciences biologiquesgénétiqueépigénétique
Vous devez vous identifier ou vous inscrire pour utiliser cette fonction
Mots‑clés
Programme(s)
Thème(s)
Appel à propositions
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) ERC-2020-ADG
Voir d’autres projets de cet appelRégime de financement
ERC-ADG - Advanced GrantInstitution d’accueil
91904 Jerusalem
Israël